Archivo GPR

Un archivo .gpr es la salida de resultados brutos de un escáner láser de microarrays GenePix, producido por el software GenePix Pro de Molecular Devices (anteriormente Axon Instruments). Almacena mediciones de intensidad de fluorescencia para cada punto en un portaobjetos de microarray de ADN o proteínas, proporcionando los datos cuantitativos primarios para el análisis de expresión diferencial posterior.

El formato se basa en ATF (Axon Text Format): una estructura de texto plano delimitada por tabulaciones legible en cualquier editor de texto o hoja de cálculo. La primera línea siempre dice ATF seguida de un tabulador y la cadena de versión 1.0. Sigue un bloque opcional de registros de encabezado de clave-valor, luego una fila de encabezado de columna delimitada por tabulaciones y, finalmente, las filas de datos: una por cada punto del microarray.

Cada fila de datos contiene las coordenadas de cuadrícula del punto (Bloque, Fila, Columna), un identificador de anotación y aproximadamente entre 60 y 100 métricas de fluorescencia por canal. Para un experimento estándar de dos colores, los canales suelen ser Cy3 a 532 nm y Cy5 a 635 nm, reportados como intensidades medianas y medias de primer plano y fondo, junto con indicadores de calidad y puntuaciones de morfología (Circularidad, SNR).

Los archivos .gpr se utilizan comúnmente junto con archivos .gal (GenePix Array List), que suministran anotaciones de nombre e ID de los puntos. El análisis posterior se realiza típicamente en R/Bioconductor; la función read.maimages() del paquete limma lee archivos .gpr de forma nativa. Los archivos .gpr brutos son aceptados como datos suplementarios por la base de datos NCBI GEO.