O que é o formato de ficheiro XYZ?
.xyz é um formato de arquivo de texto simples suportado por vários programas de química. Arquivos .xyz armazenam dados moleculares em texto simples: o número de átomos (linha 1), um comentário de formato livre (linha 2) e uma linha por átomo com um símbolo de elemento e coordenadas X, Y e Z em angstroms. Embora o .xyz não tenha uma especificação formal, ele é amplamente utilizado - um padrão de comunidade de facto originado com o programa XMol no início dos anos 1990.
O formato armazena apenas símbolos de elementos e coordenadas; ele não carrega ordens de ligação, cargas parciais ou dados de célula unitária por padrão. Uma extensão popular chamada extended XYZ (extxyz) adiciona metadados key=value na linha de comentário. Múltiplos blocos podem ser concatenados em um único arquivo para armazenar uma trajetória. O tipo MIME é chemical/x-xyz.
A extensão .xyz não é usada exclusivamente por programas de química. Não é incomum ver arquivos de texto de qualquer tipo salvos com o sufixo .xyz. Antes de trabalhar com arquivos .xyz, recomenda-se desativar a opção do Windows «ocultar extensões para tipos de arquivo conhecidos» para evitar problemas de identificação de arquivos. Formatos relacionados incluem .mol, .pdb e .cif.
Segurança e proteção
RISCO: LOWUm arquivo XYZ é texto simples contendo apenas rótulos de átomos e números - sem conteúdo executável, sem macros - portanto, é essencialmente inofensivo de abrir. A única ressalva prática é a identidade equivocada: um .xyz pode ser, na verdade, dados de pontos de GPS/topografia ou uma imagem de jogo de Wii em vez de uma molécula, caso em que um visualizador de química falhará ou mostrará absurdos; verifique a origem do arquivo. Baixe ferramentas de química de seus sites oficiais (avogadro.cc, openbabel.org).
Detalhes do formato
em resumo- Dados de pontos de GPS / topografia (.xyz) - Uma lista em texto simples de pontos de coordenadas (easting/northing/elevação ou longitude/latitude/altitude) usada por ferramentas de GIS e topografia; estruturalmente apenas números delimitados, não química.
- Imagem do Nintendo Wii (.xyz) - Um formato de imagem bitmap indexada com compressão RLE encontrado em alguns jogos de Wii; não relacionado ao formato molecular.
Programas que abrem arquivos XYZ
Windows4 apps
Avogadro
Código aberto Abra o .xyz para renderizar a molécula em 3D; rotacione, meça, edite e exporte para outros formatos. Gratuito, recomendado. 
Jmol
Código aberto Abra o .xyz para visualizar e animar a estrutura (ótimo para trajetórias). Visualizador Java gratuito. 
VMD
Gratuito Carregue o .xyz para visualização molecular e reprodução de trajetória (robusto para MD).
Notepad / any text editor
Código aberto Abra o .xyz para ler/editar as coordenadas brutas diretamente (é texto simples). 
macOS2 apps
Avogadro
Código aberto Abra o .xyz para renderizar a molécula em 3D; rotacione, meça, edite e exporte para outros formatos. Gratuito, recomendado. 
Linux2 apps
Avogadro
Código aberto Abra o .xyz para renderizar a molécula em 3D; rotacione, meça, edite e exporte para outros formatos. Gratuito, recomendado.
MolView
Gratuito Cole/importe coordenadas XYZ para visualizar a molécula em 3D no navegador, sem instalação. Detalhes técnicos
especificação profunda| Tipo MIME | chemical/x-xyz |
| Tipo MIME alternativo | text/plain |
| Codificação | Texto simples - ASCII ou UTF-8 |
| Estrutura do arquivo | Linha 1: contagem de átomos inteira; linha 2: comentário de formato livre; cada linha seguinte: símbolo do elemento e três valores de ponto flutuante x, y, z |
| Unidade de coordenada | Angstroms (Å) por padrão |
| Sistema de coordenadas | Cartesiano (posições x, y, z absolutas) |
| Dados de ligação | Não armazenados; apenas símbolos de elementos e posições atômicas são registrados |
| Variante estendida | Extended XYZ (extxyz): pares de metadados key=value e um tensor Lattice= escrito na linha de comentário |
| Suporte a múltiplos quadros | Sim - múltiplos blocos de coordenadas concatenados em um arquivo formam uma trajetória ou animação |
| Assinatura do arquivo | Nenhuma (sem magic bytes); identificado por um número inteiro na primeira linha seguido por um comentário e linhas de símbolos de elementos |
| Compressão | Não compactado por padrão; trajetórias grandes são comumente compactadas com gzip como .xyz.gz |
| Tamanho típico do arquivo | Alguns centenas de bytes para moléculas pequenas; centenas de MB para longas trajetórias de dinâmica molecular |
| Plataforma | Multiplataforma - formato idêntico no Windows, macOS e Linux |
| Origem | Programa de visualização molecular XMol, Minnesota Supercomputer Center, início dos anos 1990 |
| Lançado | Early 1990s (XMol) |
| Versão mais recente | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Padrão aberto | Sim · livre de royalties |
| Especificação | en.wikipedia.org |
Conversões de XYZ
Perguntas e Respostas da Comunidade
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