File MOL

Il file .mol, comunemente chiamato Molfile, è il formato standard in testo semplice per rappresentare la struttura 2D o 3D di una singola molecola chimica nella chemioinformatica e nella chimica computazionale. Creato originariamente da MDL Information Systems nel 1985, è oggi mantenuto da BIOVIA (Dassault Systèmes) come parte della specifica CTfile Formats.

Un Molfile consiste in un'intestazione di tre righe (nome della molecola, metadati del programma, commento), una riga di conteggio che specifica il totale di atomi e legami più la parola chiave della versione del formato (V2000 o V3000), un blocco atomi con simboli degli elementi e coordinate, un blocco legami con dati di connettività e ordine di legame, e righe di proprietà opzionali terminate da M END.

Esistono due sottoversioni: V2000 è il formato legacy che supporta un massimo di 999 atomi e 999 legami con colonne a larghezza fissa - è congelato senza ulteriori estensioni pianificate ma rimane ampiamente supportato; V3000 (introdotto nel 1995) è lo standard attuale, che supporta un numero illimitato di atomi, stereochimica avanzata e definizioni di Sgroup.

Il formato correlato .sdf è semplicemente una concatenazione di più Molfile separati da delimitatori di record $$$$, opzionalmente con campi dati aggiunti. I principali database chimici tra cui PubChem, ChEMBL e il RCSB distribuiscono strutture come file .mol o .sdf. Open Babel può interconvertire il formato .mol con oltre 300 altri formati chimici.