Co to jest format pliku BED?
Rozszerzenie .bed identyfikuje Browser Extensible Data, tekstowy format rozdzielany tabulatorami używany w genomice obliczeniowej do opisywania współrzędnych cech genomicznych. Został opracowany przez UCSC Genome Bioinformatics Group i jest jednym z najczęściej używanych formatów wymiany adnotacji w bioinformatyce.
Każdy wiersz opisuje jeden interwał genomiczny. Trzy obowiązkowe kolumny to nazwa chromosomu (chrom), pozycja początkowa (chromStart) i pozycja końcowa (chromEnd). Do dziewięciu opcjonalnych kolumn rozszerza rekord o nazwę, wynik, nić, granice regionu pogrubionego, kolor wyświetlania RGB i strukturę bloków egzonów.
Kluczowa konwencja współrzędnych: chromStart jest liczony od 0, a chromEnd od 1, co tworzy interwał półotwarty start, end). Różni się to od [GFF (współrzędne zamknięte, liczone od 1) i jest częstym źródłem błędów typu „off-by-one” podczas konwersji między formatami.
Podprofile definiują typowe poziomy użycia: BED3 (tylko kolumny obowiązkowe), BED6 (dodaje nazwę, wynik, nić) i BED12 (dodaje strukturę bloków egzonów dla adnotacji transkrypcji). Pliki mogą zawierać opcjonalne linie nagłówka track i browser do bezpośredniego przesyłania do UCSC Genome Browser lub Ensembl. GA4GH formalnie wystandaryzował ten format jako BED v1.0 w 2021 roku po dekadach nieformalnego użytkowania.
Dla dużych zbiorów danych, binarny indeksowany wariant bigBed (tworzony za pomocą bedToBigBed) oferuje wydajny dostęp swobodny. Skompresowane pliki .bed.gz są również powszechnie dystrybuowane. Typowe narzędzia to bedtools, IGV i UCSC Genome Browser.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWPlik danych tekstowych; brak kodu wykonywalnego; bezpieczny do otwarcia w dowolnym edytorze tekstu lub przeglądarce genomu.
Szczegóły formatu
w pigułce- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Niszowe oprogramowanie CRM/zarządzanie kontaktami od Blue Elephant Software (Windows); obecnie nieużywane/porzucone.
Programy otwierające pliki BED
Windows3 apps
Notepad
Open-source Otwórz plik bezpośrednio, aby sprawdzić lub edytować tekst rozdzielany tabulatorami. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, wybierz plik .bed; zostanie załadowany jako ścieżka genomiczna.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, wybierz .bed; wybierz zestawienie genomu pasujące do współrzędnych pliku. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, wybierz plik .bed; zostanie załadowany jako ścieżka genomiczna.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, wybierz .bed; wybierz zestawienie genomu pasujące do współrzędnych pliku. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, wybierz plik .bed; zostanie załadowany jako ścieżka genomiczna.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, wybierz .bed; wybierz zestawienie genomu pasujące do współrzędnych pliku.
bedtools
Open-source Zestaw narzędzi wiersza poleceń do przecinania, łączenia i manipulowania plikami BED.
UCSC Genome Browser
Darmowy My Data → Custom Tracks → wklej lub prześlij plik .bed; wybierz zestawienie genomu. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Kodowanie | Czysty tekst, rozdzielany tabulatorami (ASCII lub UTF-8) |
| Obowiązkowe kolumny | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Łączna liczba zdefiniowanych kolumn | Do 12 (3 obowiązkowe + 9 opcjonalnych według GA4GH BED v1.0) |
| System współrzędnych | Początek liczony od 0, koniec od 1 (interwał półotwarty [start, end)) - różni się od GFF/GTF z interwałami zamkniętymi liczonymi od 1 |
| Podprofile | BED3 (3 kolumny), BED6 (+ nazwa, wynik, nić), BED12 (+ struktura bloków egzonów) |
| Dyrektywy nagłówka | Opcjonalne linie track i browser do przesyłania do UCSC Genome Browser; nie są częścią danych |
| Kompresja | Brak natywnej; powszechnie dystrybuowane jako .bed.gz (skompresowane gzip) |
| Binarny wariant indeksowany | bigBed - tworzony za pomocą bedToBigBed; wspiera wydajny dostęp swobodny do dużych zbiorów danych |
| Specyfikacja formalna | GA4GH BED v1.0 (2021); wcześniejsze użycie było nieformalną konwencją UCSC |
| Kodowanie nici | Znak + lub - w kolumnie 6 (BED6+) |
| Pole koloru RGB | Kolumna itemRgb (BED9+) - oddzielona przecinkami trójka liczb całkowitych R,G,B dla wyświetlania w przeglądarce |
| Typ MIME | text/plain (również text/x-bed) |
| Wydano | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Najnowsza wersja | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Otwarty standard | Tak · bezpłatny (royalty-free) |
| Specyfikacja | samtools.github.io |
Konwersje BED
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki BED.
