Wat is het BED-bestandsformaat?
De extensie .bed identificeert Browser Extensible Data, een platte tekstindeling met tabscheiding die in de computationele genomica wordt gebruikt om de coördinaten van genomische kenmerken te beschrijven. Het is ontwikkeld door de UCSC Genome Bioinformatics Group en is een van de meest gebruikte formaten voor de uitwisseling van annotaties in de bio-informatica.
Elke rij beschrijft één genomisch interval. De drie verplichte kolommen zijn de chromosoomnaam (chrom), de startpositie (chromStart) en de eindpositie (chromEnd). Tot negen optionele kolommen breiden het record uit met naam, score, streng (strand), grenzen van dikke regio's, RGB-weergavekleur en exon-blokstructuur.
Een cruciale coördinatenconventie: chromStart is gebaseerd op 0 (0-based) en chromEnd is gebaseerd op 1 (1-based), wat een halfopen interval start, end) oplevert. Dit verschilt van [GFF (1-based, gesloten coördinaten) en is een frequente bron van „off-by-one”-fouten bij het converteren tussen formaten.
Subprofielen definiëren veelgebruikte gebruiksniveaus: BED3 (alleen verplichte kolommen), BED6 (voegt naam, score en streng toe) en BED12 (voegt exon-blokstructuur toe voor transcriptannotatie). Bestanden kunnen optionele track- en browser-headerregels bevatten voor directe upload naar de UCSC Genome Browser of Ensembl. De GA4GH heeft het formaat in 2021 formeel gestandaardiseerd als BED v1.0 na decennia van informeel gebruik.
Voor grote datasets biedt de binaire geïndexeerde bigBed-variant (gemaakt met bedToBigBed) efficiënte willekeurige toegang. Gecomprimeerde .bed.gz-bestanden worden ook op grote schaal verspreid. Veelgebruikte tools zijn bedtools, IGV en UCSC Genome Browser.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWBestand met platte tekstgegevens; geen uitvoerbare code; veilig te openen in elke tekstverwerker of genoomviewer.
Formaatdetails
in een notendop- InfoSnorkel Blue Elephant Definition-bestand - Niche CRM/contactbeheersoftware van Blue Elephant Software (Windows); effectief dood/verlaten.
Programma's die BED-bestanden openen
Windows3 apps
Notepad
Open-source Open het bestand rechtstreeks om de tekst met tabscheiding te inspecteren of te bewerken. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, selecteer het .bed-bestand; het wordt geladen als een genomisch spoor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, selecteer .bed; kies de genoom-assemblage die overeenkomt met de coördinaten van het bestand. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, selecteer het .bed-bestand; het wordt geladen als een genomisch spoor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, selecteer .bed; kies de genoom-assemblage die overeenkomt met de coördinaten van het bestand. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, selecteer het .bed-bestand; het wordt geladen als een genomisch spoor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, selecteer .bed; kies de genoom-assemblage die overeenkomt met de coördinaten van het bestand.
bedtools
Open-source Command-line toolkit voor het kruisen, samenvoegen en manipuleren van BED-bestanden.
UCSC Genome Browser
Gratis My Data → Custom Tracks → plak of upload .bed-bestand; selecteer genoom-assemblage. Technische details
diepe specificaties| Codering | Platte tekst, tab-gescheiden (ASCII of UTF-8) |
| Verplichte kolommen | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Totaal gedefinieerde kolommen | Tot 12 (3 verplicht + 9 optioneel per GA4GH BED v1.0) |
| Coördinatensysteem | 0-based start, 1-based einde (halfopen interval [start, end)) - verschilt van GFF/GTF 1-based gesloten intervallen |
| Subprofielen | BED3 (3 kolommen), BED6 (+ naam, score, streng), BED12 (+ exon-blokstructuur) |
| Header-richtlijnen | Optionele track- en browserregels voor UCSC Genome Browser-upload; geen deel van de data |
| Compressie | Geen standaard; .bed.gz (gzip-gecomprimeerd) wordt veel gebruikt |
| Binair geïndexeerde variant | bigBed - gemaakt met bedToBigBed; ondersteunt efficiënte willekeurige toegang bij grote datasets |
| Formele specificatie | GA4GH BED v1.0 (2021); eerder gebruik was een informele UCSC-conventie |
| Streng-codering | + of - teken in kolom 6 (BED6+) |
| RGB-kleurveld | itemRgb-kolom (BED9+) - door komma's gescheiden R,G,B-getallentrio voor browserweergave |
| MIME-type | text/plain (ook text/x-bed) |
| Uitgebracht | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Laatste versie | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Open standaard | Ja · royaltyvrij |
| Specificatie | samtools.github.io |
BED conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over BED-bestanden.
