Was ist das MOL-Dateiformat?
Die .mol-Datei, allgemein als Molfile bezeichnet, ist das Standard-Klartextformat zur Darstellung der 2D- oder 3D-Struktur eines einzelnen chemischen Moleküls in der Cheminformatik und Computerchemie. Ursprünglich 1985 von MDL Information Systems entwickelt, wird es heute von BIOVIA (Dassault Systèmes) als Teil der CTfile-Formatspezifikation gepflegt.
Ein Molfile besteht aus einem dreizeiligen Header (Molekülname, Programm-Metadaten, Kommentar), einer Zählzeile (Counts Line), die die Gesamtzahl der Atome und Bindungen sowie das Format-Versions-Schlüsselwort (V2000 oder V3000) angibt, einem Atom-Block mit Elementsymbolen und Koordinaten, einem Bindungs-Block mit Konnektivitäts- und Bindungsordnungsdaten sowie optionalen Eigenschaftszeilen, die mit M END abgeschlossen werden.
Es existieren zwei Unterversionen: V2000 ist das Legacy-Format, das maximal 999 Atome und 999 Bindungen mit Spalten fester Breite unterstützt - es ist eingefroren, weitere Erweiterungen sind nicht geplant, aber es bleibt weit verbreitet; V3000 (eingeführt 1995) ist der aktuelle Standard, der unbegrenzte Atomzahlen, erweiterte Stereochemie und Sgroup-Definitionen unterstützt.
Das eng verwandte .sdf-Format besteht einfach aus mehreren hintereinandergeschalteten Molfiles, die durch $$$$-Datensatz-Trennzeichen getrennt sind, optional mit angehängten Datenfeldern. Große chemische Datenbanken wie PubChem, ChEMBL und der RCSB verteilen Strukturen als .mol- oder .sdf-Dateien. Open Babel kann .mol in über 300 andere chemische Formate konvertieren.
Sicherheit
RISIKO: LOWMOL ist eine einfache ASCII-Textdatei. Kein ausführbarer Code, keine Makros. Sicher mit jedem Texteditor zu öffnen. Keine dokumentierte Malware-Verbreitung über MOL-Dateien.
Formatdetails
kurz gefasstProgramme zum Öffnen von MOL-Dateien
Windows5 apps
Avogadro 2
Open Source Datei > Öffnen, die .mol-Datei auswählen. Avogadro 2.0.0 (April 2026) unterstützt sowohl V2000 als auch V3000.
BIOVIA Discovery Studio Visualizer
Kostenlos Datei > Molekül öffnen, die .mol-Datei auswählen. Vollständige 3D-Visualisierung und Analyse.
MolView
Kostenlos Web-App - MOL-Inhalt einfügen oder Datei importieren; zeigt 2D- und 3D-Ansichten im Browser an.
Sybyl (Tripos/Certara)
Kostenpflichtig Datei > Öffnen, .mol-Datei auswählen. Die Unterstützung des Tripos SYBYL-Formats wird von Certara eingestellt. 
macOS1 app
Avogadro 2
Open Source Datei > Öffnen, die .mol-Datei auswählen. Avogadro 2.0.0 (April 2026) unterstützt sowohl V2000 als auch V3000. 
Linux2 apps
Avogadro 2
Open Source Datei > Öffnen, die .mol-Datei auswählen. Avogadro 2.0.0 (April 2026) unterstützt sowohl V2000 als auch V3000.
Open Babel (CLI)
Open Source obabel input.mol -O output.pdb (konvertiert auch zwischen Formaten). obabel -imol file.mol -display zur Ansicht. Technische Details
technische Spezifikation| MIME-Typ | chemical/x-mdl-molfile |
| Kodierung | Klartext (ASCII) |
| Dateistruktur | 3-zeiliger Header + Zählzeile + Atom-Block + Bindungs-Block + Eigenschaftszeilen + M END Terminator |
| V2000 Atom-/Bindungslimit | Max. 999 Atome und 999 Bindungen (Zählzeile mit fester Breite) |
| V3000 Atom-/Bindungslimit | Unbegrenzt (erweitertes Format mit variabler Breite) |
| V2000 Status | Eingefrorenes Legacy-Format - keine weiteren Erweiterungen geplant; weit verbreitet in allen Cheminformatik-Tools |
| V3000 Status | Aktiver aktueller Standard, gepflegt von BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Koordinatentypen | 2D (x,y,z=0.0) und 3D (x,y,z reelle Werte) werden beide unterstützt |
| Typische Dateigröße | 1 KB - 100 KB (einzelnes Molekül) |
| Container für mehrere Moleküle | SDF (.sdf) - Molfiles getrennt durch $$$$ Datensatz-Trennzeichen mit optionalen Datenfeldern |
| Spezifikation | CTfile Formats PDF, kostenlos herunterladbar bei BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Veröffentlicht | 1985 (MDL MOLGEN program, MDL Information Systems) |
| Neueste Version | V3000 (MDL CTfile Formats, current; V2000 is legacy frozen) |
| Offener Standard | Ja · lizenzgebührenfrei |
| Spezifikation | discover.3ds.com |
MOL-Konvertierungen
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