Что такое формат файла BED?
Расширение .bed идентифицирует Browser Extensible Data, текстовый формат с разделителями-табуляцией, используемый в вычислительной геномике для описания координат геномных объектов. Он был разработан группой UCSC Genome Bioinformatics Group и является одним из самых широко используемых форматов обмена аннотациями в биоинформатике.
Каждая строка описывает один геномный интервал. Три обязательных столбца - это имя хромосомы (chrom), начальная позиция (chromStart) и конечная позиция (chromEnd). До девяти дополнительных столбцов расширяют запись, добавляя имя, оценку, цепь (strand), границы «толстой» области, цвет отображения RGB и структуру экзонных блоков.
Критически важная конвенция координат: chromStart отсчитывается от 0, а chromEnd - от 1, что создает полуоткрытый интервал start, end). Это отличается от [GFF (координаты на основе 1, закрытые интервалы) и является частой причиной ошибок «смещения на единицу» при конвертации между форматами.
Субпрофили определяют общие уровни использования: BED3 (только обязательные столбцы), BED6 (добавляет имя, оценку, цепь) и BED12 (добавляет структуру экзонных блоков для аннотации транскриптов). Файлы могут включать необязательные строки заголовка track и browser для прямой загрузки в UCSC Genome Browser или Ensembl. Организация GA4GH официально стандартизировала формат как BED v1.0 в 2021 году после десятилетий неформального использования.
Для больших наборов данных бинарный индексированный вариант bigBed (созданный с помощью bedToBigBed) обеспечивает эффективный произвольный доступ. Сжатые файлы .bed.gz также широко распространены. К популярным инструментам относятся bedtools, IGV и UCSC Genome Browser.
Безопасность и защита
РИСК: LOWФайл данных в текстовом формате; не содержит исполняемого кода; безопасен для открытия в любом текстовом редакторе или браузере генома.
Детали формата
в двух словах- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Нишевое ПО для управления CRM/контактами от Blue Elephant Software (Windows); фактически мертво или заброшено.
Программы, открывающие файлы BED
Windows3 apps
Notepad
Открытый код Откройте файл напрямую для просмотра или редактирования текста с разделителями-табуляцией. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Открытый код File → Open Local File, выберите файл .bed; он загрузится как геномный трек.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Открытый код File → Load from File, выберите .bed; выберите сборку генома, соответствующую координатам файла. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Открытый код File → Open Local File, выберите файл .bed; он загрузится как геномный трек.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Открытый код File → Load from File, выберите .bed; выберите сборку генома, соответствующую координатам файла. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Открытый код File → Open Local File, выберите файл .bed; он загрузится как геномный трек.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Открытый код File → Load from File, выберите .bed; выберите сборку генома, соответствующую координатам файла.
bedtools
Открытый код Набор инструментов командной строки для пересечения, объединения и манипулирования файлами BED.
UCSC Genome Browser
Бесплатно My Data → Custom Tracks → вставьте или загрузите файл .bed; выберите сборку генома. Технические подробности
глубокая спецификация| Кодировка | Простой текст, разделитель - табуляция (ASCII или UTF-8) |
| Обязательные столбцы | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Всего определенных столбцов | До 12 (3 обязательных + 9 необязательных согласно GA4GH BED v1.0) |
| Система координат | Начало от 0, конец от 1 (полуоткрытый интервал [start, end)) - отличается от закрытых интервалов GFF/GTF на базе 1 |
| Субпрофили | BED3 (3 столбца), BED6 (+ имя, оценка, цепь), BED12 (+ структура экзонных блоков) |
| Директивы заголовка | Необязательные строки track и browser для загрузки в UCSC Genome Browser; не являются частью данных |
| Сжатие | Нативно отсутствует; широко распространены файлы .bed.gz (сжатые gzip) |
| Бинарный индексированный вариант | bigBed - создается с помощью bedToBigBed; поддерживает эффективный произвольный доступ к большим наборам данных |
| Формальная спецификация | GA4GH BED v1.0 (2021); ранее использовалась неформальная конвенция UCSC |
| Кодирование цепи | Символ + или - в 6-м столбце (BED6+) |
| Поле цвета RGB | Столбец itemRgb (BED9+) - тройка целых чисел R,G,B через запятую для отображения в браузере |
| MIME-тип | text/plain (также text/x-bed) |
| Выпущен | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Последняя версия | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Открыть стандартное | Да · без роялти |
| Спецификация | samtools.github.io |
Конвертации BED
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах BED.
