XYZ ファイルとは？開き方・変換方法まとめ

XYZ ファイル形式とは？

.xyzは、さまざまな化学プログラムでサポートされているプレーンテキストのファイル形式です。.xyzファイルは分子データをプレーンテキストで保存します。1行目に原子数、2行目に自由形式のコメント、そして各原子につき1行ずつ、元素記号とオングストローム単位のX、Y、Z座標が記述されます。.xyzには正式な仕様はありませんが、1990年代初頭のXMolプログラムに由来するデファクトスタンダード（事実上の標準）として広く利用されています。

この形式は元素記号と座標のみを保存し、デフォルトでは結合次数、部分電荷、単位格子データなどは保持しません。extended XYZ (extxyz) と呼ばれる一般的な拡張版では、コメント行に key=value 形式のメタデータが追加されます。1つのファイルに複数のブロックを連結して、トラジェクトリ（軌跡）を保存することも可能です。MIMEタイプは chemical/x-xyz です。

.xyz拡張子は化学プログラム専用ではありません。あらゆる種類のテキストファイルが.xyzサフィックスで保存されているのを見かけることも珍しくありません。.xyzファイルを扱う前に、ファイルの識別問題を避けるため、Windowsの «登録されている拡張子は表示しない» オプションをオフにすることをお勧めします。関連する形式には .mol、.pdb、.cif があります。

セキュリティと安全性

リスク： LOW

XYZファイルは原子のラベルと数値のみを含むプレーンテキストであり、実行可能なコンテンツやマクロは含まれていないため、開いても基本的に無害です。唯一の実用的な注意点は誤認です。 .xyz は分子ではなくGPS/測量ポイントデータやWiiゲーム画像である可能性があり、その場合、化学ビューアは失敗するか無意味な表示をします。ファイルのソースを確認してください。化学ツールは公式サイト（avogadro.cc, openbabel.org）からダウンロードしてください。

形式の詳細

概要

正式名称XYZ Molecular Coordinates File (Cartesian chemical model)別名 XYZ chemical file format, XMol XYZ

開発元Originated with the XMol program (Minnesota Supercomputer Center); now a de facto community standard登場時期 Early 1990s (XMol)

カテゴリデータファイル

MIME タイプchemical/x-xyz

タイプデカルト (x, y, z) 座標を持つ原子のプレーンテキストリスト

標準規格オープン・ロイヤリティフリー

XYZ ファイルを開くプログラム

Windows4 apps

Avogadro オープンソース .xyzを開いて分子を3Dでレンダリングし、回転、測定、編集、他形式へのエクスポートが可能です。無料で推奨されます。

Jmol オープンソース .xyzを開いて構造を表示・アニメーション化できます（トラジェクトリに最適）。無料のJavaビューアです。

VMD 無料分子の可視化とトラジェクトリ再生のために.xyzをロードします（MDに強力）。

Notepad / any text editor オープンソース .xyzを開いて生の座標を直接読み取り/編集できます（プレーンテキストです）。

macOS2 apps

Avogadro オープンソース .xyzを開いて分子を3Dでレンダリングし、回転、測定、編集、他形式へのエクスポートが可能です。無料で推奨されます。

Jmol / VMD オープンソース構造やトラジェクトリを表示・アニメーション化します。

Linux2 apps

Avogadro オープンソース .xyzを開いて分子を3Dでレンダリングし、回転、測定、編集、他形式へのエクスポートが可能です。無料で推奨されます。

Jmol / VMD オープンソース構造やトラジェクトリを表示・アニメーション化します。

Web1 app

MolView 無料ブラウザ上でXYZ座標を貼り付け/インポートして、インストールなしで分子を3D表示します。

技術的詳細

詳細仕様

MIMEタイプ	chemical/x-xyz
代替MIMEタイプ	text/plain
エンコーディング	プレーンテキスト - ASCII または UTF-8
ファイル構造	1行目: 整数（原子数）、2行目: 自由形式のコメント、以降の各行: 元素記号と3つの浮動小数点数（x, y, z座標）
座標単位	デフォルトでオングストローム (Å)
座標系	デカルト座標（絶対的なx, y, z位置）
結合データ	保存されません。元素記号と原子位置のみが記録されます
拡張バリアント	Extended XYZ (extxyz): コメント行に key=value メタデータペアと Lattice= テンソルが記述されます
マルチフレーム対応	対応 - 1つのファイルに複数の座標ブロックを連結してトラジェクトリやアニメーションを構成します
ファイルシグネチャ	なし（マジックバイトなし）。1行目の整数、それに続くコメントと元素記号の行によって識別されます
圧縮	デフォルトでは非圧縮。大きなトラジェクトリは一般的に .xyz.gz として gzip 圧縮されます
典型的なファイルサイズ	小さな分子では数百バイト、長い分子動力学（MD）トラジェクトリでは数百MB
プラットフォーム	クロスプラットフォーム - Windows、macOS、Linuxで同一の形式
起源	1990年代初頭、ミネソタ・スーパーコンピュータ・センターのXMol分子可視化プログラム
リリース日	Early 1990s (XMol)
最新バージョン	No formal version - a stable de facto text format; 'extended XYZ' adds metadata
オープンスタンダード	はい · ロイヤリティフリー
仕様書	en.wikipedia.org