Che cos'è il formato di file XYZ?
.xyz è un formato di file in testo semplice supportato da vari programmi di chimica. I file .xyz memorizzano i dati molecolari in formato testuale: il numero di atomi (riga 1), un commento libero (riga 2) e una riga per ogni atomo con il simbolo dell'elemento e le coordinate X, Y e Z in angstrom. Sebbene .xyz non abbia una specifica formale, è ampiamente utilizzato - uno standard di fatto della comunità originato dal programma XMol nei primi anni '90.
Il formato memorizza solo i simboli degli elementi e le coordinate; non contiene ordini di legame, cariche parziali o dati sulla cella unitaria per impostazione predefinita. Un'estensione popolare chiamata extended XYZ (extxyz) aggiunge metadati key=value nella riga di commento. Più blocchi possono essere concatenati in un unico file per memorizzare una traiettoria. Il tipo MIME è chemical/x-xyz.
L'estensione .xyz non è utilizzata esclusivamente dai programmi di chimica. Non è raro vedere file di testo di qualsiasi tipo salvati con il suffisso .xyz. Prima di lavorare con i file .xyz, si consiglia di disattivare l'opzione di Windows «nascondi le estensioni per i tipi di file conosciuti» per evitare problemi di identificazione del file. I formati correlati includono .mol, .pdb e .cif.
Sicurezza e incolumità
RISCHIO: LOWUn file XYZ è testo semplice contenente solo etichette atomiche e numeri - nessun contenuto eseguibile, nessuna macro - quindi è essenzialmente innocuo da aprire. L'unico avvertimento pratico è l'errore di identità: un .xyz potrebbe in realtà essere un dato di rilievo/GPS o un'immagine di un gioco Wii piuttosto che una molecola, nel qual caso un visualizzatore chimico fallirà o mostrerà dati senza senso; verificate la sorgente del file. Scaricate gli strumenti di chimica dai loro siti ufficiali (avogadro.cc, openbabel.org).
Dettagli del formato
in sintesi- Dati di punti GPS / rilievo (.xyz) - Un elenco in testo semplice di punti est/nord/elevazione o longitudine/latitudine/altitudine utilizzato dagli strumenti GIS e di rilievo; strutturalmente sono solo numeri delimitati, non chimica.
- Immagine Nintendo Wii (.xyz) - Un formato di immagine bitmap indicizzata compressa con RLE che si trova in alcuni giochi Wii; non correlato al formato molecolare.
Programmi che aprono file XYZ
Windows4 apps
Avogadro
Open-source Apre il file .xyz per renderizzare la molecola in 3D; permette di ruotare, misurare, modificare ed esportare in altri formati. Gratuito, consigliato. 
Jmol
Open-source Apre il file .xyz per visualizzare e animare la struttura (ottimo per le traiettorie). Visualizzatore Java gratuito. 
VMD
Gratuito Carica il file .xyz per la visualizzazione molecolare e la riproduzione di traiettorie (potente per MD).
Notepad / any text editor
Open-source Apre il file .xyz per leggere/modificare direttamente le coordinate grezze (è testo semplice). 
macOS2 apps
Avogadro
Open-source Apre il file .xyz per renderizzare la molecola in 3D; permette di ruotare, misurare, modificare ed esportare in altri formati. Gratuito, consigliato. 
Linux2 apps
Avogadro
Open-source Apre il file .xyz per renderizzare la molecola in 3D; permette di ruotare, misurare, modificare ed esportare in altri formati. Gratuito, consigliato.
MolView
Gratuito Incolla o importa le coordinate XYZ per visualizzare la molecola in 3D nel browser, senza installazione. Dettagli tecnici
specifiche approfondite| Tipo MIME | chemical/x-xyz |
| Tipo MIME alternativo | text/plain |
| Codifica | Testo semplice - ASCII o UTF-8 |
| Struttura del file | Riga 1: numero intero di atomi; riga 2: commento libero; ogni riga successiva: simbolo dell'elemento e tre valori x, y, z in virgola mobile |
| Unità di misura coordinate | Angstrom (Å) per impostazione predefinita |
| Sistema di coordinate | Cartesiano (posizioni x, y, z assolute) |
| Dati sui legami | Non memorizzati; vengono registrati solo i simboli degli elementi e le posizioni atomiche |
| Variante estesa | Extended XYZ (extxyz): coppie di metadati key=value e un tensore Lattice= scritti nella riga di commento |
| Supporto multi-frame | Sì - più blocchi di coordinate concatenati in un unico file formano una traiettoria o animazione |
| Firma del file | Nessuna (nessun magic byte); identificato da un numero intero sulla prima riga seguito da un commento e dalle righe dei simboli degli elementi |
| Compressione | Non compresso per impostazione predefinita; le traiettorie di grandi dimensioni sono comunemente compresse con gzip come .xyz.gz |
| Dimensione tipica del file | Poche centinaia di byte per piccole molecole; centinaia di MB per lunghe traiettorie di dinamica molecolare |
| Piattaforma | Cross-platform - formato identico su Windows, macOS e Linux |
| Origine | Programma di visualizzazione molecolare XMol, Minnesota Supercomputer Center, primi anni '90 |
| Rilasciato | Early 1990s (XMol) |
| Ultima versione | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Standard aperto | Sì · royalty-free |
| Specifica | en.wikipedia.org |
Conversioni XYZ
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