Vad är filformatet XYZ?
.xyz är ett textbaserat filformat som stöds av olika kemiprogram. .xyz-filer lagrar molekyldata i klartext: antalet atomer (rad 1), en valfri kommentar (rad 2) och en rad per atom med en elementsymbol samt X-, Y- och Z-koordinater i ångström. Även om .xyz saknar en formell specifikation används det flitigt - en de facto-standard som har sitt ursprung i programmet XMol från tidigt 1990-tal.
Formatet lagrar endast elementsymboler och koordinater; det innehåller som standard ingen information om bindningsordning, partiella laddningar eller enhetsceller. En populär utökning kallad extended XYZ (extxyz) lägger till metadata i form av key=value på kommentarsraden. Flera block kan sammanfogas i en fil för att lagra en bana (trajectory). MIME-typen är chemical/x-xyz.
Filtillägget .xyz används inte enbart av kemiprogram. Det är inte ovanligt att se textfiler av alla slag sparade med suffixet .xyz. Innan du arbetar med .xyz-filer rekommenderas det att inaktivera Windows-alternativet «dölj filnamnstillägg för kända filtyper» för att undvika problem med filidentifiering. Relaterade format inkluderar .mol, .pdb och .cif.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWEn XYZ-fil är ren text som endast innehåller atombeteckningar och siffror - inget körbart innehåll, inga makron - så den är i princip ofarlig att öppna. Den enda praktiska risken är felaktig identifiering: en .xyz kan faktiskt vara GPS-data eller en Wii-spelbild snarare än en molekyl, i vilket fall en kemivisare kommer att misslyckas eller visa nonsens; kontrollera filens källa. Ladda ner kemiverktyg från deras officiella webbplatser (avogadro.cc, openbabel.org).
Formatdetaljer
i ett nötskal- GPS / lantmäteridata (.xyz) - En textbaserad lista med koordinater (öst/nord/höjd eller longitud/latitud/altitud) som används av GIS- och lantmäteriverktyg; strukturellt bara avgränsade siffror, inte kemi.
- Nintendo Wii-bild (.xyz) - Ett RLE-komprimerat indexerat bitmap-bildformat som finns i vissa Wii-spel; ej relaterat till molekylformatet.
Program som öppnar XYZ-filer
Windows4 apps
Avogadro
Öppen källkod Öppna .xyz för att rendera molekylen i 3D; rotera, mät, redigera och exportera till andra format. Gratis, rekommenderas. 
Jmol
Öppen källkod Öppna .xyz för att visa och animera strukturen (utmärkt för banor). Gratis Java-visare. 
Notepad / any text editor
Öppen källkod Öppna .xyz för att läsa/redigera koordinaterna direkt (det är ren text). 
macOS2 apps
Avogadro
Öppen källkod Öppna .xyz för att rendera molekylen i 3D; rotera, mät, redigera och exportera till andra format. Gratis, rekommenderas. 
Linux2 apps
Avogadro
Öppen källkod Öppna .xyz för att rendera molekylen i 3D; rotera, mät, redigera och exportera till andra format. Gratis, rekommenderas.
MolView
Gratis Klistra in/importera XYZ-koordinater för att se molekylen i 3D i webbläsaren, ingen installation krävs. Tekniska detaljer
djup specifikation| MIME-typ | chemical/x-xyz |
| Alternativ MIME-typ | text/plain |
| Kodning | Textfil - ASCII eller UTF-8 |
| Filstruktur | Rad 1: heltal för antal atomer; rad 2: valfri kommentar; varje följande rad: elementsymbol och tre flyttalsvärden för x, y, z |
| Koordinatenhet | Ångström (Å) som standard |
| Koordinatsystem | Kartesiskt (absoluta x-, y-, z-positioner) |
| Bindningsdata | Lagras ej; endast elementsymboler och atompositioner registreras |
| Utökad variant | Extended XYZ (extxyz): metadata i form av key=value-par och en Lattice-tensor skrivna på kommentarsraden |
| Stöd för flera bildrutor | Ja - flera koordinatblock sammanfogade i en fil bildar en bana eller animation |
| Filsignatur | Ingen (inga magic bytes); identifieras genom strukturen med ett heltal på första raden följt av en kommentar och rader med elementsymboler |
| Komprimering | Okomprimerad som standard; stora banor är ofta gzip-komprimerade som .xyz.gz |
| Typisk filstorlek | Några hundra byte för små molekyler; hundratals MB för långa molekyldynamik-banor |
| Plattform | Plattformsoberoende - identiskt format på Windows, macOS och Linux |
| Ursprung | XMol molekylvisualiseringsprogram, Minnesota Supercomputer Center, tidigt 1990-tal |
| Släppt | Early 1990s (XMol) |
| Senaste version | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Öppen standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | en.wikipedia.org |
XYZ-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om XYZ-filer.
