Hvad er XYZ-filformatet?
.xyz er et tekstbaseret filformat, der understøttes af forskellige kemiprogrammer. .xyz-filer gemmer molekyledata som almindelig tekst: antallet af atomer (linje 1), en fritformet kommentar (linje 2) og én linje pr. atom med et grundstofsymbol og X-, Y- og Z-koordinater i ångstrøm. Selvom .xyz ikke har nogen formel specifikation, er det vidt udbredt - en de facto fællesskabsstandard, der stammer fra XMol-programmet i de tidlige 1990'ere.
Formatet gemmer kun grundstofsymboler og koordinater; det indeholder som standard ingen bindingsordener, partielle ladninger eller enhedscelledata. En populær udvidelse kaldet extended XYZ (extxyz) tilføjer key=value metadata på kommentarlinjen. Flere blokke kan sammenkædes i én fil for at gemme en bane (trajectory). MIME-typen er chemical/x-xyz.
Filendelsen .xyz bruges ikke udelukkende af kemiprogrammer. Det er ikke usædvanligt at se tekstfiler af enhver art gemt med en .xyz-endelse. Før du arbejder med .xyz-filer, anbefales det at deaktivere Windows-indstillingen „skjul filtypenavne for kendte filtyper“ for at undgå problemer med filidentifikation. Relaterede formater inkluderer .mol, .pdb og .cif.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWEn XYZ-fil er almindelig tekst, der kun indeholder atommærkater og tal - intet eksekverbart indhold, ingen makroer - så den er i bund og grund ufarlig at åbne. Det eneste praktiske forbehold er fejlidentifikation: en .xyz kan faktisk være GPS/opmålingspunktdata eller et Wii-spilbillede snarere end et molekyle, i hvilket tilfælde en kemifremviser vil fejle eller vise vrøvl; tjek filens kilde. Download kemiværktøjer fra deres officielle sider (avogadro.cc, openbabel.org).
Formatdetaljer
kort fortalt- GPS / opmålingspunktdata (.xyz) - En tekstbaseret liste over østlig/nordlig/højde eller længdegrad/breddegrad/højde-punkter brugt af GIS- og opmålingsværktøjer; strukturelt blot afgrænsede tal, ikke kemi.
- Nintendo Wii-billede (.xyz) - Et RLE-komprimeret indekseret bitmap-billedformat fundet i visse Wii-spil; ikke relateret til det molekylære format.
Programmer der åbner XYZ-filer
Windows4 apps
Avogadro
Open-source Åbn .xyz for at rendere molekylet i 3D; roter, mål, rediger og eksporter til andre formater. Gratis, anbefales. 
Notepad / any text editor
Open-source Åbn .xyz for at læse/redigere de rå koordinater direkte (det er almindelig tekst). 
macOS2 apps
Avogadro
Open-source Åbn .xyz for at rendere molekylet i 3D; roter, mål, rediger og eksporter til andre formater. Gratis, anbefales. 
Linux2 apps
Avogadro
Open-source Åbn .xyz for at rendere molekylet i 3D; roter, mål, rediger og eksporter til andre formater. Gratis, anbefales.
MolView
Gratis Indsæt/importer XYZ-koordinater for at se molekylet i 3D i browseren, ingen installation nødvendig. Tekniske detaljer
dyb specifikation| MIME-type | chemical/x-xyz |
| Alternativ MIME-type | text/plain |
| Kodning | Almindelig tekst - ASCII eller UTF-8 |
| Filstruktur | Linje 1: heltal for atomantal; linje 2: fritformet kommentar; hver efterfølgende linje: grundstofsymbol og tre flydende tal for x-, y-, z-værdier |
| Koordinatenhed | Ångstrøm (Å) som standard |
| Koordinatsystem | Kartesisk (absolutte x-, y-, z-positioner) |
| Bindingsdata | Ikke gemt; kun grundstofsymboler og atompositioner registreres |
| Udvidet variant | Extended XYZ (extxyz): key=value metadata-par og en Lattice= tensor skrevet på kommentarlinjen |
| Understøttelse af flere rammer | Ja - flere koordinatblokke sammenkædet i én fil danner en bane eller animation |
| Filsignatur | Ingen (ingen magic bytes); identificeres ved et heltal på første linje efterfulgt af en kommentar og linjer med grundstofsymboler |
| Komprimering | Ukomprimeret som standard; store baner er almindeligvis gzip-komprimerede som .xyz.gz |
| Typisk filstørrelse | Få hundrede bytes for små molekyler; hundredvis af MB for lange molekylærdynamik-baner |
| Platform | Platformsuafhængig - identisk format på Windows, macOS og Linux |
| Oprindelse | XMol molekylært visualiseringsprogram, Minnesota Supercomputer Center, tidlige 1990'ere |
| Udgivet | Early 1990s (XMol) |
| Seneste version | No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata |
| Åben standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | en.wikipedia.org |
XYZ-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om XYZ-filer.
