Fichier MOL

Le fichier .mol, communément appelé Molfile, est le format standard en texte brut pour représenter la structure 2D ou 3D d'une seule molécule chimique en chimio-informatique et en chimie numérique. Créé à l'origine par MDL Information Systems en 1985, il est désormais maintenu par BIOVIA (Dassault Systèmes) dans le cadre de la spécification CTfile Formats.

Un Molfile se compose d'un en-tête de trois lignes (nom de la molécule, métadonnées du programme, commentaire), d'une ligne de comptage spécifiant le nombre total d'atomes et de liaisons ainsi que le mot-clé de la version du format (V2000 ou V3000), d'un bloc d'atomes avec les symboles des éléments et les coordonnées, d'un bloc de liaisons avec les données de connectivité et d'ordre de liaison, et de lignes de propriétés facultatives terminées par M END.

Deux sous-versions existent : V2000 est le format hérité prenant en charge un maximum de 999 atomes et 999 liaisons avec des colonnes à largeur fixe - il est figé sans nouvelles extensions prévues mais reste largement supporté ; V3000 (introduit en 1995) est la norme actuelle, prenant en charge un nombre illimité d'atomes, une stéréochimie améliorée et des définitions de Sgroup.

Le format .sdf, étroitement lié, est simplement une concaténation de plusieurs Molfiles séparés par des délimiteurs d'enregistrement $$$$, éventuellement avec des champs de données annexés. Les principales bases de données chimiques, notamment PubChem, ChEMBL et le RCSB, distribuent les structures sous forme de fichiers .mol ou .sdf. Open Babel peut convertir le .mol vers plus de 300 autres formats chimiques.