Hvad er MOL-filformatet?
Filtypen .mol, ofte kaldet en Molfile, er standardformatet i almindelig tekst til repræsentation af et enkelt kemisk molekyles 2D- eller 3D-struktur inden for kemoinformatik og beregningskemi. Oprindeligt skabt af MDL Information Systems i 1985, vedligeholdes det nu af BIOVIA (Dassault Systèmes) som en del af CTfile Formats-specifikationen.
En Molfile består af en overskrift på tre linjer (molekylenavn, program-metadata, kommentar), en tællelinje, der angiver totaler for atomer og bindinger samt formatversionens nøgleord (V2000 eller V3000), en atomblok med grundstofsymboler og koordinater, en bindingsblok med forbindelses- og bindingsordensdata, samt valgfrie egenskabslinjer afsluttet med M END.
Der findes to underversioner: V2000 er det ældre format, der understøtter maksimalt 999 atomer og 999 bindinger med kolonner i fast bredde - det er fastlåst uden yderligere planlagte udvidelser, men er fortsat bredt understøttet; V3000 (introduceret i 1995) er den nuværende standard, der understøtter ubegrænset antal atomer, forbedret stereokemi og Sgroup-definitioner.
Det tæt beslægtede .sdf-format er blot flere Molfiles sammenkædet og adskilt af $$$$-postafgrænsere, eventuelt med tilføjede datafelter. Store kemiske databaser, herunder PubChem, ChEMBL og RCSB, distribuerer strukturer som .mol- eller .sdf-filer. Open Babel kan konvertere .mol til over 300 andre kemiske formater.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWMOL er en almindelig ASCII-tekstfil. Ingen eksekverbar kode, ingen makroer. Sikker at åbne med enhver teksteditor. Ingen dokumenteret levering af malware via MOL-filer.
Formatdetaljer
kort fortaltProgrammer der åbner MOL-filer
Windows5 apps
Avogadro 2
Open-source File > Open, vælg .mol-filen. Avogadro 2.0.0 (april 2026) understøtter både V2000 og V3000.
BIOVIA Discovery Studio Visualizer
Gratis File > Open Molecule, vælg .mol-filen. Fuld 3D-visualisering og analyse.
MolView
Gratis Web-app - indsæt MOL-indhold eller importer fil; viser 2D- og 3D-visninger i browseren.
Sybyl (Tripos/Certara)
Betalt File > Open, vælg .mol-fil. Understøttelse af Tripos SYBYL-formatet udfases af Certara. 
macOS1 app
Avogadro 2
Open-source File > Open, vælg .mol-filen. Avogadro 2.0.0 (april 2026) understøtter både V2000 og V3000. 
Linux2 apps
Avogadro 2
Open-source File > Open, vælg .mol-filen. Avogadro 2.0.0 (april 2026) understøtter både V2000 og V3000.
Open Babel (CLI)
Open-source obabel input.mol -O output.pdb (konverterer også mellem formater). obabel -imol file.mol -display for visning. Tekniske detaljer
dyb specifikation| MIME-type | chemical/x-mdl-molfile |
| Kodning | Almindelig tekst (ASCII) |
| Filstruktur | 3-linjers overskrift + tællelinje + atomblok + bindingsblok + egenskabslinjer + M END-afslutter |
| V2000 atom-/bindingsgrænse | Maks. 999 atomer og 999 bindinger (tællelinje med fast bredde) |
| V3000 atom-/bindingsgrænse | Ubegrænset (udvidet format med variabel bredde) |
| V2000-status | Fastlåst arv - ingen yderligere udvidelser planlagt; bredt understøttet i alle kemoinformatik-værktøjer |
| V3000-status | Aktiv nuværende standard, vedligeholdes af BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Koordinattyper | Både 2D (x,y,z=0.0) og 3D (reelle x,y,z-værdier) understøttes |
| Typisk filstørrelse | 1 KB - 100 KB (enkelt molekyle) |
| Beholder til flere molekyler | SDF (.sdf) - Molfiles adskilt af $$$$ postafgrænsere med valgfrie datafelter |
| Specifikation | CTfile Formats PDF, kan downloades gratis fra BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Udgivet | 1985 (MDL MOLGEN program, MDL Information Systems) |
| Seneste version | V3000 (MDL CTfile Formats, current; V2000 is legacy frozen) |
| Åben standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | discover.3ds.com |
MOL-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om MOL-filer.
