Hva er XYZ-filformatet?
.xyz er et filformat i ren tekst som støttes av ulike kjemiprogrammer. .xyz-filer lagrer molekyldata som ren tekst: antall atomer (linje 1), en friformskommentar (linje 2), og én linje per atom med et elementsymbol og X-, Y- og Z-koordinater i ångstrøm. Selv om .xyz ikke har noen formell spesifikasjon, er den mye brukt - en de facto fellesskapsstandard som oppsto med XMol-programmet tidlig på 1990-tallet.
Formatet lagrer kun elementsymboler og koordinater; det inneholder ingen bindingsrekkefølge, partielle ladninger eller enhetscelledata som standard. En populær utvidelse kalt extended XYZ (extxyz) legger til key=value-metadata på kommentarlinjen. Flere blokker kan settes sammen i én fil for å lagre en bane (trajectory). MIME-typen er chemical/x-xyz.
Filendelsen .xyz brukes ikke utelukkende av kjemiprogrammer. Det er ikke uvanlig å se tekstfiler av alle slag lagret med et .xyz-suffiks. Før du arbeider med .xyz-filer, anbefales det å slå av Windows-alternativet «skjul filutvidelser for kjente filtyper» for å unngå problemer med filidentifisering. Relaterte formater inkluderer .mol, .pdb og .cif.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWEn XYZ-fil er ren tekst som kun inneholder atommerker og tall - ingen eksekverbart innhold, ingen makroer - så den er i utgangspunktet ufarlig å åpne. Det eneste praktiske forbeholdet er feilidentifisering: en .xyz kan faktisk være GPS/oppmålingsdata eller et Wii-spillbilde i stedet for et molekyl, i så fall vil en kjemiviser feile eller vise tull; sjekk filens kilde. Last ned kjemiverktøy fra deres offisielle nettsteder (avogadro.cc, openbabel.org).
Formatdetaljer
i et nøtteskall- GPS / oppmålingsdata (.xyz) - En tekstliste over østlig/nordlig koordinat/høyde eller lengdegrad/breddegrad/høyde brukt av GIS- og oppmålingsverktøy; strukturelt bare avgrensede tall, ikke kjemi.
- Nintendo Wii-bilde (.xyz) - Et RLE-komprimert indeksert punktgrafikkformat som finnes i enkelte Wii-spill; ikke relatert til det molekylære formatet.
Programmer som åpner XYZ-filer
Windows4 apps
Avogadro
Åpen kildekode Åpne .xyz for å rendre molekylet i 3D; roter, mål, rediger og eksporter til andre formater. Gratis, anbefalt. 
Notepad / any text editor
Åpen kildekode Åpne .xyz for å lese/redigere råkoordinatene direkte (det er ren tekst). 
macOS2 apps
Avogadro
Åpen kildekode Åpne .xyz for å rendre molekylet i 3D; roter, mål, rediger og eksporter til andre formater. Gratis, anbefalt. 
Linux2 apps
Avogadro
Åpen kildekode Åpne .xyz for å rendre molekylet i 3D; roter, mål, rediger og eksporter til andre formater. Gratis, anbefalt.
MolView
Gratis Lim inn/importer XYZ-koordinater for å se molekylet i 3D i nettleseren, ingen installasjon nødvendig. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| MIME-type | chemical/x-xyz |
| Alternativ MIME-type | text/plain |
| Koding | Ren tekst - ASCII eller UTF-8 |
| Filstruktur | Linje 1: heltall for antall atomer; linje 2: friformskommentar; hver påfølgende linje: elementsymbol og tre flyttallsverdier for x, y, z |
| Koordinatenhet | Ångstrøm (Å) som standard |
| Koordinatsystem | Kartesisk (absolutte x-, y-, z-posisjoner) |
| Bindingsdata | Ikke lagret; kun elementsymboler og atomposisjoner er registrert |
| Utvidet variant | Extended XYZ (extxyz): key=value-metadatapar og en Lattice=-tensor skrevet på kommentarlinjen |
| Støtte for flere rammer | Ja - flere koordinatblokker satt sammen i én fil danner en bane eller animasjon |
| Filsignatur | Ingen (ingen magic bytes); identifiseres av et heltall på første linje etterfulgt av en kommentar og linjer med elementsymboler |
| Komprimering | Ukomprimert som standard; store baner er ofte gzip-komprimert som .xyz.gz |
| Typisk filstørrelse | Noen få hundre byte for små molekyler; hundrevis av MB for lange molekylærdynamikk-baner |
| Plattform | Plattformuavhengig - identisk format på Windows, macOS og Linux |
| Opprinnelse | XMol molekylært visualiseringsprogram, Minnesota Supercomputer Center, tidlig 1990-tall |
| Utgitt | Early 1990s (XMol) |
| Siste versjon | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Åpen standard | Ja · royalty-fri |
| Spesifikasjon | en.wikipedia.org |
XYZ-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om XYZ-filer.
