Che cos'è il formato di file BED?
L'estensione .bed identifica il Browser Extensible Data, un formato di testo semplice delimitato da tabulazioni utilizzato nella genomica computazionale per descrivere le coordinate delle caratteristiche genomiche. È stato sviluppato dall'UCSC Genome Bioinformatics Group ed è uno dei formati di scambio di annotazioni più ampiamente utilizzati nella bioinformatica.
Ogni riga descrive un intervallo genomico. Le tre colonne obbligatorie sono il nome del cromosoma (chrom), la posizione di inizio (chromStart) e la posizione di fine (chromEnd). Fino a nove colonne opzionali estendono il record con nome, punteggio, filamento (strand), limiti della regione spessa, colore di visualizzazione RGB e struttura dei blocchi esonici.
Una convenzione critica per le coordinate: chromStart è basato su 0 e chromEnd è basato su 1, producendo un intervallo semi-aperto start, end). Questo differisce da [GFF (coordinate chiuse, basate su 1) ed è una fonte frequente di errori «off-by-one» (sfasamento di uno) durante la conversione tra formati.
I sottoprofili definiscono i livelli di utilizzo comuni: BED3 (solo colonne obbligatorie), BED6 (aggiunge nome, punteggio, strand) e BED12 (aggiunge la struttura dei blocchi esonici per l'annotazione dei trascritti). I file possono includere righe di intestazione opzionali track e browser per il caricamento diretto nell'UCSC Genome Browser o Ensembl. Il GA4GH ha formalmente standardizzato il formato come BED v1.0 nel 2021 dopo decenni di uso informale.
Per set di dati di grandi dimensioni, la variante binaria indicizzata bigBed (creata con bedToBigBed) offre un accesso casuale efficiente. Anche i file compressi .bed.gz sono ampiamente distribuiti. Gli strumenti comuni includono bedtools, IGV e UCSC Genome Browser.
Sicurezza e incolumità
RISCHIO: LOWFile di dati in testo semplice; nessun codice eseguibile; sicuro da aprire in qualsiasi editor di testo o browser genomico.
Dettagli del formato
in sintesi- File InfoSnorkel Blue Elephant Definition - Software di nicchia per la gestione dei contatti/CRM di Blue Elephant Software (Windows); di fatto morto o abbandonato.
Programmi che aprono file BED
Windows3 apps
Notepad
Open-source Aprire il file direttamente per ispezionare o modificare il testo delimitato da tabulazioni. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, selezionare il file .bed; viene caricato come traccia genomica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, selezionare .bed; scegliere l'assemblaggio del genoma corrispondente alle coordinate del file. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, selezionare il file .bed; viene caricato come traccia genomica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, selezionare .bed; scegliere l'assemblaggio del genoma corrispondente alle coordinate del file. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Open-source File → Open Local File, selezionare il file .bed; viene caricato come traccia genomica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Open-source File → Load from File, selezionare .bed; scegliere l'assemblaggio del genoma corrispondente alle coordinate del file.
UCSC Genome Browser
Gratuito My Data → Custom Tracks → incollare o caricare il file .bed; selezionare l'assemblaggio del genoma. Dettagli tecnici
specifiche approfondite| Codifica | Testo semplice, delimitato da tabulazioni (ASCII o UTF-8) |
| Colonne obbligatorie | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Colonne totali definite | Fino a 12 (3 obbligatorie + 9 opzionali secondo GA4GH BED v1.0) |
| Sistema di coordinate | Inizio basato su 0, fine basata su 1 (intervallo semi-aperto [start, end)) - differisce dagli intervalli chiusi basati su 1 di GFF/GTF |
| Sottoprofili | BED3 (3 col.), BED6 (+ nome, punteggio, strand), BED12 (+ struttura blocchi esonici) |
| Direttive di intestazione | Righe opzionali track e browser per il caricamento su UCSC Genome Browser; non fanno parte dei dati |
| Compressione | Nessuna nativa; .bed.gz (compresso con gzip) ampiamente distribuito |
| Variante binaria indicizzata | bigBed - creato con bedToBigBed; supporta l'accesso casuale efficiente su set di dati di grandi dimensioni |
| Specifica formale | GA4GH BED v1.0 (2021); l'uso precedente era una convenzione informale UCSC |
| Codifica del filamento | Carattere + o - nella colonna 6 (BED6+) |
| Campo colore RGB | Colonna itemRgb (BED9+) - tripla di interi R,G,B separati da virgola per la visualizzazione nel browser |
| Tipo MIME | text/plain (anche text/x-bed) |
| Rilasciato | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Ultima versione | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Standard aperto | Sì · royalty-free |
| Specifica | samtools.github.io |
Conversioni BED
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