Hva er GPR-filformatet?
En .gpr-fil er de rå resultatdataene fra en GenePix laser-mikromatrise-skanner, produsert av programvaren GenePix Pro fra Molecular Devices (tidligere Axon Instruments). Den lagrer målinger av fluorescensintensitet for hvert punkt på et DNA- eller protein-mikromatrise-objektglass, og leverer de primære kvantitative dataene for videre differensialekspresjonsanalyse.
Formatet er basert på ATF (Axon Text Format): en struktur i ren tekst med tabulatordeling som er lesbar i alle tekstredigeringsprogrammer eller regneark. Den første linjen starter alltid med ATF etterfulgt av en tabulator og versjonsstrengen 1.0. Deretter følger en valgfri blokk med nøkkel-verdi-hodeoppføringer, så en tabulatordelt rad med kolonneoverskrifter, og til slutt dataradene - én per mikromatrise-punkt.
Hver datarad inneholder punktets rutenettkoordinater (Block, Row, Column), en annotasjonsidentifikator og omtrent 60-100 fluorescensmålinger per kanal. For et standard to-fargers eksperiment er kanalene vanligvis Cy3 ved 532 nm og Cy5 ved 635 nm, rapportert som median og gjennomsnittlig forgrunns- og bakgrunnsintensitet sammen med kvalitetsflagg og morfologipoeng (Circularity, SNR).
.gpr-filer brukes ofte sammen med .gal-filer (GenePix Array List), som leverer annoteringer for punktnavn og ID. Videre analyse utføres vanligvis i R/Bioconductor - funksjonen read.maimages() i pakken limma leser .gpr naturlig. Rå .gpr-filer aksepteres som tilleggsdata av NCBI GEO-databasen.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWGPR-filer er vitenskapelige data i ren tekst uten eksekverbart innhold. De genereres av laboratorieinstrumenter og utgjør ingen risiko for skadelig programvare. Den eneste praktiske sikkerhetsbekymringen er dataintegritet - GPR-filer fra eksterne kilder bør valideres mot eksperimentets metadata og forventet antall punkter for å oppdage utilsiktet avkorting eller korrupsjon.
Formatdetaljer
i et nøtteskall- GoPro RAW-bilde (GoPro GPR) - GoPro-kameraer (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) lagrer 12-bit RAW-bilder som .gpr - en DNG-utvidelse som bruker VC-5 tapsfri komprimering, med en separat JPG-følgefil. Åpnes av Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) og den åpne kildekoden GoPro GPR SDK. Helt urelatert til GenePix-formatet.
- Finale/Sibelius musikknotasjonsprosjekt (GigaStudio/Giga Performer) - Noen versjoner av musikkprogramvare brukte .gpr for prosjekt-/ytelsesfiler; nisjepreget og sjeldent.
Programmer som åpner GPR-filer
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Betalt File > Open GPR - det opprinnelige verktøyet for GenePix-resultater; gir full visualisering og analyse. 
Microsoft Excel
Betalt Åpne .gpr-filen (det er tabulatordelt tekst): Data > Fra tekst/CSV eller bare endre navn til .txt og åpne. Se gjennom ATF-hodelinjene, og jobb deretter med datatabellen. Velg «Tabulator» som skilletegn. 
LibreOffice Calc
Åpen kildekode Åpne .gpr - LibreOffice gjenkjenner den som en tekstfil og ber om skilletegn (velg Tabulator). Gratis alternativ til Excel for å inspisere datatabellen.
R / Bioconductor (limma package)
Åpen kildekode read.maimages(files, source='genepix') leser GPR-filer naturlig. Standardverktøyet for differensialekspresjonsanalyse av mikromatriser. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Åpen kildekode Åpne .gpr - LibreOffice gjenkjenner den som en tekstfil og ber om skilletegn (velg Tabulator). Gratis alternativ til Excel for å inspisere datatabellen.
R / Bioconductor (limma)
Åpen kildekode Samme som Windows - read.maimages() er standard analysevei på alle operativsystemer. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Åpen kildekode Samme som Windows - read.maimages() er standard analysevei på alle operativsystemer. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| Filstruktur | ATF (Axon Text Format) - ren tekst, tabulatordelt |
| Signatur i hode | Linje 1: ATF<tab>1.0; etterfulgt av valgfri nøkkel-verdi-hodeblokk, deretter rad med kolonneoverskrifter |
| Dataenhet | Én rad per mikromatrise-punkt (feature), med ca. 60-100 numeriske målekolonner |
| Primærkanaler | Cy3 ved 532 nm og Cy5 ved 635 nm (standard to-fargers mikromatrise-konfigurasjon) |
| Viktige kolonnetyper | F532/F635 (forgrunn median/gjennomsnitt), B532/B635 (bakgrunn), Flags, Circularity, SNR |
| Koding | ASCII eller UTF-8 ren tekst; ingen binære seksjoner |
| ATF-versjon | 1.0 (deklarert i linje 1; den eneste versjonen i utbredt bruk) |
| Typisk filstørrelse | 500 KB - 50 MB (skalerer med antall punkter på matrisen) |
| Følgefil | .gal (GenePix Array List) leverer annoteringer for punktnavn og ID |
| R-integrasjon | limma::read.maimages() leser .gpr naturlig for differensialekspresjonsanalyse |
| Operativsystem | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux via R/Bioconductor-arbeidsflyter |
| GEO-innsending | Rå .gpr-filer aksepteres som tilleggsdata av NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Utgitt | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Siste versjon | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Åpen standard | Ja · royalty-fri |
| Spesifikasjon | www.cryer.co.uk |
GPR-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om GPR-filer.
