Qu'est-ce que le format de fichier XYZ ?
.xyz est un format de fichier texte brut pris en charge par divers programmes de chimie. Les fichiers .xyz stockent les données moléculaires en texte clair : le nombre d'atomes (ligne 1), un commentaire libre (ligne 2), et une ligne par atome avec un symbole d'élément et les coordonnées X, Y et Z en angströms. Bien que le format .xyz n'ait pas de spécification formelle, il est largement utilisé - un standard communautaire de fait originaire du programme XMol au début des années 1990.
Le format ne stocke que les symboles d'éléments et les coordonnées ; il ne contient par défaut aucun ordre de liaison, charge partielle ou donnée de maille élémentaire. Une extension populaire appelée extended XYZ (extxyz) ajoute des métadonnées clé=valeur sur la ligne de commentaire. Plusieurs blocs peuvent être concaténés dans un seul fichier pour stocker une trajectoire. Le type MIME est chemical/x-xyz.
L'extension .xyz n'est pas exclusivement utilisée par les programmes de chimie. Il n'est pas rare de voir des fichiers texte de toute sorte enregistrés avec un suffixe .xyz. Avant de travailler avec des fichiers .xyz, il est conseillé de désactiver l'option de Windows « masquer les extensions des fichiers dont le type est connu » pour éviter les problèmes d'identification. Les formats associés incluent .mol, .pdb et .cif.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWUn fichier XYZ est un texte brut contenant uniquement des étiquettes d'atomes et des chiffres - aucun contenu exécutable, aucune macro - il est donc essentiellement inoffensif à ouvrir. La seule mise en garde pratique est l'erreur d'identification : un .xyz pourrait en réalité être des données de points GPS/topographiques ou une image de jeu Wii plutôt qu'une molécule, auquel cas un visualiseur de chimie échouera ou affichera des données incohérentes ; vérifiez la source du fichier. Téléchargez les outils de chimie sur leurs sites officiels (avogadro.cc, openbabel.org).
Détails du format
en bref- Données de points GPS / topographie (.xyz) - Une liste en texte brut de points d'abscisse/ordonnée/élévation ou longitude/latitude/altitude utilisée par les outils SIG et de topographie ; structurellement, il s'agit simplement de nombres délimités, pas de chimie.
- Image Nintendo Wii (.xyz) - Un format d'image bitmap indexé compressé par RLE trouvé dans certains jeux Wii ; sans rapport avec le format moléculaire.
Programmes qui ouvrent les fichiers XYZ
Windows4 apps
Avogadro
Open-source Ouvrez le .xyz pour effectuer un rendu de la molécule en 3D ; pivotez, mesurez, éditez et exportez vers d'autres formats. Gratuit, recommandé. 
Jmol
Open-source Ouvrez le .xyz pour visualiser et animer la structure (idéal pour les trajectoires). Visualiseur Java gratuit. 
VMD
Gratuit Chargez le .xyz pour la visualisation moléculaire et la lecture de trajectoires (performant pour la dynamique moléculaire).
Notepad / any text editor
Open-source Ouvrez le .xyz pour lire/modifier directement les coordonnées brutes (c'est du texte brut). 
macOS2 apps
Avogadro
Open-source Ouvrez le .xyz pour effectuer un rendu de la molécule en 3D ; pivotez, mesurez, éditez et exportez vers d'autres formats. Gratuit, recommandé. 
Linux2 apps
Avogadro
Open-source Ouvrez le .xyz pour effectuer un rendu de la molécule en 3D ; pivotez, mesurez, éditez et exportez vers d'autres formats. Gratuit, recommandé.
MolView
Gratuit Collez ou importez des coordonnées XYZ pour visualiser la molécule en 3D dans le navigateur, sans installation. Détails techniques
spécifications approfondies| Type MIME | chemical/x-xyz |
| Type MIME alternatif | text/plain |
| Encodage | Texte brut - ASCII ou UTF-8 |
| Structure du fichier | Ligne 1 : nombre entier d'atomes ; ligne 2 : commentaire libre ; chaque ligne suivante : symbole de l'élément et trois valeurs x, y, z en virgule flottante |
| Unité de coordonnées | Angströms (Å) par défaut |
| Système de coordonnées | Cartésien (positions x, y, z absolues) |
| Données de liaison | Non stockées ; seuls les symboles d'éléments et les positions atomiques sont enregistrés |
| Variante étendue | Extended XYZ (extxyz) : paires de métadonnées clé=valeur et un tenseur Lattice= écrits sur la ligne de commentaire |
| Prise en charge multi-trames | Oui - plusieurs blocs de coordonnées concaténés dans un fichier forment une trajectoire ou une animation |
| Signature de fichier | Aucune (pas d'octets magiques) ; identifié par un entier sur la première ligne suivi d'un commentaire et de lignes de symboles d'éléments |
| Compression | Non compressé par défaut ; les trajectoires volumineuses sont couramment compressées avec gzip en .xyz.gz |
| Taille de fichier typique | Quelques centaines d'octets pour les petites molécules ; des centaines de Mo pour les longues trajectoires de dynamique moléculaire |
| Plateforme | Multiplateforme - format identique sur Windows, macOS et Linux |
| Origine | Programme de visualisation moléculaire XMol, Minnesota Supercomputer Center, début des années 1990 |
| Publié | Early 1990s (XMol) |
| Dernière version | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Standard ouvert | Oui · libre de droits |
| Spécification | en.wikipedia.org |
Conversions XYZ
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