¿Qué es el formato de archivo XYZ?
.xyz es un formato de archivo de texto plano soportado por varios programas de química. Los archivos .xyz almacenan datos de moléculas en texto plano: el número de átomos (línea 1), un comentario de forma libre (línea 2), y una línea por átomo con un símbolo de elemento y coordenadas X, Y y Z en angstroms. Aunque el formato .xyz no tiene una especificación formal, es ampliamente utilizado: un estándar de la comunidad de facto que se originó con el programa XMol a principios de la década de 1990.
El formato almacena solo símbolos de elementos y coordenadas; no incluye órdenes de enlace, cargas parciales o datos de celdas unitarias por defecto. Una extensión popular llamada extended XYZ (extxyz) añade metadatos key=value en la línea de comentario. Se pueden concatenar múltiples bloques en un solo archivo para almacenar una trayectoria. El tipo MIME es chemical/x-xyz.
La extensión .xyz no es utilizada exclusivamente por programas de química. No es raro ver archivos de texto de cualquier tipo guardados con un sufijo .xyz. Antes de trabajar con archivos .xyz, se recomienda desactivar la opción de Windows «ocultar las extensiones de archivo para tipos de archivo conocidos» para evitar problemas de identificación de archivos. Los formatos relacionados incluyen .mol, .pdb y .cif.
Seguridad y protección
RIESGO: LOWUn archivo XYZ es texto plano que contiene solo etiquetas de átomos y números - sin contenido ejecutable, sin macros - por lo que es esencialmente inofensivo de abrir. La única advertencia práctica es la identidad equivocada: un .xyz podría ser en realidad datos de puntos de GPS/topografía o una imagen de juego de Wii en lugar de una molécula, en cuyo caso un visor de química fallará o mostrará sinsentidos; verifique la fuente del archivo. Descargue herramientas de química desde sus sitios oficiales (avogadro.cc, openbabel.org).
Detalles del formato
en pocas palabras- Datos de puntos de GPS / topografía (.xyz) - Una lista en texto plano de puntos de coordenadas este/norte/elevación o longitud/latitud/altitud utilizada por herramientas de SIG y topografía; estructuralmente son solo números delimitados, no química.
- Imagen de Nintendo Wii (.xyz) - Un formato de imagen de mapa de bits indexado con compresión RLE que se encuentra en algunos juegos de Wii; no relacionado con el formato molecular.
Programas que abren archivos XYZ
Windows4 apps
Avogadro
Código abierto Abra el .xyz para renderizar la molécula en 3D; rote, mida, edite y exporte a otros formatos. Gratuito, recomendado. 
Jmol
Código abierto Abra el .xyz para ver y animar la estructura (ideal para trayectorias). Visor Java gratuito. 
VMD
Gratis Cargue el .xyz para visualización molecular y reproducción de trayectorias (potente para MD).
Notepad / any text editor
Código abierto Abra el .xyz para leer/editar las coordenadas brutas directamente (es texto plano). 
macOS2 apps
Avogadro
Código abierto Abra el .xyz para renderizar la molécula en 3D; rote, mida, edite y exporte a otros formatos. Gratuito, recomendado. 
Linux2 apps
Avogadro
Código abierto Abra el .xyz para renderizar la molécula en 3D; rote, mida, edite y exporte a otros formatos. Gratuito, recomendado.
MolView
Gratis Pegue o importe coordenadas XYZ para ver la molécula en 3D en el navegador, sin instalación. Detalles técnicos
especificación profunda| Tipo MIME | chemical/x-xyz |
| Tipo MIME alternativo | text/plain |
| Codificación | Texto plano - ASCII o UTF-8 |
| Estructura del archivo | Línea 1: recuento de átomos entero; línea 2: comentario de forma libre; cada línea siguiente: símbolo del elemento y tres valores x, y, z de punto flotante |
| Unidad de coordenadas | Angstroms (Å) por defecto |
| Sistema de coordenadas | Cartesiano (posiciones absolutas x, y, z) |
| Datos de enlaces | No se almacenan; solo se registran los símbolos de los elementos y las posiciones atómicas |
| Variante extendida | Extended XYZ (extxyz): pares de metadatos key=value y un tensor Lattice= escritos en la línea de comentario |
| Soporte multi-fotograma | Sí - múltiples bloques de coordenadas concatenados en un archivo forman una trayectoria o animación |
| Firma de archivo | Ninguna (sin magic bytes); se identifica por un número entero en la primera línea seguido de un comentario y líneas de símbolos de elementos |
| Compresión | Sin comprimir por defecto; las trayectorias grandes suelen comprimirse con gzip como .xyz.gz |
| Tamaño de archivo típico | Unos pocos cientos de bytes para moléculas pequeñas; cientos de MB para trayectorias largas de dinámica molecular |
| Plataforma | Multiplataforma - formato idéntico en Windows, macOS y Linux |
| Origen | Programa de visualización molecular XMol, Minnesota Supercomputer Center, principios de la década de 1990 |
| Lanzado | Early 1990s (XMol) |
| Última versión | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Estándar abierto | Sí · libre de regalías |
| Especificación | en.wikipedia.org |
Conversiones de XYZ
Preguntas y respuestas de la comunidad
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