Vad är filformatet GPR?
En .gpr-fil är den råa resultatutmatningen från en GenePix lasermikromatris-skanner, producerad av programvaran GenePix Pro från Molecular Devices (tidigare Axon Instruments). Den lagrar mätningar av fluorescensintensitet för varje punkt på ett objektglas för DNA- eller proteinmikromatriser, vilket utgör den primära kvantitativa datan för efterföljande analys av differentiellt uttryck.
Formatet är baserat på ATF (Axon Text Format): en struktur i klartext med tabbavgränsning som är läsbar i valfri textredigerare eller kalkylprogram. Den första raden börjar alltid med ATF följt av en tabb och versionssträngen 1.0. Ett valfritt block med rubrikposter i nyckel-värde-format följer, därefter en rad med kolumnrubriker och slutligen dataraderna - en per mikromatrispunkt.
Varje datarad innehåller punktens rutnätskoordinater (Block, Row, Column), en annoteringsidentifierare och cirka 60-100 fluorescensmått per kanal. För ett standardexperiment med två färger är kanalerna vanligtvis Cy3 vid 532 nm och Cy5 vid 635 nm, rapporterade som median- och medelvärden för förgrunds- och bakgrundsintensiteter tillsammans med kvalitetsflaggor och morfologipoäng (Circularity, SNR).
.gpr-filer används ofta tillsammans med .gal-filer (GenePix Array List), som tillhandahåller annoteringar för punktnamn och ID. Efterföljande analys utförs vanligtvis i R/Bioconductor - funktionen read.maimages() i paketet limma läser .gpr direkt. Råa .gpr-filer accepteras som kompletterande data av databasen NCBI GEO.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWGPR-filer är vetenskaplig data i klartext utan exekverbart innehåll. De genereras av laboratorieinstrument och utgör ingen risk för skadlig kod. Den enda praktiska säkerhetsaspekten är dataintegritet - GPR-filer från externa källor bör valideras mot experimentets metadata och det förväntade antalet punkter för att upptäcka oavsiktlig trunkering eller korruption.
Formatdetaljer
i ett nötskal- GoPro RAW Image (GoPro GPR) - GoPro-kameror (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) sparar 12-bitars RAW-foton som .gpr - en DNG-filändelse som använder VC-5 förlustfri komprimering, med en separat JPG-följefil. Öppnas av Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) och det öppna källkodsprojektet GoPro GPR SDK. Helt orelaterat till GenePix-formatet.
- Finale/Sibelius musiknotationsprojekt (GigaStudio/Giga Performer) - Vissa versioner av musikprogramvara använde .gpr för projekt-/prestationsfiler; nischat och sällsynt.
Program som öppnar GPR-filer
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Betald Arkiv > Öppna GPR - det ursprungliga verktyget för GenePix-resultat; erbjuder fullständig visualisering och analys. 
Microsoft Excel
Betald Öppna .gpr-filen (det är tabbavgränsad text): Data > Från text/CSV eller ändra helt enkelt filändelsen till .txt och öppna. Granska ATF-rubrikraderna och arbeta sedan med datatabellen. Välj «Tabb» som avgränsare. 
LibreOffice Calc
Öppen källkod Öppna .gpr - LibreOffice känner igen den som en textfil och frågar efter avgränsare (välj Tabb). Gratis alternativ till Excel för att granska datatabellen.
R / Bioconductor (limma package)
Öppen källkod read.maimages(files, source='genepix') läser GPR-filer direkt. Standardverktyget för analys av differentiellt uttryck i mikromatriser. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Öppen källkod Öppna .gpr - LibreOffice känner igen den som en textfil och frågar efter avgränsare (välj Tabb). Gratis alternativ till Excel för att granska datatabellen.
R / Bioconductor (limma)
Öppen källkod Samma som för Windows - read.maimages() är standardvägen för analys på alla operativsystem. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Öppen källkod Samma som för Windows - read.maimages() är standardvägen för analys på alla operativsystem. Tekniska detaljer
djup specifikation| Filstruktur | ATF (Axon Text Format) - klartext, tabbavgränsad |
| Rubriksignatur | Rad 1: ATF<tab>1.0; följt av valfritt rubrikblock med nyckel-värden, därefter rad med kolumnrubriker |
| Dataenhet | En rad per mikromatrispunkt (feature), med ca 60-100 numeriska mätkolumner |
| Primära kanaler | Cy3 vid 532 nm och Cy5 vid 635 nm (standardkonfiguration för tvåfärgs-mikromatris) |
| Viktiga kolumntyper | F532/F635 (förgrund median/medel), B532/B635 (bakgrund), Flags, Circularity, SNR |
| Kodning | ASCII eller UTF-8 klartext; inga binära sektioner |
| ATF-version | 1.0 (deklarerad i rad 1; den enda versionen i utbredd användning) |
| Typisk filstorlek | 500 KB - 50 MB (skalar med antal punkter på matrisen) |
| Kompanjonsfil | .gal (GenePix Array List) tillhandahåller annoteringar för punktnamn och ID |
| R-integration | limma::read.maimages() läser .gpr direkt för analys av differentiellt uttryck |
| Operativsystem | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux via R/Bioconductor-pipelines |
| GEO-inlämning | Råa .gpr-filer accepteras som kompletterande data av NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Släppt | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Senaste version | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Öppen standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | www.cryer.co.uk |
GPR-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om GPR-filer.
