Vad är filformatet BED?
Filsuffixet .bed identifierar Browser Extensible Data, ett tab-avgränsat textformat som används inom beräkningsgenomik för att beskriva koordinaterna för genomiska egenskaper. Det utvecklades av UCSC Genome Bioinformatics Group och är ett av de mest använda formaten för utbyte av annoteringar inom bioinformatik.
Varje rad beskriver ett genomiskt intervall. De tre obligatoriska kolumnerna är kromosomnamn (chrom), startposition (chromStart) och slutposition (chromEnd). Upp till nio valfria kolumner utökar posten med namn, poäng, sträng (strand), gränser för tjocka regioner, RGB-färg för visning och exon-blockstruktur.
En kritisk koordinatkonvention: chromStart är 0-baserad och chromEnd är 1-baserad, vilket skapar ett halvöppet intervall start, end). Detta skiljer sig från [GFF (1-baserade, stängda koordinater) och är en vanlig källa till «off-by-one»-fel vid konvertering mellan format.
Underprofiler definierar vanliga användningsnivåer: BED3 (endast obligatoriska kolumner), BED6 (lägger till namn, poäng, sträng) och BED12 (lägger till exon-blockstruktur för transkriptannotering). Filer kan innehålla valfria track- och browser-rubrikrader för direkt uppladdning till UCSC Genome Browser eller Ensembl. GA4GH standardiserade formellt formatet som BED v1.0 år 2021 efter årtionden av informell användning.
För stora datamängder erbjuder den binära indexerade bigBed-varianten (skapad med bedToBigBed) effektiv slumpmässig åtkomst. Komprimerade .bed.gz-filer är också allmänt spridda. Vanliga verktyg inkluderar bedtools, IGV och UCSC Genome Browser.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWDatafil i ren text; ingen exekverbar kod; säker att öppna i valfri textredigerare eller genom-browser.
Formatdetaljer
i ett nötskal- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Nischad CRM/kontakthanteringsprogramvara från Blue Elephant Software (Windows); i praktiken död/övergiven.
Program som öppnar BED-filer
Windows3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Öppen källkod File → Open Local File, välj .bed-filen; den laddas som ett genomiskt spår.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Öppen källkod File → Load from File, välj .bed; välj den genom-assembly som matchar filens koordinater. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Öppen källkod File → Open Local File, välj .bed-filen; den laddas som ett genomiskt spår.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Öppen källkod File → Load from File, välj .bed; välj den genom-assembly som matchar filens koordinater. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Öppen källkod File → Open Local File, välj .bed-filen; den laddas som ett genomiskt spår.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Öppen källkod File → Load from File, välj .bed; välj den genom-assembly som matchar filens koordinater.
UCSC Genome Browser
Gratis My Data → Custom Tracks → klistra in eller ladda upp .bed-fil; välj genom-assembly. Tekniska detaljer
djup specifikation| Kodning | Ren text, tab-avgränsad (ASCII eller UTF-8) |
| Obligatoriska kolumner | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Totalt definierade kolumner | Upp till 12 (3 obligatoriska + 9 valfria enligt GA4GH BED v1.0) |
| Koordinatsystem | 0-baserad start, 1-baserat slut (halvöppet intervall [start, end)) - skiljer sig från GFF/GTF 1-baserade stängda intervall |
| Underprofiler | BED3 (3 kol), BED6 (+ namn, poäng, sträng), BED12 (+ exon-blockstruktur) |
| Header-direktiv | Valfria track- och browser-rader för uppladdning till UCSC Genome Browser; inte en del av datan |
| Komprimering | Ingen inbyggd; .bed.gz (gzip-komprimerad) är allmänt spridd |
| Binär indexerad variant | bigBed - skapad med bedToBigBed; stöder effektiv slumpmässig åtkomst i stora datamängder |
| Formell specifikation | GA4GH BED v1.0 (2021); tidigare användning var informell UCSC-konvention |
| Strängkodning (strand) | Tecknen + eller - i kolumn 6 (BED6+) |
| RGB-färgfält | itemRgb-kolumn (BED9+) - kommaseparerad R,G,B-heltalstrippel för visning i browser |
| MIME-typ | text/plain (även text/x-bed) |
| Släppt | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Senaste version | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Öppen standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | samtools.github.io |
BED-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om BED-filer.
