¿Qué es el formato de archivo BED?
La extensión .bed identifica al Browser Extensible Data, un formato de texto plano delimitado por pestañas utilizado en genómica computacional para describir las coordenadas de las características genómicas. Fue desarrollado por el UCSC Genome Bioinformatics Group y es uno de los formatos de intercambio de anotaciones más utilizados en bioinformática.
Cada fila describe un intervalo genómico. Las tres columnas obligatorias son el nombre del cromosoma (chrom), la posición de inicio (chromStart) y la posición de fin (chromEnd). Hasta nueve columnas opcionales extienden el registro con nombre, puntuación, hebra, límites de la región gruesa, color de visualización RGB y estructura de bloques de exones.
Una convención de coordenadas crítica: chromStart se basa en 0 y chromEnd se basa en 1, produciendo un intervalo semiabierto start, end). Esto difiere de [GFF (coordenadas cerradas basadas en 1) y es una fuente frecuente de errores de «desfase por uno» al convertir entre formatos.
Los subperfiles definen niveles de uso comunes: BED3 (solo columnas obligatorias), BED6 (añade nombre, puntuación, hebra) y BED12 (añade la estructura de bloques de exones para la anotación de transcritos). Los archivos pueden incluir líneas de encabezado opcionales track y browser para su carga directa en el UCSC Genome Browser o Ensembl. La GA4GH estandarizó formalmente el formato como BED v1.0 en 2021 tras décadas de uso informal.
Para conjuntos de datos grandes, la variante binaria indexada bigBed (creada con bedToBigBed) ofrece un acceso aleatorio eficiente. Los archivos comprimidos .bed.gz también se distribuyen ampliamente. Las herramientas comunes incluyen bedtools, IGV y UCSC Genome Browser.
Seguridad y protección
RIESGO: LOWArchivo de datos en texto plano; sin código ejecutable; seguro de abrir en cualquier editor de texto o navegador genómico.
Detalles del formato
en pocas palabras- Archivo InfoSnorkel Blue Elephant Definition - Software de CRM/gestión de contactos de nicho de Blue Elephant Software (Windows); efectivamente muerto o abandonado.
Programas que abren archivos BED
Windows3 apps
Notepad
Código abierto Abra el archivo directamente para inspeccionar o editar el texto delimitado por pestañas. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Código abierto File → Open Local File, seleccione el archivo .bed; se carga como una pista genómica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Código abierto File → Load from File, seleccione .bed; elija el ensamblaje del genoma que coincida con las coordenadas del archivo. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Código abierto File → Open Local File, seleccione el archivo .bed; se carga como una pista genómica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Código abierto File → Load from File, seleccione .bed; elija el ensamblaje del genoma que coincida con las coordenadas del archivo. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Código abierto File → Open Local File, seleccione el archivo .bed; se carga como una pista genómica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Código abierto File → Load from File, seleccione .bed; elija el ensamblaje del genoma que coincida con las coordenadas del archivo.
bedtools
Código abierto Kit de herramientas de línea de comandos para intersectar, fusionar y manipular archivos BED.
UCSC Genome Browser
Gratis My Data → Custom Tracks → pegue o suba el archivo .bed; seleccione el ensamblaje del genoma. Detalles técnicos
especificación profunda| Codificación | Texto plano, delimitado por pestañas (ASCII o UTF-8) |
| Columnas obligatorias | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Total de columnas definidas | Hasta 12 (3 obligatorias + 9 opcionales según GA4GH BED v1.0) |
| Sistema de coordenadas | Inicio basado en 0, fin basado en 1 (intervalo semiabierto [start, end)) - difiere de los intervalos cerrados basados en 1 de GFF/GTF |
| Subperfiles | BED3 (3 columnas), BED6 (+ nombre, puntuación, hebra), BED12 (+ estructura de bloques de exones) |
| Directivas de encabezado | Líneas opcionales de track y browser para la carga en el UCSC Genome Browser; no forman parte de los datos |
| Compresión | Ninguna de forma nativa; .bed.gz (comprimido con gzip) ampliamente distribuido |
| Variante binaria indexada | bigBed - creado con bedToBigBed; admite acceso aleatorio eficiente en grandes conjuntos de datos |
| Especificación formal | GA4GH BED v1.0 (2021); el uso anterior era una convención informal de UCSC |
| Codificación de hebra | Carácter + o - en la columna 6 (BED6+) |
| Campo de color RGB | Columna itemRgb (BED9+) - triple entero R,G,B separado por comas para la visualización en el navegador |
| Tipo MIME | text/plain (también text/x-bed) |
| Lanzado | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Última versión | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Estándar abierto | Sí · libre de regalías |
| Especificación | samtools.github.io |
Conversiones de BED
Preguntas y respuestas de la comunidad
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