Wat is het MOL-bestandsformaat?
Het .mol-bestand, gewoonlijk een Molfile genoemd, is het standaardformaat in platte tekst voor het weergeven van de 2D- of 3D-structuur van een enkele chemische molecule in de cheminformatica en computationele chemie. Oorspronkelijk gecreëerd door MDL Information Systems in 1985, wordt het nu onderhouden door BIOVIA (Dassault Systèmes) als onderdeel van de CTfile Formats-specificatie.
Een Molfile bestaat uit een header van drie regels (molecuulnaam, programma-metadata, commentaar), een tellijn die de totalen van atomen en verbindingen specificeert plus het trefwoord voor de formaatversie (V2000 of V3000), een atoomblok met elementsymbolen en coördinaten, een verbindingsblok met connectiviteits- en verbindingsorde-gegevens, en optionele eigenschapsregels die worden afgesloten met M END.
Er bestaan twee subversies: V2000 is het verouderde formaat dat maximaal 999 atomen en 999 verbindingen ondersteunt met kolommen van vaste breedte - het is bevroren en er zijn geen verdere uitbreidingen gepland, maar het blijft breed ondersteund; V3000 (geïntroduceerd in 1995) is de huidige standaard, die onbeperkte aantallen atomen, verbeterde stereochemie en Sgroup-definities ondersteunt.
Het nauw verwante .sdf-formaat bestaat simpelweg uit meerdere Molfiles die achter elkaar zijn geplaatst en gescheiden door $$$$-record-scheidingstekens, optioneel met toegevoegde gegevensvelden. Grote chemische databanken waaronder PubChem, ChEMBL en de RCSB distribueren structuren als .mol- of .sdf-bestanden. Open Babel kan .mol converteren naar meer dan 300 andere chemische formaten.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWMOL is een bestand in platte ASCII-tekst. Geen uitvoerbare code, geen macro's. Veilig te openen met elke teksteditor. Geen gedocumenteerde malware-verspreiding via MOL-bestanden.
Formaatdetails
in een notendopProgramma's die MOL-bestanden openen
Windows5 apps
Avogadro 2
Open-source Bestand > Openen, selecteer het .mol-bestand. Avogadro 2.0.0 (april 2026) ondersteunt zowel V2000 als V3000.
BIOVIA Discovery Studio Visualizer
Gratis Bestand > Molecule openen, selecteer het .mol-bestand. Volledige 3D-visualisatie en analyse.
MolView
Gratis Web-app - plak MOL-inhoud of importeer bestand; toont 2D- en 3D-weergaven in de browser.
Sybyl (Tripos/Certara)
Betaald Bestand > Openen, selecteer .mol-bestand. Ondersteuning voor het Tripos SYBYL-formaat wordt uitgefaseerd door Certara. 
macOS1 app
Avogadro 2
Open-source Bestand > Openen, selecteer het .mol-bestand. Avogadro 2.0.0 (april 2026) ondersteunt zowel V2000 als V3000. 
Linux2 apps
Avogadro 2
Open-source Bestand > Openen, selecteer het .mol-bestand. Avogadro 2.0.0 (april 2026) ondersteunt zowel V2000 als V3000.
Open Babel (CLI)
Open-source obabel input.mol -O output.pdb (converteert ook tussen formaten). obabel -imol file.mol -display voor weergave. Technische details
diepe specificaties| MIME-type | chemical/x-mdl-molfile |
| Codering | Platte tekst (ASCII) |
| Bestandsstructuur | 3-regelige header + tellijn + atoomblok + verbindingsblok + eigenschapsregels + M END-afsluiter |
| V2000 atoom/verbindingslimiet | Max 999 atomen en 999 verbindingen (tellijn met vaste breedte) |
| V3000 atoom/verbindingslimiet | Onbeperkt (uitgebreid formaat met variabele breedte) |
| V2000-status | Bevroren erfenis - geen verdere uitbreidingen gepland; breed ondersteund door alle cheminformatica-tools |
| V3000-status | Actieve huidige standaard, onderhouden door BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Coördinatentypen | Zowel 2D (x,y,z=0.0) als 3D (x,y,z reële waarden) ondersteund |
| Typische bestandsgrootte | 1 KB - 100 KB (enkele molecule) |
| Container voor meerdere moleculen | SDF (.sdf) - Molfiles gescheiden door $$$$ record-scheidingstekens met optionele gegevensvelden |
| Specificatie | CTfile Formats PDF, gratis te downloaden van BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Uitgebracht | 1985 (MDL MOLGEN program, MDL Information Systems) |
| Laatste versie | V3000 (MDL CTfile Formats, current; V2000 is legacy frozen) |
| Open standaard | Ja · royaltyvrij |
| Specificatie | discover.3ds.com |
MOL conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over MOL-bestanden.
