Arquivo MOL

O arquivo .mol, comumente chamado de Molfile, é o formato padrão de texto simples para representar a estrutura 2D ou 3D de uma única molécula química em quimioinformática e química computacional. Originalmente criado pela MDL Information Systems em 1985, é atualmente mantido pela BIOVIA (Dassault Systèmes) como parte da especificação CTfile Formats.

Um Molfile consiste em um cabeçalho de três linhas (nome da molécula, metadados do programa, comentário), uma linha de contagem especificando os totais de átomos e ligações mais a palavra-chave da versão do formato (V2000 ou V3000), um bloco de átomos com símbolos de elementos e coordenadas, um bloco de ligações com dados de conectividade e ordem de ligação, e linhas de propriedades opcionais terminadas por M END.

Existem duas subversões: V2000 é o formato legado que suporta um máximo de 999 átomos e 999 ligações com colunas de largura fixa - está congelado, sem novas extensões planejadas, mas permanece amplamente suportado; V3000 (introduzido em 1995) é o padrão atual, suportando contagens ilimitadas de átomos, estereoquímica aprimorada e definições de Sgroup.

O formato .sdf, intimamente relacionado, consiste simplesmente em múltiplos Molfiles concatenados e separados por delimitadores de registro $$$$, opcionalmente com campos de dados anexados. Grandes bancos de dados químicos, incluindo PubChem, ChEMBL e o RCSB, distribuem estruturas como arquivos .mol ou .sdf. O Open Babel pode interconverter .mol com mais de 300 outros formatos químicos.