MOL ファイル

.mol ファイル（一般に Molfile と呼ばれる）は、ケモインフォマティクスや計算化学において単一の化学分子の2Dまたは3D構造を表現するための標準的なプレーンテキスト形式です。1985年に MDL Information Systems によって最初に作成され、現在は BIOVIA (Dassault Systèmes) によって CTfile Formats 仕様の一部として維持されています。

Molfile は、3行のヘッダー（分子名、プログラムのメタデータ、コメント）、原子と結合の総数およびフォーマットバージョンのキーワード（V2000 または V3000）を指定するカウント行、元素記号と座標を含む原子ブロック、結合性と結合次数データを含む結合ブロック、および M END で終了するオプションのプロパティ行で構成されます。

2つのサブバージョンが存在します。V2000 は、固定幅のカラムを持ち、最大999個の原子と999本の結合をサポートするレガシー形式です。これ以上の拡張は予定されていませんが、現在も広くサポートされています。V3000（1995年導入）は現在の標準であり、無制限の原子数、強化された立体化学、および Sgroup 定義をサポートしています。

密接に関連する .sdf 形式は、単に複数の Molfile を $$$$ というレコード区切り文字で連結し、オプションでデータフィールドを付加したものです。PubChem、ChEMBL、RCSB などの主要な化学データベースは、構造を .mol または .sdf ファイルとして配布しています。Open Babel を使用すると、.mol を300以上の他の化学形式と相互変換できます。