Что такое формат файла XYZ?
.xyz - это текстовый формат файлов, поддерживаемый различными химическими программами. .xyz-файлы хранят данные о молекуле в виде обычного текста: количество атомов (строка 1), свободный комментарий (строка 2) и по одной строке на атом с символом элемента и координатами X, Y и Z в ангстремах. Хотя у .xyz нет формальной спецификации, он широко используется - неофициальный стандарт сообщества, возникший в начале 1990-х годов с программы XMol.
Формат хранит только символы элементов и координаты; по умолчанию он не содержит данных о порядке связей, частичных зарядов или параметров ячейки. Популярное расширение расширенный XYZ (extxyz) добавляет метаданные key=value в строку комментария. Несколько блоков могут быть объединены в один файл для хранения траектории. Тип MIME - chemical/x-xyz.
Расширение .xyz не используется исключительно химическими программами. Не редкость увидеть текстовые файлы любого типа, сохранённые с суффиксом .xyz. Перед работой с .xyz-файлами рекомендуется отключить параметр Windows «скрывать расширения для известных типов файлов», чтобы избежать проблем с идентификацией. К связанным форматам относятся .mol, .pdb и .cif.
Безопасность и защита
РИСК: LOWXYZ-файл - это обычный текст, содержащий только метки атомов и числа - никакого исполняемого содержимого или макросов, поэтому открывать его по сути безопасно. Единственная практическая оговорка - ложная идентификация: .xyz может быть данными GPS/точек съёмки или образом игры Wii, а не молекулой, в этом случае химический просмотрщик выдаст ошибку или бессмыслицу; проверьте источник файла. Скачивайте химические инструменты с официальных сайтов (avogadro.cc, openbabel.org).
Детали формата
в двух словах- Данные точек GPS/съёмки (.xyz) - Простой текстовый список точек с восточной/северной координатами/высотой или долготой/широтой/высотой, используемый инструментами GIS и съёмки; по структуре это просто разделённые числа, а не химия.
- Образ Nintendo Wii (.xyz) - Формат растрового изображения с индексированной палитрой, сжатый RLE, встречающийся в некоторых играх Wii; не связан с молекулярным форматом.
Программы, открывающие файлы XYZ
Windows4 apps
Avogadro
Открытый код Откройте .xyz для рендеринга молекулы в 3D; вращайте, измеряйте, редактируйте и экспортируйте в другие форматы. Бесплатная, рекомендуется. 
Jmol
Открытый код Откройте .xyz для просмотра и анимации структуры (отлично подходит для траекторий). Бесплатный Java-просмотрщик. 
VMD
Бесплатно Загрузите .xyz для визуализации молекул и воспроизведения траектории (сильная сторона - МД).
Notepad / any text editor
Открытый код Откройте .xyz, чтобы прочитать/отредактировать исходные координаты напрямую (это обычный текст). 
macOS2 apps
Avogadro
Открытый код Откройте .xyz для рендеринга молекулы в 3D; вращайте, измеряйте, редактируйте и экспортируйте в другие форматы. Бесплатная, рекомендуется. 
Linux2 apps
Avogadro
Открытый код Откройте .xyz для рендеринга молекулы в 3D; вращайте, измеряйте, редактируйте и экспортируйте в другие форматы. Бесплатная, рекомендуется.
MolView
Бесплатно Вставьте/импортируйте координаты XYZ, чтобы просмотреть молекулу в 3D в браузере, без установки. Технические подробности
глубокая спецификация| MIME-тип | chemical/x-xyz |
| Альтернативный MIME-тип | text/plain |
| Кодировка | Обычный текст - ASCII или UTF-8 |
| Структура файла | Строка 1: целое число - количество атомов; строка 2: свободный комментарий; каждая следующая строка: символ элемента и три числа с плавающей точкой x, y, z |
| Единица координат | Ангстремы (Å) по умолчанию |
| Система координат | Декартова (абсолютные позиции x, y, z) |
| Данные связей | Не хранятся; записываются только символы элементов и атомные позиции |
| Расширенный вариант | Расширенный XYZ (extxyz): пары метаданных key=value и тензор Lattice= записываются в строку комментария |
| Поддержка нескольких кадров | Да - несколько блоков координат, объединённых в один файл, образуют траекторию или анимацию |
| Сигнатура файла | Отсутствует (нет magic bytes); определяется целым числом на первой строке, за которым следует комментарий и строки с символами элементов |
| Сжатие | По умолчанию без сжатия; большие траектории часто сжимаются gzip как .xyz.gz |
| Типичный размер файла | Несколько сотен байт для малых молекул; сотни МБ для длинных траекторий молекулярной динамики |
| Платформа | Кроссплатформенная - идентичный формат в Windows, macOS и Linux |
| Происхождение | Программа визуализации молекул XMol, Minnesota Supercomputer Center, начало 1990-х годов |
| Выпущен | Early 1990s (XMol) |
| Последняя версия | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Открыть стандартное | Да · без роялти |
| Спецификация | en.wikipedia.org |
Конвертации XYZ
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах XYZ.
