Co to jest format pliku GPR?
Plik .gpr to surowy wynik wyjściowy z laserowego skanera mikromacierzowego GenePix, generowany przez oprogramowanie GenePix Pro firmy Molecular Devices (dawniej Axon Instruments). Przechowuje on pomiary intensywności fluorescencji dla każdego punktu na szkiełku mikromacierzy DNA lub białkowej, dostarczając podstawowych danych ilościowych do dalszej analizy ekspresji różnicowej.
Format opiera się na ATF (Axon Text Format): jest to struktura tekstowa rozdzielana tabulatorami, czytelna w dowolnym edytorze tekstu lub arkuszu kalkulacyjnym. Pierwsza linia zawsze zawiera napis ATF, po którym następuje tabulator i ciąg wersji 1.0. Następnie znajduje się opcjonalny blok rekordów nagłówka klucz-wartość, wiersz nagłówka kolumn rozdzielany tabulatorami, a na końcu wiersze danych - jeden na każdy punkt mikromacierzy.
Każdy wiersz danych zawiera współrzędne siatki punktu (blok, wiersz, kolumna), identyfikator adnotacji oraz około 60-100 metryk fluorescencji na kanał. W standardowym eksperymencie dwukolorowym kanałami są zazwyczaj Cy3 przy 532 nm i Cy5 przy 635 nm, raportowane jako mediana i średnia intensywność tła i sygnału, wraz z flagami jakości i ocenami morfologii (kolistość, SNR).
Pliki .gpr są powszechnie używane wraz z plikami .gal (GenePix Array List), które dostarczają adnotacje nazw i identyfikatorów punktów. Dalsza analiza jest zazwyczaj wykonywana w R/Bioconductor - funkcja read.maimages() z pakietu limma natywnie odczytuje pliki .gpr. Surowe pliki .gpr są akceptowane jako dane uzupełniające przez bazę danych NCBI GEO.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWPliki GPR to dane naukowe w formacie tekstowym, pozbawione treści wykonywalnych. Są generowane przez instrumenty laboratoryjne i nie stanowią zagrożenia złośliwym oprogramowaniem. Jedyną praktyczną kwestią bezpieczeństwa jest integralność danych - pliki GPR z zewnętrznych źródeł powinny być weryfikowane pod kątem metadanych eksperymentu i oczekiwanej liczby punktów, aby wykryć przypadkowe obcięcie lub uszkodzenie.
Szczegóły formatu
w pigułce- Obraz GoPro RAW (GoPro GPR) - Kamery GoPro (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) zapisują 12-bitowe zdjęcia RAW jako .gpr - rozszerzenie DNG wykorzystujące bezstratną kompresję VC-5, z osobnym plikiem pomocniczym JPG. Otwierane przez Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) oraz otwartoźródłowy GoPro GPR SDK. Całkowicie niezwiązane z formatem GenePix.
- Projekt notacji muzycznej Finale/Sibelius (GigaStudio/Giga Performer) - Niektóre wersje oprogramowania muzycznego używały .gpr dla plików projektów/wydajności; niszowe i rzadkie.
Programy otwierające pliki GPR
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Płatny Plik > Otwórz GPR - natywne narzędzie dla wyników GenePix; zapewnia pełną wizualizację i analizę. 
Microsoft Excel
Płatny Otwórz plik .gpr (jest to tekst rozdzielany tabulatorami): Dane > Z tekstu/CSV lub po prostu zmień nazwę na .txt i otwórz. Przejrzyj wiersze nagłówka ATF, a następnie pracuj z tabelą danych. Wybierz „Tabulator” jako ogranicznik. 
LibreOffice Calc
Open-source Otwórz .gpr - LibreOffice rozpozna go jako plik tekstowy i zapyta o ogranicznik (wybierz Tabulator). Darmowa alternatywa dla programu Excel do inspekcji tabeli danych.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source read.maimages(files, source=„genepix”) natywnie odczytuje pliki GPR. Standardowe narzędzie do analizy ekspresji różnicowej mikromacierzy. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Otwórz .gpr - LibreOffice rozpozna go jako plik tekstowy i zapyta o ogranicznik (wybierz Tabulator). Darmowa alternatywa dla programu Excel do inspekcji tabeli danych.
R / Bioconductor (limma)
Open-source Tak samo jak w Windows - read.maimages() jest standardową ścieżką analizy w każdym systemie operacyjnym. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Open-source Tak samo jak w Windows - read.maimages() jest standardową ścieżką analizy w każdym systemie operacyjnym. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Struktura pliku | ATF (Axon Text Format) - zwykły tekst, rozdzielany tabulatorami |
| Sygnatura nagłówka | Linia 1: ATF<tab>1.0; po której następuje opcjonalny blok nagłówka klucz-wartość, a następnie wiersz nagłówka kolumn |
| Jednostka danych | Jeden wiersz na punkt mikromacierzy (cechę), z ok. 60-100 kolumnami pomiarów numerycznych |
| Główne kanały | Cy3 przy 532 nm i Cy5 przy 635 nm (standardowa konfiguracja mikromacierzy dwukolorowej) |
| Kluczowe typy kolumn | F532/F635 (mediana/średnia sygnału), B532/B635 (tło), Flagi, Kolistość, SNR |
| Kodowanie | Zwykły tekst ASCII lub UTF-8; brak sekcji binarnych |
| Wersja ATF | 1.0 (zadeklarowana w linii 1; jedyna wersja w powszechnym użyciu) |
| Typowy rozmiar pliku | 500 KB - 50 MB (skaluje się wraz z liczbą punktów na macierzy) |
| Plik towarzyszący | .gal (GenePix Array List) dostarcza adnotacje nazw i identyfikatorów punktów |
| Integracja z R | limma::read.maimages() natywnie odczytuje .gpr do analizy ekspresji różnicowej |
| System operacyjny | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux poprzez potoki R/Bioconductor |
| Przesyłanie do GEO | Surowe pliki .gpr są akceptowane jako dane uzupełniające przez NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Wydano | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Najnowsza wersja | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Otwarty standard | Tak · bezpłatny (royalty-free) |
| Specyfikacja | www.cryer.co.uk |
Konwersje GPR
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki GPR.
