O que é o formato de ficheiro GPR?
Um arquivo .gpr é a saída de resultados brutos de um scanner de microarray a laser GenePix, produzido pelo software GenePix Pro da Molecular Devices (anteriormente Axon Instruments). Ele armazena medições de intensidade de fluorescência para cada ponto em uma lâmina de microarray de DNA ou proteína, fornecendo os dados quantitativos primários para análise de expressão diferencial a jusante.
O formato é baseado no ATF (Axon Text Format): uma estrutura de texto simples, delimitada por tabulação, legível em qualquer editor de texto ou planilha. A primeira linha sempre lê ATF seguida por uma tabulação e a string de versão 1.0. Segue-se um bloco opcional de registros de cabeçalho de chave-valor, depois uma linha de cabeçalho de coluna delimitada por tabulação e, finalmente, as linhas de dados - uma por ponto de microarray.
Cada linha de dados contém as coordenadas de grade do ponto (Bloco, Linha, Coluna), um identificador de anotação e aproximadamente 60-100 métricas de fluorescência por canal. Para um experimento padrão de duas cores, os canais são normalmente Cy3 a 532 nm e Cy5 a 635 nm, relatados como intensidades medianas e médias de primeiro plano e fundo, juntamente com sinalizadores de qualidade e pontuações de morfologia (Circularidade, SNR).
Arquivos .gpr são comumente usados junto com arquivos .gal (GenePix Array List), que fornecem anotações de nome e ID de ponto. A análise a jusante é normalmente realizada em R/Bioconductor - a função read.maimages() do pacote limma lê .gpr nativamente. Arquivos .gpr brutos são aceitos como dados suplementares pelo banco de dados NCBI GEO.
Segurança e proteção
RISCO: LOWArquivos GPR são dados científicos em texto simples sem conteúdo executável. Eles são gerados por instrumentos de laboratório e não apresentam risco de malware. A única preocupação prática de segurança é a integridade dos dados - arquivos GPR de fontes externas devem ser validados contra os metadados do experimento e o número esperado de pontos para detectar truncamento ou corrupção acidental.
Detalhes do formato
em resumo- GoPro RAW Image (GoPro GPR) - Câmeras GoPro (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) salvam fotos RAW de 12 bits como .gpr - uma extensão DNG que usa compressão sem perdas VC-5, com um sidecar JPG separado. Aberto pelo Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) e o SDK GoPro GPR de código aberto. Completamente não relacionado ao formato GenePix.
- Projeto de notação musical Finale/Sibelius (GigaStudio/Giga Performer) - Algumas versões de software musical usavam .gpr para arquivos de projeto/performance; nicho e raro.
Programas que abrem arquivos GPR
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Pago Arquivo > Abrir GPR - a ferramenta nativa para resultados GenePix; fornece visualização e análise completas. 
Microsoft Excel
Pago Abra o arquivo .gpr (é texto delimitado por tabulação): Dados > De Texto/CSV ou simplesmente renomeie para .txt e abra. Revise as linhas de cabeçalho ATF e trabalhe com a tabela de dados. Escolha «Tab» como delimitador. 
LibreOffice Calc
Código aberto Abra o .gpr - o LibreOffice o reconhece como um arquivo de texto e solicita o delimitador (escolha Tab). Alternativa gratuita ao Excel para inspecionar a tabela de dados.
R / Bioconductor (limma package)
Código aberto read.maimages(files, source='genepix') lê arquivos GPR nativamente. A ferramenta padrão para análise de expressão diferencial de microarray. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Código aberto Abra o .gpr - o LibreOffice o reconhece como um arquivo de texto e solicita o delimitador (escolha Tab). Alternativa gratuita ao Excel para inspecionar a tabela de dados.
R / Bioconductor (limma)
Código aberto Igual ao Windows - read.maimages() é o caminho de análise padrão em qualquer SO. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Código aberto Igual ao Windows - read.maimages() é o caminho de análise padrão em qualquer SO. Detalhes técnicos
especificação profunda| Estrutura do arquivo | ATF (Axon Text Format) - texto simples, delimitado por tabulação |
| Assinatura de cabeçalho | Linha 1: ATF<tab>1.0; seguido por bloco de cabeçalho chave-valor opcional, depois linha de cabeçalho de coluna |
| Unidade de dados | Uma linha por ponto de microarray (feature), com ~60-100 colunas de medição numérica |
| Canais primários | Cy3 a 532 nm e Cy5 a 635 nm (configuração padrão de microarray de duas cores) |
| Tipos de colunas principais | F532/F635 (mediana/média do primeiro plano), B532/B635 (fundo), Flags, Circularidade, SNR |
| Codificação | Texto simples ASCII ou UTF-8; sem seções binárias |
| Versão ATF | 1.0 (declarada na linha 1; a única versão em uso generalizado) |
| Tamanho de arquivo típico | 500 KB - 50 MB (escala com o número de pontos no array) |
| Arquivo complementar | .gal (GenePix Array List) fornece anotações de nome e ID de ponto |
| Integração com R | limma::read.maimages() lê .gpr nativamente para análise de expressão diferencial |
| Sistema operacional | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux via pipelines R/Bioconductor |
| Submissão GEO | Arquivos .gpr brutos aceitos como dados suplementares pelo NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Lançado | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Versão mais recente | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Padrão aberto | Sim · livre de royalties |
| Especificação | www.cryer.co.uk |
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