Vad är filformatet MOL?
Filändelsen .mol, som vanligtvis kallas för en Molfile, är standardformatet i klartext för att representera en enskild kemisk molekyls 2D- eller 3D-struktur inom kemiinformatik och beräkningskemi. Det skapades ursprungligen av MDL Information Systems 1985 och underhålls nu av BIOVIA (Dassault Systèmes) som en del av specifikationen för CTfile-format.
En Molfile består av ett huvud på tre rader (molekylnamn, programmetadata, kommentar), en räkningsrad som anger totalt antal atomer och bindningar samt nyckelordet för formatversion (V2000 eller V3000), ett atomblock med grundämnessymboler och koordinater, ett bindningsblock med konnektivitet och bindningsorder, samt valfria egenskapsrader som avslutas med M END.
Två underversioner existerar: V2000 är det äldre formatet som stöder maximalt 999 atomer och 999 bindningar med kolumner med fast bredd - det är fryst utan planer på ytterligare utökningar men har fortfarande brett stöd; V3000 (introducerat 1995) är den nuvarande standarden som stöder obegränsat antal atomer, förbättrad stereokemi och Sgroup-definitioner.
Det nära besläktade .sdf-formatet är helt enkelt flera Molfiles som sammanfogats och separerats med postavgränsaren $$$$, valfritt med tillhörande datafält. Stora kemiska databaser inklusive PubChem, ChEMBL och RCSB distribuerar strukturer som .mol- eller .sdf-filer. Open Babel kan konvertera .mol till över 300 andra kemiska format.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWMOL är en textfil i vanlig ASCII. Ingen exekverbar kod, inga makron. Säker att öppna med valfri textredigerare. Ingen dokumenterad spridning av skadlig kod via MOL-filer.
Formatdetaljer
i ett nötskalProgram som öppnar MOL-filer
Windows5 apps
Avogadro 2
Öppen källkod Arkiv > Öppna, välj .mol-fil. Avogadro 2.0.0 (april 2026) stöder både V2000 och V3000.
BIOVIA Discovery Studio Visualizer
Gratis Arkiv > Öppna molekyl, välj .mol-fil. Fullständig 3D-visualisering och analys.
MolView
Gratis Webbapp - klistra in MOL-innehåll eller importera fil; visar 2D- och 3D-vyer i webbläsaren.
Sybyl (Tripos/Certara)
Betald Arkiv > Öppna, välj .mol-fil. Stöd för Tripos SYBYL-format håller på att fasas ut av Certara. 
macOS1 app
Avogadro 2
Öppen källkod Arkiv > Öppna, välj .mol-fil. Avogadro 2.0.0 (april 2026) stöder både V2000 och V3000. 
Linux2 apps
Avogadro 2
Öppen källkod Arkiv > Öppna, välj .mol-fil. Avogadro 2.0.0 (april 2026) stöder både V2000 och V3000.
Open Babel (CLI)
Öppen källkod obabel input.mol -O output.pdb (konverterar även mellan format). obabel -imol file.mol -display för visning. Tekniska detaljer
djup specifikation| MIME-typ | chemical/x-mdl-molfile |
| Kodning | Klartext (ASCII) |
| Filstruktur | 3-raders huvud + räkningsrad + atomblock + bindningsblock + egenskapsrader + M END-avslutare |
| V2000 atom/bindningsgräns | Max 999 atomer och 999 bindningar (räkningsrad med fast bredd) |
| V3000 atom/bindningsgräns | Obegränsat (utökat format med variabel bredd) |
| V2000-status | Fryst arv - inga ytterligare utökningar planerade; brett stöd i alla kemiinformatikverktyg |
| V3000-status | Aktiv nuvarande standard, underhålls av BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Koordinattyper | Både 2D (x,y,z=0.0) och 3D (reella x,y,z-värden) stöds |
| Typisk filstorlek | 1 KB - 100 KB (enskild molekyl) |
| Behållare för flera molekyler | SDF (.sdf) - Molfiles separerade med $$$$ postavgränsare med valfria datafält |
| Specifikation | CTfile Formats PDF, fritt nedladdningsbar från BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Släppt | 1985 (MDL MOLGEN program, MDL Information Systems) |
| Senaste version | V3000 (MDL CTfile Formats, current; V2000 is legacy frozen) |
| Öppen standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | discover.3ds.com |
MOL-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om MOL-filer.
