Файл MOL

Файл .mol, обычно называемый Molfile, является стандартным текстовым форматом для представления 2D или 3D структуры отдельной химической молекулы в хемоинформатике и вычислительной химии. Первоначально созданный MDL Information Systems в 1985 году, в настоящее время он поддерживается BIOVIA (Dassault Systèmes) как часть спецификации CTfile Formats.

Molfile состоит из трехстрочного заголовка (название молекулы, метаданные программы, комментарий), строки счетчиков, указывающей общее количество атомов и связей, а также ключевое слово версии формата (V2000 или V3000), блока атомов с символами элементов и координатами, блока связей с данными о связности и порядке связей, а также необязательных строк свойств, завершающихся меткой M END.

Существует две под-версии: V2000 - это устаревший формат, поддерживающий максимум 999 атомов и 999 связей с колонками фиксированной ширины; он «заморожен», расширения не планируются, но он по-прежнему широко поддерживается; V3000 (представлен в 1995 году) является текущим стандартом, поддерживающим неограниченное количество атомов, расширенную стереохимию и определения Sgroup.

Тесно связанный формат .sdf представляет собой просто несколько файлов Molfile, объединенных и разделенных разделителями записей $$$$, опционально с добавленными полями данных. Крупные химические базы данных, включая PubChem, ChEMBL и RCSB, распространяют структуры в виде файлов .mol или .sdf. Open Babel позволяет преобразовывать .mol в более чем 300 других химических форматов.