Hva er BED-filformatet?
Filendelsen .bed identifiserer Browser Extensible Data, et tabulator-separert ren tekst-format som brukes i beregningsorientert genomikk for å beskrive koordinatene til genomiske egenskaper. Det ble utviklet av UCSC Genome Bioinformatics Group og er et av de mest brukte formatene for utveksling av annoteringer innen bioinformatikk.
Hver rad beskriver ett genomisk intervall. De tre obligatoriske kolonnene er kromosomnavn (chrom), startposisjon (chromStart) og sluttposisjon (chromEnd). Opptil ni valgfrie kolonner utvider posten med navn, poengsum, trådretning (strand), grenser for tykke regioner, RGB-visningsfarge og ekson-blokkstruktur.
En kritisk koordinatkonvensjon: chromStart er 0-basert og chromEnd is 1-basert, noe som gir et halvåpent intervall start, end). Dette skiller seg fra [GFF (1-baserte, lukkede koordinater) og er en hyppig kilde til «off-by-one»-feil ved konvertering mellom formater.
Underprofiler definerer vanlige bruksnivåer: BED3 (kun obligatoriske kolonner), BED6 (legger til navn, poengsum, trådretning) og BED12 (legger til ekson-blokkstruktur for transkriptannotering). Filer kan inkludere valgfrie track- og browser-overskriftslinjer for direkte opplasting til UCSC Genome Browser eller Ensembl. GA4GH standardiserte formatet formelt som BED v1.0 i 2021 etter tiår med uformell bruk.
For store datasett tilbyr den binære indekserte bigBed-varianten (opprettet med bedToBigBed) effektiv tilfeldig tilgang. Komprimerte .bed.gz-filer er også vidt distribuert. Vanlige verktøy inkluderer bedtools, IGV og UCSC Genome Browser.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWDatafil i ren tekst; ingen kjørbar kode; trygg å åpne i ethvert tekstredigeringsprogram eller genom-leser.
Formatdetaljer
i et nøtteskall- InfoSnorkel Blue Elephant Definition-fil - Nisje-programvare for CRM/kontaktbehandling fra Blue Elephant Software (Windows); i praksis utgått/forlatt.
Programmer som åpner BED-filer
Windows3 apps
Notepad
Åpen kildekode Åpne filen direkte for å inspisere eller redigere den tabulator-separerte teksten. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Åpen kildekode File → Open Local File, velg .bed-filen; den lastes som et genomisk spor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Åpen kildekode File → Load from File, velg .bed; velg genom-samling som samsvarer med filens koordinater. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Åpen kildekode File → Open Local File, velg .bed-filen; den lastes som et genomisk spor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Åpen kildekode File → Load from File, velg .bed; velg genom-samling som samsvarer med filens koordinater. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Åpen kildekode File → Open Local File, velg .bed-filen; den lastes som et genomisk spor.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Åpen kildekode File → Load from File, velg .bed; velg genom-samling som samsvarer med filens koordinater.
UCSC Genome Browser
Gratis My Data → Custom Tracks → lim inn eller last opp .bed-fil; velg genom-samling. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| Koding | Ren tekst, tabulator-separert (ASCII eller UTF-8) |
| Obligatoriske kolonner | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Totalt antall definerte kolonner | Opptil 12 (3 obligatoriske + 9 valgfrie per GA4GH BED v1.0) |
| Koordinatsystem | 0-basert start, 1-basert slutt (halvåpent intervall [start, end)) - skiller seg fra GFF/GTF 1-baserte lukkede intervaller |
| Underprofiler | BED3 (3 kol.), BED6 (+ navn, poengsum, trådretning), BED12 (+ ekson-blokkstruktur) |
| Overskriftsdirektiver | Valgfrie track- og browser-linjer for opplasting til UCSC Genome Browser; ikke en del av dataene |
| Komprimering | Ingen innebygd; .bed.gz (gzip-komprimert) er vidt distribuert |
| Binær indeksert variant | bigBed - opprettet med bedToBigBed; støtter effektiv tilfeldig tilgang på store datasett |
| Formell spesifikasjon | GA4GH BED v1.0 (2021); tidligere bruk var uformell UCSC-konvensjon |
| Koding av trådretning | + eller - tegn i kolonne 6 (BED6+) |
| RGB-fargefelt | itemRgb-kolonne (BED9+) - kommaseparert R,G,B-heltallstrippel for visning i nettleser |
| MIME-type | text/plain (også text/x-bed) |
| Utgitt | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Siste versjon | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Åpen standard | Ja · royalty-fri |
| Spesifikasjon | samtools.github.io |
BED-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om BED-filer.
