Was ist das BED-Dateiformat?
Die Dateiendung .bed kennzeichnet Browser Extensible Data, ein tabulatorgetrenntes Klartextformat, das in der Computergenomik zur Beschreibung der Koordinaten genomischer Merkmale verwendet wird. Es wurde von der UCSC Genome Bioinformatics Group entwickelt und ist eines der am weitesten verbreiteten Austauschformate für Annotationen in der Bioinformatik.
Jede Zeile beschreibt ein genomisches Intervall. Die drei obligatorischen Spalten sind der Chromosomenname (chrom), die Startposition (chromStart) und die Endposition (chromEnd). Bis zu neun optionale Spalten erweitern den Datensatz um Name, Score, Strang (Strand), Grenzen der Thick-Region, RGB-Anzeigefarbe und Exon-Blockstruktur.
Eine kritische Koordinatenkonvention: chromStart ist 0-basiert und chromEnd ist 1-basiert, was ein halboffenes Intervall start, end) ergibt. Dies unterscheidet sich von [GFF (1-basierte, geschlossene Koordinaten) und ist eine häufige Quelle für „Off-by-one“-Fehler bei der Konvertierung zwischen Formaten.
Sub-Profile definieren gängige Nutzungsstufen: BED3 (nur obligatorische Spalten), BED6 (fügt Name, Score, Strang hinzu) und BED12 (fügt Exon-Blockstruktur für Transkript-Annotationen hinzu). Dateien können optionale track- und browser-Headerzeilen für den direkten Upload in den UCSC Genome Browser oder Ensembl enthalten. Die GA4GH hat das Format im Jahr 2021 nach jahrzehntelanger informeller Nutzung offiziell als BED v1.0 standardisiert.
Für große Datensätze bietet die binär indizierte bigBed-Variante (erstellt mit bedToBigBed) effizienten Direktzugriff. Komprimierte .bed.gz-Dateien sind ebenfalls weit verbreitet. Zu den gängigen Werkzeugen gehören bedtools, IGV und der UCSC Genome Browser.
Sicherheit
RISIKO: LOWKlartext-Datendatei; kein ausführbarer Code; sicher in jedem Texteditor oder Genombrowser zu öffnen.
Formatdetails
kurz gefasst- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Nischen-CRM/Kontaktmanagement-Software von Blue Elephant Software (Windows); praktisch veraltet/aufgegeben.
Programme zum Öffnen von BED-Dateien
Windows3 apps
Notepad
Open Source Öffnen Sie die Datei direkt, um den tabulatorgetrennten Text zu prüfen oder zu bearbeiten. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Open Source File → Open Local File, wählen Sie die .bed-Datei aus; sie wird als genomischer Track geladen.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open Source File → Load from File, wählen Sie .bed; wählen Sie das Genom-Assembly aus, das zu den Koordinaten der Datei passt. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open Source File → Open Local File, wählen Sie die .bed-Datei aus; sie wird als genomischer Track geladen.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open Source File → Load from File, wählen Sie .bed; wählen Sie das Genom-Assembly aus, das zu den Koordinaten der Datei passt. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open Source File → Open Local File, wählen Sie die .bed-Datei aus; sie wird als genomischer Track geladen.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open Source File → Load from File, wählen Sie .bed; wählen Sie das Genom-Assembly aus, das zu den Koordinaten der Datei passt.
bedtools
Open Source Kommandozeilen-Toolkit zum Schneiden, Zusammenführen und Bearbeiten von BED Dateien.
UCSC Genome Browser
Kostenlos My Data → Custom Tracks → .bed-Datei einfügen oder hochladen; Genom-Assembly auswählen. Technische Details
technische Spezifikation| Kodierung | Klartext, tabulatorgetrennt (ASCII oder UTF-8) |
| Obligatorische Spalten | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Gesamtzahl definierter Spalten | Bis zu 12 (3 obligatorische + 9 optionale gemäß GA4GH BED v1.0) |
| Koordinatensystem | 0-basierter Start, 1-basiertes Ende (halboffenes Intervall [start, end)) - unterscheidet sich von GFF/GTF 1-basierten geschlossenen Intervallen |
| Sub-Profile | BED3 (3 Spalten), BED6 (+ Name, Score, Strang), BED12 (+ Exon-Blockstruktur) |
| Header-Anweisungen | Optionale track- und browser-Zeilen für den UCSC Genome Browser Upload; nicht Teil der Daten |
| Komprimierung | Nativ keine; .bed.gz (gzip-komprimiert) weit verbreitet |
| Binär indizierte Variante | bigBed - erstellt mit bedToBigBed; unterstützt effizienten Direktzugriff auf große Datensätze |
| Formale Spezifikation | GA4GH BED v1.0 (2021); frühere Nutzung war informelle UCSC-Konvention |
| Strang-Kodierung | + oder - Zeichen in Spalte 6 (BED6+) |
| RGB-Farbfeld | itemRgb-Spalte (BED9+) - kommagetrenntes R,G,B-Ganzzahltripel für die Browseranzeige |
| MIME-Typ | text/plain (auch text/x-bed) |
| Veröffentlicht | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Neueste Version | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Offener Standard | Ja · lizenzgebührenfrei |
| Spezifikation | samtools.github.io |
BED-Konvertierungen
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