Co to jest format pliku XYZ?
.xyz to format pliku tekstowego obsługiwany przez różne programy chemiczne. Pliki .xyz przechowują dane molekularne w formie zwykłego tekstu: liczbę atomów (linia 1), dowolny komentarz (linia 2) oraz po jednej linii na każdy atom z symbolem pierwiastka i współrzędnymi X, Y i Z w angstremach. Chociaż .xyz nie posiada formalnej specyfikacji, jest powszechnie stosowany - to de facto standard społeczności wywodzący się z programu XMol z początku lat 90.
Format przechowuje tylko symbole pierwiastków i współrzędne; domyślnie nie zawiera rzędów wiązań, ładunków cząstkowych ani danych o komórce elementarnej. Popularne rozszerzenie o nazwie extended XYZ (extxyz) dodaje metadane klucz=wartość w linii komentarza. W jednym pliku można połączyć wiele bloków, aby zapisać trajektorię. Typ MIME to chemical/x-xyz.
Rozszerzenie .xyz nie jest używane wyłącznie przez programy chemiczne. Nierzadko spotyka się pliki tekstowe dowolnego rodzaju zapisane z sufiksem .xyz. Przed pracą z plikami .xyz zaleca się wyłączenie opcji Windows „ukryj rozszerzenia znanych typów plików”, aby uniknąć problemów z identyfikacją. Powiązane formaty to .mol, .pdb i .cif.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWPlik XYZ to zwykły tekst zawierający tylko etykiety atomów i liczby - nie zawiera treści wykonywalnych ani makr - więc jego otwieranie jest zasadniczo bezpieczne. Jedynym praktycznym zastrzeżeniem jest błędna identyfikacja: plik .xyz może w rzeczywistości zawierać dane GPS/geodezyjne lub obraz z gry Wii zamiast cząsteczki, w którym to przypadku przeglądarka chemiczna zgłosi błąd lub wyświetli bzdury; sprawdź źródło pliku. Pobieraj narzędzia chemiczne z ich oficjalnych stron (avogadro.cc, openbabel.org).
Szczegóły formatu
w pigułce- Dane punktowe GPS / geodezyjne (.xyz) - Tekstowa lista punktów (współrzędne rynkowe/wysokość lub długość/szerokość/wysokość) używana przez narzędzia GIS i geodezyjne; strukturalnie to tylko liczby rozdzielone separatorami, a nie dane chemiczne.
- Obraz Nintendo Wii (.xyz) - Format indeksowanego obrazu bitmapowego skompresowanego metodą RLE, występujący w niektórych grach na Wii; niepowiązany z formatem molekularnym.
Programy otwierające pliki XYZ
Windows4 apps
Avogadro
Open-source Otwórz .xyz, aby wyrenderować cząsteczkę w 3D; obracaj, mierz, edytuj i eksportuj do innych formatów. Darmowy, zalecany. 
Jmol
Open-source Otwórz .xyz, aby przeglądać i animować strukturę (świetne dla trajektorii). Darmowa przeglądarka Java. 
VMD
Darmowy Wczytaj .xyz do wizualizacji molekularnej i odtwarzania trajektorii (zaawansowane dla MD).
Notepad / any text editor
Open-source Otwórz .xyz, aby bezpośrednio czytać/edytować surowe współrzędne (to zwykły tekst). 
macOS2 apps
Avogadro
Open-source Otwórz .xyz, aby wyrenderować cząsteczkę w 3D; obracaj, mierz, edytuj i eksportuj do innych formatów. Darmowy, zalecany. 
Linux2 apps
Avogadro
Open-source Otwórz .xyz, aby wyrenderować cząsteczkę w 3D; obracaj, mierz, edytuj i eksportuj do innych formatów. Darmowy, zalecany.
MolView
Darmowy Wklej/importuj współrzędne XYZ, aby wyświetlić cząsteczkę w 3D w przeglądarce, bez instalacji. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Typ MIME | chemical/x-xyz |
| Alternatywny typ MIME | text/plain |
| Kodowanie | Zwykły tekst - ASCII lub UTF-8 |
| Struktura pliku | Linia 1: liczba całkowita (liczba atomów); linia 2: dowolny komentarz; każda kolejna linia: symbol pierwiastka i trzy wartości zmiennoprzecinkowe x, y, z |
| Jednostka współrzędnych | Domyślnie angstremy (Å) |
| Układ współrzędnych | Kartezjański (bezwzględne pozycje x, y, z) |
| Dane o wiązaniach | Nieprzechowywane; zapisywane są tylko symbole pierwiastków i pozycje atomowe |
| Wariant rozszerzony | Extended XYZ (extxyz): pary metadanych klucz=wartość oraz tensor Lattice= zapisany w linii komentarza |
| Obsługa wielu klatek | Tak - wiele bloków współrzędnych połączonych w jednym pliku tworzy trajektorię lub animację |
| Sygnatura pliku | Brak (brak magicznych bajtów); identyfikowany przez liczbę całkowitą w pierwszej linii, po której następuje komentarz i linie z symbolami pierwiastków |
| Kompresja | Domyślnie nieskompresowany; duże trajektorie są powszechnie kompresowane gzipem jako .xyz.gz |
| Typowy rozmiar pliku | Kilkaset bajtów dla małych cząsteczek; setki MB dla długich trajektorii dynamiki molekularnej |
| Platforma | Wieloplatformowy - identyczny format w systemach Windows, macOS i Linux |
| Pochodzenie | Program do wizualizacji molekularnej XMol, Minnesota Supercomputer Center, początek lat 90. |
| Wydano | Early 1990s (XMol) |
| Najnowsza wersja | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Otwarty standard | Tak · bezpłatny (royalty-free) |
| Specyfikacja | en.wikipedia.org |
Konwersje XYZ
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki XYZ.
