Hvad er GPR-filformatet?
En .gpr-fil er det rå resultatoutput fra en GenePix laser-microarray-scanner, produceret af GenePix Pro-software fra Molecular Devices (tidligere Axon Instruments). Den gemmer målinger af fluorescensintensitet for hvert punkt på et DNA- eller protein-microarray-objektglas, hvilket leverer de primære kvantitative data til efterfølgende analyse af differentiel ekspression.
Formatet er baseret på ATF (Axon Text Format): en almindelig tekststruktur med tabulatorseparering, der kan læses i enhver teksteditor eller regneark. Den første linje lyder altid ATF efterfulgt af en tabulator og versionsstrengen 1.0. En valgfri blok af nøgle-værdi-headerposter følger, derefter en tabulatorsepareret kolonneoverskriftsrække og til sidst datarækkerne - én pr. microarray-punkt.
Hver datarække indeholder punktets gitterkoordinater (Block, Row, Column), en annotationsidentifikator og ca. 60-100 fluorescensmålinger pr. kanal. For et standard tofarve-eksperiment er kanalerne typisk Cy3 ved 532 nm og Cy5 ved 635 nm, rapporteret som median- og middelværdier for forgrunds- og baggrundsintensiteter sammen med kvalitetsflag og morfologiscorer (Circularity, SNR).
.gpr-filer bruges ofte sammen med .gal-filer (GenePix Array List), som leverer punktnavne og ID-annotationer. Efterfølgende analyse udføres typisk i R/Bioconductor - funktionen read.maimages() i limma-pakken læser .gpr indfødt. Rå .gpr-filer accepteres som supplerende data af NCBI GEO-databasen.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWGPR-filer er videnskabelige data i almindelig tekst uden eksekverbart indhold. De genereres af laboratorieinstrumenter og udgør ingen risiko for malware. Den eneste praktiske sikkerhedsbekymring er dataintegritet - GPR-filer fra eksterne kilder bør valideres mod eksperimentets metadata og det forventede antal punkter for at opdage utilsigtet afkortning eller korruption.
Formatdetaljer
kort fortalt- GoPro RAW Image (GoPro GPR) - GoPro-kameraer (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) gemmer 12-bit RAW-fotos som .gpr - en DNG-udvidelse, der bruger VC-5 tabsfri komprimering, med en separat JPG-sidecar. Åbnes af Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) og open-source GoPro GPR SDK. Helt urelateret til GenePix-formatet.
- Finale/Sibelius musiknotation projekt (GigaStudio/Giga Performer) - Nogle versioner af musiksoftware brugte .gpr til projekt-/performancefiler; nichepræget og sjældent.
Programmer der åbner GPR-filer
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Betalt Filer > Åbn GPR - det indfødte værktøj til GenePix-resultater; giver fuld visualisering og analyse. 
Microsoft Excel
Betalt Åbn .gpr-filen (det er tabulatorsepareret tekst): Data > Fra tekst/CSV eller omdøb blot til .txt og åbn. Gennemse ATF-headerrækkerne, og arbejd derefter med datatabellen. Vælg «Tab» som separator. 
LibreOffice Calc
Open-source Åbn .gpr - LibreOffice genkender den som en tekstfil og spørger efter separator (vælg Tab). Gratis alternativ til Excel til inspektion af datatabellen.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source read.maimages(files, source='genepix') læser GPR-filer indfødt. Standardværktøjet til analyse af differentiel ekspression i microarrays. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Åbn .gpr - LibreOffice genkender den som en tekstfil og spørger efter separator (vælg Tab). Gratis alternativ til Excel til inspektion af datatabellen.
R / Bioconductor (limma)
Open-source Samme som Windows - read.maimages() er standardanalysevejen på ethvert operativsystem. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Open-source Samme som Windows - read.maimages() er standardanalysevejen på ethvert operativsystem. Tekniske detaljer
dyb specifikation| Filstruktur | ATF (Axon Text Format) - almindelig tekst, tabulatorsepareret |
| Header-signatur | Linje 1: ATF<tab>1.0; efterfulgt af valgfri nøgle-værdi-headerblok, derefter kolonneoverskriftsrække |
| Dataenhed | Én række pr. microarray-punkt (feature), med ca. 60-100 numeriske målingskolonner |
| Primære kanaler | Cy3 ved 532 nm og Cy5 ved 635 nm (standard tofarve-microarray-konfiguration) |
| Vigtige kolonnetyper | F532/F635 (forgrund median/middel), B532/B635 (baggrund), Flags, Circularity, SNR |
| Kodning | ASCII eller UTF-8 almindelig tekst; ingen binære sektioner |
| ATF-version | 1.0 (erklæret i linje 1; den eneste version i udbredt brug) |
| Typisk filstørrelse | 500 KB - 50 MB (skalerer med antallet af punkter på arrayet) |
| Ledsagefil | .gal (GenePix Array List) leverer punktnavne og ID-annotationer |
| R-integration | limma::read.maimages() læser .gpr indfødt til analyse af differentiel ekspression |
| Operativsystem | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux via R/Bioconductor-pipelines |
| GEO-indsendelse | Rå .gpr-filer accepteres som supplerende data af NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Udgivet | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Seneste version | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Åben standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | www.cryer.co.uk |
GPR-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om GPR-filer.
