Что такое формат файла GPR?
Файл .gpr является необработанным результатом сканирования лазерным микрочиповым сканером GenePix, созданным программным обеспечением GenePix Pro от Molecular Devices (ранее Axon Instruments). В нем хранятся измерения интенсивности флуоресценции для каждого пятна на предметном стекле ДНК- или белкового микрочипа, что обеспечивает первичные количественные данные для последующего анализа дифференциальной экспрессии.
Формат основан на ATF (Axon Text Format): это текстовая структура с разделителями-табуляцией, читаемая в любом текстовом редакторе или табличном процессоре. Первая строка всегда содержит ATF, за которым следует табуляция и строка версии 1.0. Далее следует необязательный блок записей заголовка в формате «ключ-значение», затем строка заголовков столбцов и, наконец, строки данных - по одной на каждое пятно микрочипа.
Каждая строка данных содержит координаты сетки пятна (блок, строка, столбец), идентификатор аннотации и примерно 60-100 показателей флуоресценции на канал. Для стандартного двухцветного эксперимента каналами обычно являются Cy3 при 532 нм и Cy5 при 635 нм, представленные как медианные и средние значения интенсивности переднего плана и фона, а также флаги качества и показатели морфологии (цикличность, SNR).
Файлы .gpr часто используются вместе с файлами .gal (GenePix Array List), которые содержат аннотации имен и идентификаторов пятен. Последующий анализ обычно выполняется в R/Bioconductor - функция read.maimages() пакета limma считывает .gpr нативно. Необработанные файлы .gpr принимаются в качестве дополнительных данных базой данных NCBI GEO.
Безопасность и защита
РИСК: LOWФайлы GPR представляют собой текстовые научные данные без исполняемого содержимого. Они генерируются лабораторными приборами и не несут риска заражения вредоносным ПО. Единственная практическая проблема безопасности - целостность данных: файлы GPR из внешних источников следует проверять на соответствие метаданным эксперимента и ожидаемому количеству пятен для обнаружения случайной обрезки или повреждения.
Детали формата
в двух словах- GoPro RAW Image (GoPro GPR) - Камеры GoPro (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) сохраняют 12-битные RAW-фотографии как .gpr - расширение DNG, использующее сжатие без потерь VC-5, с отдельным сопутствующим файлом JPG. Открывается в Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) и через GoPro GPR SDK с открытым исходным кодом. Совершенно не связано с форматом GenePix.
- Проект музыкальной нотации Finale/Sibelius (GigaStudio/Giga Performer) - Некоторые версии музыкального ПО использовали .gpr для файлов проектов или выступлений; встречается редко и нишево.
Программы, открывающие файлы GPR
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Платно Файл > Открыть GPR - родной инструмент для результатов GenePix; обеспечивает полную визуализацию и анализ. 
Microsoft Excel
Платно Откройте файл .gpr (это текст с разделителями-табуляцией): Данные > Из текста/CSV или просто переименуйте в .txt и откройте. Просмотрите строки заголовка ATF, затем работайте с таблицей данных. Выберите «Табуляция» в качестве разделителя. 
LibreOffice Calc
Открытый код Откройте .gpr - LibreOffice распознает его как текстовый файл и предложит выбрать разделитель (выберите табуляцию). Бесплатная альтернатива Excel для проверки таблицы данных.
R / Bioconductor (limma package)
Открытый код read.maimages(files, source='genepix') считывает файлы GPR нативно. Стандартный инструмент для анализа дифференциальной экспрессии микрочипов. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Открытый код Откройте .gpr - LibreOffice распознает его как текстовый файл и предложит выбрать разделитель (выберите табуляцию). Бесплатная альтернатива Excel для проверки таблицы данных.
R / Bioconductor (limma)
Открытый код Аналогично Windows - read.maimages() является стандартным путем анализа в любой ОС. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Открытый код Аналогично Windows - read.maimages() является стандартным путем анализа в любой ОС. Технические подробности
глубокая спецификация| Структура файла | ATF (Axon Text Format) - простой текст, разделитель-табуляция |
| Сигнатура заголовка | Строка 1: ATF<tab>1.0; далее следует необязательный блок заголовков «ключ-значение», затем строка заголовков столбцов |
| Единица данных | Одна строка на пятно микрочипа (feature), с ~60-100 столбцами числовых измерений |
| Основные каналы | Cy3 при 532 нм и Cy5 при 635 нм (стандартная двухцветная конфигурация микрочипа) |
| Ключевые типы столбцов | F532/F635 (медиана/среднее переднего плана), B532/B635 (фон), Flags, Circularity, SNR |
| Кодировка | ASCII или UTF-8 простой текст; без бинарных разделов |
| Версия ATF | 1.0 (объявляется в строке 1; единственная широко используемая версия) |
| Типичный размер файла | 500 КБ - 50 МБ (масштабируется в зависимости от количества пятен на чипе) |
| Сопутствующий файл | .gal (GenePix Array List) содержит аннотации имен и идентификаторов пятен |
| Интеграция с R | limma::read.maimages() считывает .gpr нативно для анализа дифференциальной экспрессии |
| Операционная система | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux через конвейеры R/Bioconductor |
| Подача в GEO | Необработанные файлы .gpr принимаются в качестве дополнительных данных NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Выпущен | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Последняя версия | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Открыть стандартное | Да · без роялти |
| Спецификация | www.cryer.co.uk |
Конвертации GPR
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах GPR.
