Qu'est-ce que le format de fichier BED ?
L'extension .bed identifie le Browser Extensible Data, un format texte brut délimité par des tabulations utilisé en génomique computationnelle pour décrire les coordonnées des caractéristiques génomiques. Il a été développé par le UCSC Genome Bioinformatics Group et constitue l'un des formats d'échange d'annotations les plus utilisés en bioinformatique.
Chaque ligne décrit un intervalle génomique. Les trois colonnes obligatoires sont le nom du chromosome (chrom), la position de début (chromStart) et la position de fin (chromEnd). Jusqu'à neuf colonnes optionnelles étendent l'enregistrement avec le nom, le score, le brin, les limites de la région épaisse, la couleur d'affichage RGB et la structure des blocs d'exons.
Une convention de coordonnées critique : chromStart est basé sur 0 et chromEnd est basé sur 1, produisant un intervalle semi-ouvert start, end). Cela diffère du [GFF (coordonnées fermées basées sur 1) et constitue une source fréquente d'erreurs « off-by-one » (décalage d'une unité) lors de la conversion entre formats.
Des sous-profils définissent les niveaux d'utilisation courants : BED3 (colonnes obligatoires uniquement), BED6 (ajoute le nom, le score, le brin) et BED12 (ajoute la structure des blocs d'exons pour l'annotation des transcrits). Les fichiers peuvent inclure des lignes d'en-tête optionnelles track et browser pour un téléchargement direct vers le UCSC Genome Browser ou Ensembl. L'alliance GA4GH a formellement standardisé le format en tant que BED v1.0 en 2021 après des décennies d'utilisation informelle.
Pour les grands ensembles de données, la variante binaire indexée bigBed (créée avec bedToBigBed) offre un accès aléatoire efficace. Les fichiers compressés .bed.gz sont également largement distribués. Les outils courants incluent bedtools, IGV et UCSC Genome Browser.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWFichier de données en texte brut ; aucun code exécutable ; sûr à ouvrir dans n'importe quel éditeur de texte ou navigateur de génome.
Détails du format
en bref- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Logiciel de niche de gestion de contacts/CRM par Blue Elephant Software (Windows) ; effectivement mort ou abandonné.
Programmes qui ouvrent les fichiers BED
Windows3 apps
Notepad
Open-source Ouvrez le fichier directement pour inspecter ou modifier le texte délimité par des tabulations. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, sélectionnez le fichier .bed ; il se charge comme une piste génomique.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, sélectionnez .bed ; choisissez l'assemblage du génome correspondant aux coordonnées du fichier. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, sélectionnez le fichier .bed ; il se charge comme une piste génomique.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, sélectionnez .bed ; choisissez l'assemblage du génome correspondant aux coordonnées du fichier. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, sélectionnez le fichier .bed ; il se charge comme une piste génomique.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, sélectionnez .bed ; choisissez l'assemblage du génome correspondant aux coordonnées du fichier.
bedtools
Open-source Boîte à outils en ligne de commande pour l'intersection, la fusion et la manipulation de fichiers BED.
UCSC Genome Browser
Gratuit My Data → Custom Tracks → collez ou téléchargez le fichier .bed ; sélectionnez l'assemblage du génome. Détails techniques
spécifications approfondies| Encodage | Texte brut, délimité par des tabulations (ASCII ou UTF-8) |
| Colonnes obligatoires | 3 : chrom, chromStart, chromEnd |
| Total de colonnes définies | Jusqu'à 12 (3 obligatoires + 9 facultatives selon GA4GH BED v1.0) |
| Système de coordonnées | Début basé sur 0, fin basée sur 1 (intervalle semi-ouvert [start, end)) - diffère des intervalles fermés basés sur 1 de GFF/GTF |
| Sous-profils | BED3 (3 col.), BED6 (+ nom, score, brin), BED12 (+ structure des blocs d'exons) |
| Directives d'en-tête | Lignes track et browser facultatives pour le téléchargement vers UCSC Genome Browser ; ne font pas partie des données |
| Compression | Aucune nativement ; .bed.gz (compressé avec gzip) largement distribué |
| Variante binaire indexée | bigBed - créé avec bedToBigBed ; prend en charge l'accès aléatoire efficace sur les grands ensembles de données |
| Spécification formelle | GA4GH BED v1.0 (2021) ; l'utilisation antérieure était une convention informelle de UCSC |
| Encodage du brin | Caractère + ou - dans la colonne 6 (BED6+) |
| Champ de couleur RGB | Colonne itemRgb (BED9+) - triplet d'entiers R,G,B séparés par des virgules pour l'affichage du navigateur |
| Type MIME | text/plain (également text/x-bed) |
| Publié | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Dernière version | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Standard ouvert | Oui · libre de droits |
| Spécification | samtools.github.io |
Conversions BED
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