Wat is het XYZ-bestandsformaat?
.xyz is een platte-tekstbestandsformaat dat wordt ondersteund door diverse chemieprogramma's. .xyz-bestanden slaan molecuulgegevens op in platte tekst: het aantal atomen (regel 1), een vrij commentaar (regel 2), en één regel per atoom met een elementsymbool en X-, Y- en Z-coördinaten in ångström. Hoewel .xyz geen formele specificatie heeft, wordt het veelvuldig gebruikt - een de facto gemeenschapsstandaard die begin jaren 90 ontstond bij het XMol-programma.
Het formaat slaat alleen elementsymbolen en coördinaten op; het bevat standaard geen bindingsordes, partiële ladingen of eenheidscelgegevens. Een populaire uitbreiding genaamd extended XYZ (extxyz) voegt key=value metadata toe aan de commentaarregel. Meerdere blokken kunnen in één bestand worden samengevoegd om een traject op te slaan. Het MIME-type is chemical/x-xyz.
De .xyz-extensie wordt niet uitsluitend door chemieprogramma's gebruikt. Het is niet ongewoon om tekstbestanden van welke aard dan ook te zien die zijn opgeslagen met een .xyz-achtervoegsel. Voordat u met .xyz-bestanden gaat werken, wordt geadviseerd om de Windows-optie „extensies voor bekende bestandstypen verbergen” uit te schakelen om problemen met bestandsidentificatie te voorkomen. Gerelateerde formaten zijn onder meer .mol, .pdb en .cif.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWEen XYZ-bestand is platte tekst die alleen atoomlabels en getallen bevat - geen uitvoerbare inhoud, geen macro's - dus het is in wezen onschadelijk om te openen. Het enige praktische voorbehoud is persoonsverwisseling: een .xyz kan in feite GPS/landmeetkundige puntgegevens of een Wii-spelafbeelding zijn in plaats van een molecuul, in welk geval een chemie-viewer zal falen of onzin zal tonen; controleer de bron van het bestand. Download chemie-tools van hun officiële sites (avogadro.cc, openbabel.org).
Formaatdetails
in een notendop- GPS / landmeetkundige puntgegevens (.xyz) - Een platte-tekstlijst van oosterlengte/noorderbreedte/hoogte of lengtegraad/breedtegraad/hoogte punten gebruikt door GIS- en landmeethulpmiddelen; structureel gewoon gescheiden getallen, geen chemie.
- Nintendo Wii-afbeelding (.xyz) - Een RLE-gecomprimeerd geïndexeerd bitmap-afbeeldingsformaat dat in sommige Wii-spellen wordt aangetroffen; niet gerelateerd aan het moleculaire formaat.
Programma's die XYZ-bestanden openen
Windows4 apps
Avogadro
Open-source Open de .xyz om het molecuul in 3D te renderen; roteren, meten, bewerken en exporteren naar andere formaten. Gratis, aanbevolen. 
Jmol
Open-source Open de .xyz om de structuur te bekijken en te animeren (ideaal voor trajecten). Gratis Java-viewer. 
VMD
Gratis Laad de .xyz voor moleculaire visualisatie en het afspelen van trajecten (sterk voor MD).
Notepad / any text editor
Open-source Open de .xyz om de ruwe coördinaten direct te lezen/bewerken (het is platte tekst). 
macOS2 apps
Avogadro
Open-source Open de .xyz om het molecuul in 3D te renderen; roteren, meten, bewerken en exporteren naar andere formaten. Gratis, aanbevolen. 
Linux2 apps
Avogadro
Open-source Open de .xyz om het molecuul in 3D te renderen; roteren, meten, bewerken en exporteren naar andere formaten. Gratis, aanbevolen.
MolView
Gratis Plak/importeer XYZ-coördinaten om het molecuul in 3D te bekijken in de browser, zonder installatie. Technische details
diepe specificaties| MIME-type | chemical/x-xyz |
| Alternatief MIME-type | text/plain |
| Codering | Platte tekst - ASCII of UTF-8 |
| Bestandsstructuur | Regel 1: geheel getal atoomtelling; regel 2: vrij commentaar; elke volgende regel: elementsymbool en drie floating-point x, y, z waarden |
| Coördinateneenheid | Ångström (Å) standaard |
| Coördinatensysteem | Cartesiaans (absolute x, y, z posities) |
| Bindingsgegevens | Niet opgeslagen; alleen elementsymbolen en atoomposities worden vastgelegd |
| Uitgebreide variant | Extended XYZ (extxyz): key=value metadata-paren en een Lattice= tensor geschreven op de commentaarregel |
| Ondersteuning voor meerdere frames | Ja - meerdere coördinatenblokken samengevoegd in één bestand vormen een traject of animatie |
| Bestandssignatuur | Geen (geen magic bytes); geïdentificeerd door een geheel getal op de eerste regel gevolgd door een commentaar en regels met elementsymbolen |
| Compressie | Standaard ongecomprimeerd; grote trajecten worden vaak met gzip gecomprimeerd als .xyz.gz |
| Typische bestandsgrootte | Een paar honderd bytes voor kleine moleculen; honderden MB voor lange moleculaire-dynamica trajecten |
| Platform | Cross-platform - identiek formaat op Windows, macOS en Linux |
| Oorsprong | XMol moleculair visualisatieprogramma, Minnesota Supercomputer Center, begin jaren 90 |
| Uitgebracht | Early 1990s (XMol) |
| Laatste versie | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Open standaard | Ja · royaltyvrij |
| Specificatie | en.wikipedia.org |
XYZ conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over XYZ-bestanden.
