Hvad er BED-filformatet?
Filendelsen .bed identificerer Browser Extensible Data, et tabulator-separeret tekstformat, der anvendes i beregningsmæssig genomik til at beskrive koordinaterne for genomiske træk. Det blev udviklet af UCSC Genome Bioinformatics Group og er et af de mest udbredte formater til udveksling af annoteringer inden for bioinformatik.
Hver række beskriver ét genomisk interval. De tre obligatoriske kolonner er kromosomnavn (chrom), startposition (chromStart) og slutposition (chromEnd). Op til ni valgfrie kolonner udvider posten med navn, score, streng (strand), grænser for tykke regioner, RGB-visningsfarve og exon-blokstruktur.
En kritisk koordinatkonvention: chromStart er 0-baseret og chromEnd er 1-baseret, hvilket skaber et halvåbent interval start, end). Dette adskiller sig fra [GFF (1-baserede, lukkede koordinater) og er en hyppig kilde til «off-by-one»-fejl, når der konverteres mellem formater.
Underprofiler definerer almindelige brugsniveauer: BED3 (kun obligatoriske kolonner), BED6 (tilføjer navn, score, streng) og BED12 (tilføjer exon-blokstruktur til transkriptannotering). Filer kan indeholde valgfrie track- og browser-overskriftslinjer til direkte upload til UCSC Genome Browser eller Ensembl. GA4GH standardiserede formelt formatet som BED v1.0 i 2021 efter årtiers uformel brug.
For store datasæt tilbyder den binære indekserede bigBed-variant (oprettet med bedToBigBed) effektiv tilfældig adgang. Komprimerede .bed.gz-filer er også vidt udbredte. Almindelige værktøjer inkluderer bedtools, IGV og UCSC Genome Browser.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWAlmindelig tekstdatafil; ingen eksekverbar kode; sikker at åbne i enhver teksteditor eller genombrowser.
Formatdetaljer
kort fortalt- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Niche CRM/kontaktstyringssoftware fra Blue Elephant Software (Windows); reelt udgået/forladt.
Programmer der åbner BED-filer
Windows3 apps
Notepad
Open-source Åbn filen direkte for at inspicere eller redigere den tabulator-separerede tekst. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, vælg .bed-filen; den indlæses som et genomisk spor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, vælg .bed; vælg den genomsamling, der matcher filens koordinater. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, vælg .bed-filen; den indlæses som et genomisk spor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, vælg .bed; vælg den genomsamling, der matcher filens koordinater. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, vælg .bed-filen; den indlæses som et genomisk spor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, vælg .bed; vælg den genomsamling, der matcher filens koordinater.
UCSC Genome Browser
Gratis My Data → Custom Tracks → indsæt eller upload .bed-fil; vælg genomsamling. Tekniske detaljer
dyb specifikation| Kodning | Almindelig tekst, tabulator-separeret (ASCII eller UTF-8) |
| Obligatoriske kolonner | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Samlet antal definerede kolonner | Op til 12 (3 obligatoriske + 9 valgfrie pr. GA4GH BED v1.0) |
| Koordinatsystem | 0-baseret start, 1-baseret slutning (halvåbent interval [start, end)) - adskiller sig fra GFF/GTF 1-baserede lukkede intervaller |
| Underprofiler | BED3 (3 kolonner), BED6 (+ navn, score, streng), BED12 (+ exon-blokstruktur) |
| Overskriftsdirektiver | Valgfrie track- og browser-linjer til UCSC Genome Browser-upload; ikke en del af dataene |
| Komprimering | Ingen indbygget; .bed.gz (gzip-komprimeret) er vidt udbredt |
| Binær indekseret variant | bigBed - oprettet med bedToBigBed; understøtter effektiv tilfældig adgang i store datasæt |
| Formel specifikation | GA4GH BED v1.0 (2021); tidligere brug var uformel UCSC-konvention |
| Streng-kodning | + eller - tegn i kolonne 6 (BED6+) |
| RGB-farvefelt | itemRgb-kolonne (BED9+) - komma-separeret R,G,B heltalstrio til browservisning |
| MIME-type | text/plain (også text/x-bed) |
| Udgivet | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Seneste version | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Åben standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | samtools.github.io |
BED-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om BED-filer.
