O que é o formato de ficheiro BED?
A extensão .bed identifica o Browser Extensible Data, um formato de texto simples delimitado por tabulações usado em genômica computacional para descrever as coordenadas de características genômicas. Foi desenvolvido pelo UCSC Genome Bioinformatics Group e é um dos formatos de intercâmbio de anotações mais amplamente utilizados na bioinformática.
Cada linha descreve um intervalo genômico. As três colunas obrigatórias são o nome do cromossomo (chrom), a posição inicial (chromStart) e a posição final (chromEnd). Até nove colunas opcionais estendem o registro com nome, pontuação, fita (strand), limites de região espessa, cor de exibição RGB e estrutura de blocos de éxons.
Uma convenção de coordenadas crítica: chromStart é baseado em 0 e chromEnd é baseado em 1, produzindo um intervalo semiaberto start, end). Isso difere do [GFF (coordenadas fechadas, baseadas em 1) e é uma fonte frequente de erros de «off-by-one» ao converter entre formatos.
Subperfis definem níveis de uso comuns: BED3 (apenas colunas obrigatórias), BED6 (adiciona nome, pontuação, fita) e BED12 (adiciona estrutura de blocos de éxons para anotação de transcritos). Os arquivos podem incluir linhas de cabeçalho opcionais track e browser para upload direto no UCSC Genome Browser ou Ensembl. A GA4GH padronizou formalmente o formato como BED v1.0 em 2021, após décadas de uso informal.
Para grandes conjuntos de dados, a variante binária indexada bigBed (criada com bedToBigBed) oferece acesso aleatório eficiente. Arquivos .bed.gz compactados também são amplamente distribuídos. Ferramentas comuns incluem bedtools, IGV e UCSC Genome Browser.
Segurança e proteção
RISCO: LOWArquivo de dados em texto simples; sem código executável; seguro para abrir em qualquer editor de texto ou navegador de genoma.
Detalhes do formato
em resumo- InfoSnorkel Blue Elephant Definition file - Software de CRM/gerenciamento de contatos de nicho da Blue Elephant Software (Windows); efetivamente morto/abandonado.
Programas que abrem arquivos BED
Windows3 apps
Notepad
Código aberto Abra o arquivo diretamente para inspecionar/editar o texto delimitado por tabulações. 
Integrated Genome Browser (IGB)
Código aberto File → Open Local File, selecione o arquivo .bed; ele é carregado como uma trilha genômica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Código aberto File → Load from File, selecione .bed; escolha a montagem do genoma correspondente às coordenadas do arquivo. 
macOS2 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Código aberto File → Open Local File, selecione o arquivo .bed; ele é carregado como uma trilha genômica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Código aberto File → Load from File, selecione .bed; escolha a montagem do genoma correspondente às coordenadas do arquivo. 
Linux3 apps
Integrated Genome Browser (IGB)
Código aberto File → Open Local File, selecione o arquivo .bed; ele é carregado como uma trilha genômica.
IGV (Integrative Genomics Viewer)
Código aberto File → Load from File, selecione .bed; escolha a montagem do genoma correspondente às coordenadas do arquivo.
bedtools
Código aberto Conjunto de ferramentas de linha de comando para interceptar, mesclar e manipular arquivos BED.
UCSC Genome Browser
Gratuito My Data → Custom Tracks → cole ou faça upload do arquivo .bed; selecione a montagem do genoma. Detalhes técnicos
especificação profunda| Codificação | Texto simples, delimitado por tabulações (ASCII ou UTF-8) |
| Colunas obrigatórias | 3: chrom, chromStart, chromEnd |
| Total de colunas definidas | Até 12 (3 obrigatórias + 9 opcionais conforme GA4GH BED v1.0) |
| Sistema de coordenadas | Início baseado em 0, fim baseado em 1 (intervalo semiaberto [start, end)) - difere dos intervalos fechados baseados em 1 do GFF/GTF |
| Subperfis | BED3 (3 colunas), BED6 (+ nome, pontuação, fita), BED12 (+ estrutura de blocos de éxons) |
| Diretivas de cabeçalho | Linhas opcionais track e browser para upload no UCSC Genome Browser; não fazem parte dos dados |
| Compressão | Nenhuma nativamente; .bed.gz (comprimido com gzip) amplamente distribuído |
| Variante binária indexada | bigBed - criado com bedToBigBed; suporta acesso aleatório eficiente em grandes conjuntos de dados |
| Especificação formal | GA4GH BED v1.0 (2021); o uso anterior era uma convenção informal do UCSC |
| Codificação de fita (strand) | Caractere + ou - na coluna 6 (BED6+) |
| Campo de cor RGB | Coluna itemRgb (BED9+) - tripla de inteiros R,G,B separados por vírgula para exibição no navegador |
| Tipo MIME | text/plain (também text/x-bed) |
| Lançado | late 1990s, UCSC Genome Browser project; GA4GH BED v1.0 formal spec published 2021 |
| Versão mais recente | GA4GH BED v1.0 (2021) |
| Padrão aberto | Sim · livre de royalties |
| Especificação | samtools.github.io |
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