MOL-fil

Filtypen .mol, ofte kalt en Molfile, er standardformatet i ren tekst for å representere et enkelt kjemisk molekyls 2D- eller 3D-struktur innen kjemoinformatikk og beregningskjemi. Opprinnelig utviklet av MDL Information Systems i 1985, vedlikeholdes det nå av BIOVIA (Dassault Systèmes) som en del av CTfile Formats-spesifikasjonen.

En Molfile består av et hode på tre linjer (molekylnavn, program-metadata, kommentar), en antallslinje som spesifiserer totalt antall atomer og bindinger pluss nøkkelordet for formatversjon (V2000 eller V3000), en atomblokk med grunnstoffsymboler og koordinater, en bindingsblokk med konnektivitet og bindingsordredata, og valgfrie egenskapslinjer som avsluttes med M END.

To underversjoner eksisterer: V2000 er det eldre formatet som støtter maksimalt 999 atomer og 999 bindinger med kolonner med fast bredde - det er fryst uten planer om videre utvidelser, men er fortsatt vidt støttet; V3000 (introdusert i 1995) er den nåværende standarden, som støtter ubegrenset antall atomer, forbedret stereokjemi og Sgroup-definisjoner.

Det nært beslektede .sdf-formatet er rett og slett flere Molfiles satt sammen og separert med $$$$-postskiller, valgfritt med vedlagte datafelt. Store kjemiske databaser inkludert PubChem, ChEMBL og RCSB distribuerer strukturer som .mol- eller .sdf-filer. Open Babel kan konvertere mellom .mol og over 300 andre kjemiske formater.