Archivo MOL

El archivo .mol, comúnmente llamado Molfile, es el formato estándar de texto plano para representar la estructura 2D o 3D de una sola molécula química en quimioinformática y química computacional. Creado originalmente por MDL Information Systems en 1985, actualmente es mantenido por BIOVIA (Dassault Systèmes) como parte de la especificación CTfile Formats.

Un Molfile consta de un encabezado de tres líneas (nombre de la molécula, metadatos del programa, comentario), una línea de recuento que especifica el total de átomos y enlaces más la palabra clave de la versión del formato (V2000 o V3000), un bloque de átomos con símbolos de elementos y coordenadas, un bloque de enlaces con datos de conectividad y orden de enlace, y líneas de propiedad opcionales terminadas por M END.

Existen dos subversiones: V2000 es el formato heredado que admite un máximo de 999 átomos y 999 enlaces con columnas de ancho fijo; está congelado y no se planean más extensiones, pero sigue teniendo un amplio soporte; V3000 (introducido en 1995) es el estándar actual, que admite recuentos de átomos ilimitados, estereoquímica mejorada y definiciones de Sgroup.

El formato .sdf, estrechamente relacionado, consiste simplemente en múltiples Molfiles concatenados y separados por delimitadores de registro $$$$, opcionalmente con campos de datos adjuntos. Las principales bases de datos químicas, incluidas PubChem, ChEMBL y el RCSB, distribuyen estructuras como archivos .mol o .sdf. Open Babel puede interconvertir .mol con más de 300 otros formatos químicos.