Co to jest format pliku MOL?
Plik .mol, powszechnie nazywany Molfile, to standardowy format tekstowy służący do reprezentowania struktury 2D lub 3D pojedynczej cząsteczki chemicznej w cheminformatyce i chemii obliczeniowej. Pierwotnie stworzony przez MDL Information Systems w 1985 roku, jest obecnie utrzymywany przez BIOVIA (Dassault Systèmes) jako część specyfikacji CTfile Formats.
Molfile składa się z trójwierszowego nagłówka (nazwa cząsteczki, metadane programu, komentarz), linii liczników określającej sumę atomów i wiązań oraz słowo kluczowe wersji formatu (V2000 lub V3000), bloku atomów z symbolami pierwiastków i współrzędnymi, bloku wiązań z danymi o łączności i rzędzie wiązań oraz opcjonalnych linii właściwości zakończonych znacznikiem M END.
Istnieją dwie podwersje: V2000 to starszy format obsługujący maksymalnie 999 atomów i 999 wiązań z kolumnami o stałej szerokości - jest on zamrożony i nie planuje się dalszych rozszerzeń, ale pozostaje powszechnie wspierany; V3000 (wprowadzony w 1995 r.) to obecny standard, obsługujący nieograniczoną liczbę atomów, rozszerzoną stereochemię i definicje grup Sgroup.
Blisko powiązany format .sdf to po prostu wiele plików Molfile połączonych ze sobą i oddzielonych ogranicznikami rekordów $$$$, opcjonalnie z dołączonymi polami danych. Główne bazy danych chemicznych, w tym PubChem, ChEMBL i RCSB, dystrybuują struktury jako pliki .mol lub .sdf. Open Babel pozwala na konwersję .mol na ponad 300 innych formatów chemicznych.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWMOL to zwykły plik tekstowy ASCII. Brak kodu wykonywalnego, brak makr. Bezpieczny do otwarcia w dowolnym edytorze tekstu. Brak udokumentowanych przypadków dostarczania złośliwego oprogramowania za pośrednictwem plików MOL.
Szczegóły formatu
w pigułceProgramy otwierające pliki MOL
Windows5 apps
Avogadro 2
Open-source File > Open, wybierz plik .mol. Avogadro 2.0.0 (kwiecień 2026) obsługuje zarówno V2000, jak i V3000.
BIOVIA Discovery Studio Visualizer
Darmowy File > Open Molecule, wybierz plik .mol. Pełna wizualizacja 3D i analiza.
MolView
Darmowy Aplikacja internetowa - wklej zawartość MOL lub zaimportuj plik; wyświetla widoki 2D i 3D w przeglądarce.
Sybyl (Tripos/Certara)
Płatny File > Open, wybierz plik .mol. Wsparcie dla formatu Tripos SYBYL jest wycofywane przez Certara. 
macOS1 app
Avogadro 2
Open-source File > Open, wybierz plik .mol. Avogadro 2.0.0 (kwiecień 2026) obsługuje zarówno V2000, jak i V3000. 
Linux2 apps
Avogadro 2
Open-source File > Open, wybierz plik .mol. Avogadro 2.0.0 (kwiecień 2026) obsługuje zarówno V2000, jak i V3000.
Open Babel (CLI)
Open-source obabel input.mol -O output.pdb (również konwertuje między formatami). obabel -imol file.mol -display do podglądu. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Typ MIME | chemical/x-mdl-molfile |
| Kodowanie | Czysty tekst (ASCII) |
| Struktura pliku | 3-wierszowy nagłówek + linia liczników + blok atomów + blok wiązań + linie właściwości + terminator M END |
| Limit atomów/wiązań V2000 | Maks. 999 atomów i 999 wiązań (linia liczników o stałej szerokości) |
| Limit atomów/wiązań V3000 | Nieograniczony (format rozszerzony o zmiennej szerokości) |
| Status V2000 | Zamrożony format archiwalny - brak planowanych rozszerzeń; szeroko wspierany przez wszystkie narzędzia cheminformatyczne |
| Status V3000 | Aktywny bieżący standard, utrzymywany przez BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Typy współrzędnych | Obsługiwane zarówno 2D (x,y,z=0.0), jak i 3D (wartości rzeczywiste x,y,z) |
| Typowy rozmiar pliku | 1 KB - 100 KB (pojedyncza cząsteczka) |
| Kontener wielocząsteczkowy | SDF (.sdf) - pliki Molfile oddzielone ogranicznikami rekordów $$$$ z opcjonalnymi polami danych |
| Specyfikacja | CTfile Formats PDF, do bezpłatnego pobrania ze strony BIOVIA / Dassault Systèmes |
| Wydano | 1985 (MDL MOLGEN program, MDL Information Systems) |
| Najnowsza wersja | V3000 (MDL CTfile Formats, current; V2000 is legacy frozen) |
| Otwarty standard | Tak · bezpłatny (royalty-free) |
| Specyfikacja | discover.3ds.com |
Konwersje MOL
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki MOL.
