GPR ファイル形式とは？
.gpr ファイルは、Molecular Devices（旧Axon Instruments）のGenePix Proソフトウェアによって生成される、GenePix レーザーマイクロアレイスキャナーの生の結果出力です。DNAまたはタンパク質マイクロアレイスライド上のすべてのスポットの蛍光強度測定値を保存し、下流の差分的発現解析のための主要な定量的データを提供します。
このフォーマットは ATF (Axon Text Format) に基づいています。これは、任意のテキストエディタや表計算ソフトで読み取り可能なプレーンテキストのタブ区切り構造です。最初の行は常に ATF で始まり、その後にタブとバージョン文字列 1.0 が続きます。次にオプションのキーと値のヘッダーレコードブロック、タブ区切りの列ヘッダー行、そして最後にデータ行（マイクロアレイスポットごとに1行）が続きます。
各データ行には、スポットのグリッド座標（Block、Row、Column）、アノテーション識別子、および1チャンネルあたり約60〜100の蛍光メトリクスが含まれています。標準的な2色実験では、チャンネルは通常532 nmのCy3と635 nmのCy5であり、品質フラグや形態スコア（真円度、SNR）とともに、フォアグラウンドおよびバックグラウンド強度のメディアン値と平均値として報告されます。
.gpr ファイルは、スポット名とIDアノテーションを提供する .gal ファイル（GenePix Array List）と一緒に一般的に使用されます。下流の解析は通常R/Bioconductorで行われ、limma パッケージの read.maimages() 関数はネイティブで .gpr を読み込みます。生の .gpr ファイルは、NCBI GEOデータベースによって補足データとして受け入れられます。
セキュリティと安全性
リスク： LOWGPRファイルは実行可能コンテンツを含まないプレーンテキストの科学データです。これらは実験器具によって生成され、マルウェアのリスクはありません。実用上の唯一の安全上の懸念はデータの完全性です。外部ソースからのGPRファイルは、偶発的な切断や破損を検出するために、実験のメタデータや予想されるスポット数と照らし合わせて検証する必要があります。
形式の詳細
概要- GoPro RAW画像 (GoPro GPR) - GoProカメラ（HERO5/6/7/8/9、Fusion、MAX）は、12ビットのRAW写真を .gpr として保存します。これはVC-5ロスレス圧縮を使用したDNG拡張子で、別のJPGサイドカーを伴います。Adobe Lightroom、Photoshop（Camera Raw 9.7以降）、およびオープンソースのGoPro GPR SDKで開くことができます。GenePix形式とは全く無関係です。
- Finale/Sibelius 楽譜作成プロジェクト (GigaStudio/Giga Performer) - 一部の音楽ソフトウェアのバージョンでは、プロジェクト/パフォーマンスファイルに .gpr を使用していました。ニッチで稀なケースです。
GPR ファイルを開くプログラム
Windows4 apps
Microsoft Excel
有料 .gpr ファイル（タブ区切りテキスト）を開きます。「データ」>「テキストまたはCSVから」を選択するか、単に .txt にリネームして開きます。ATFヘッダー行を確認し、データテーブルを操作します。区切り文字には「タブ」を選択してください。 
LibreOffice Calc
オープンソース .gpr を開きます。LibreOfficeはこれをテキストファイルとして認識し、区切り文字の選択を促します（タブを選択）。データテーブルを確認するためのExcelの無料の代替手段です。 
R / Bioconductor (limma package)
オープンソース read.maimages(files, source='genepix') はGPRファイルをネイティブに読み込みます。マイクロアレイの差分的発現解析のための標準ツールです。 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
オープンソース .gpr を開きます。LibreOfficeはこれをテキストファイルとして認識し、区切り文字の選択を促します（タブを選択）。データテーブルを確認するためのExcelの無料の代替手段です。 
Linux1 app
技術的詳細
詳細仕様| ファイル構造 | ATF (Axon Text Format) - プレーンテキスト、タブ区切り |
| ヘッダーシグネチャ | 1行目: ATF<tab>1.0。その後にオプションのキー・値ヘッダーブロック、列ヘッダー行が続く |
| データ単位 | マイクロアレイスポット（フィーチャー）ごとに1行、約60〜100の数値測定列 |
| 主要チャンネル | 532 nmのCy3および635 nmのCy5（標準的な2色マイクロアレイ構成） |
| 主な列タイプ | F532/F635（フォアグラウンド中央値/平均）、B532/B635（バックグラウンド）、Flags、真円度、SNR |
| エンコーディング | ASCIIまたはUTF-8プレーンテキスト。バイナリセクションなし |
| ATFバージョン | 1.0（1行目で宣言。広く使用されている唯一のバージョン） |
| 一般的なファイルサイズ | 500 KB - 50 MB（アレイ上のスポット数に比例） |
| 関連ファイル | .gal (GenePix Array List) がスポット名とIDアノテーションを提供 |
| R 統合 | limma::read.maimages() が差分的発現解析のために .gpr をネイティブに読み込み |
| オペレーティングシステム | Windows (GenePix Pro); R/Bioconductorパイプライン経由のmacOS/Linux |
| GEOへの提出 | 生の .gpr ファイルはNCBI Gene Expression Omnibus (GEO) によって補足データとして受理される |
| リリース日 | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| 最新バージョン | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| オープンスタンダード | はい · ロイヤリティフリー |
| 仕様書 | www.cryer.co.uk |
GPR の変換
コミュニティ Q&A
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よくある質問
GPRファイルとは何ですか？
GPRファイルを開くにはどうすればよいですか？
GPRファイルをExcelで開くことはできますか？
.gpr 拡張子はGoProとGenePixのどちらのものですか？
RでGPRファイルを解析するにはどうすればよいですか？
library(limma); data <- read.maimages(c('yourfile.gpr'), source='genepix') を使用します。これにより、下流の正規化や差分的発現解析のために蛍光強度とフラグが読み込まれます。
