Che cos'è il formato di file GPR?
Un file .gpr è l'output dei risultati grezzi di uno scanner laser per microarray GenePix, prodotto dal software GenePix Pro di Molecular Devices (precedentemente Axon Instruments). Memorizza le misurazioni dell'intensità di fluorescenza per ogni spot su un vetrino per microarray di DNA o proteine, fornendo i dati quantitativi primari per l'analisi dell'espressione differenziale a valle.
Il formato si basa su ATF (Axon Text Format): una struttura di testo semplice, delimitata da tabulazioni, leggibile in qualsiasi editor di testo o foglio di calcolo. La prima riga riporta sempre ATF seguito da una tabulazione e dalla stringa di versione 1.0. Segue un blocco opzionale di record di intestazione chiave-valore, quindi una riga di intestazione di colonna delimitata da tabulazioni e infine le righe di dati - una per ogni spot del microarray.
Ogni riga di dati contiene le coordinate della griglia dello spot (Blocco, Riga, Colonna), un identificatore di annotazione e circa 60-100 metriche di fluorescenza per canale. Per un esperimento standard a due colori, i canali sono tipicamente Cy3 a 532 nm e Cy5 a 635 nm, riportati come intensità mediana e media del primo piano (foreground) e dello sfondo (background), insieme a flag di qualità e punteggi morfologici (Circolarità, SNR).
I file .gpr sono comunemente usati insieme ai file .gal (GenePix Array List), che forniscono le annotazioni del nome e dell'ID dello spot. L'analisi a valle viene tipicamente eseguita in R/Bioconductor - la funzione read.maimages() del pacchetto limma legge i file .gpr nativamente. I file .gpr grezzi sono accettati come dati supplementari dal database NCBI GEO.
Sicurezza e incolumità
RISCHIO: LOWI file GPR sono dati scientifici in formato testo senza contenuto eseguibile. Sono generati da strumenti di laboratorio e non presentano rischi di malware. L'unica preoccupazione pratica per la sicurezza è l'integrità dei dati - i file GPR provenienti da fonti esterne dovrebbero essere convalidati rispetto ai metadati dell'esperimento e al numero previsto di spot per rilevare troncamenti o corruzioni accidentali.
Dettagli del formato
in sintesi- Immagine GoPro RAW (GoPro GPR) - Le fotocamere GoPro (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) salvano foto RAW a 12 bit come .gpr - un'estensione DNG che utilizza la compressione lossless VC-5, con un file JPG sidecar separato. Aperto da Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) e dall'SDK open source GoPro GPR. Completamente non correlato al formato GenePix.
- Progetto di notazione musicale Finale/Sibelius (GigaStudio/Giga Performer) - Alcune versioni di software musicali utilizzavano .gpr per i file di progetto/performance; di nicchia e raro.
Programmi che aprono file GPR
Windows4 apps
GenePix Pro Software
A pagamento File > Apri GPR - lo strumento nativo per i risultati GenePix; fornisce visualizzazione e analisi complete. 
Microsoft Excel
A pagamento Apri il file .gpr (è testo delimitato da tabulazioni): Dati > Da testo/CSV o semplicemente rinomina in .txt e apri. Esamina le righe di intestazione ATF, quindi lavora con la tabella dei dati. Scegli «Tabulazione» come delimitatore. 
LibreOffice Calc
Open-source Apri il .gpr - LibreOffice lo riconosce come un file di testo e richiede il delimitatore (scegli Tabulazione). Alternativa gratuita a Excel per ispezionare la tabella dei dati.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source read.maimages(files, source='genepix') legge i file GPR nativamente. Lo strumento standard per l'analisi dell'espressione differenziale dei microarray. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Apri il .gpr - LibreOffice lo riconosce come un file di testo e richiede il delimitatore (scegli Tabulazione). Alternativa gratuita a Excel per ispezionare la tabella dei dati.
R / Bioconductor (limma)
Open-source Come su Windows - read.maimages() è il percorso di analisi standard su qualsiasi sistema operativo. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Open-source Come su Windows - read.maimages() è il percorso di analisi standard su qualsiasi sistema operativo. Dettagli tecnici
specifiche approfondite| Struttura del file | ATF (Axon Text Format) - testo semplice, delimitato da tabulazioni |
| Firma dell'intestazione | Riga 1: ATF<tab>1.0; seguita da un blocco di intestazione chiave-valore opzionale, quindi riga di intestazione colonna |
| Unità di dati | Una riga per ogni spot (feature) del microarray, con circa 60-100 colonne di misurazione numerica |
| Canali primari | Cy3 a 532 nm e Cy5 a 635 nm (configurazione standard per microarray a due colori) |
| Tipi di colonne chiave | F532/F635 (mediana/media primo piano), B532/B635 (sfondo), Flag, Circolarità, SNR |
| Codifica | Testo semplice ASCII o UTF-8; nessuna sezione binaria |
| Versione ATF | 1.0 (dichiarata nella riga 1; l'unica versione in uso diffuso) |
| Dimensione tipica del file | 500 KB - 50 MB (varia in base al numero di spot sull'array) |
| File complementare | .gal (GenePix Array List) fornisce le annotazioni del nome e dell'ID dello spot |
| Integrazione R | limma::read.maimages() legge .gpr nativamente per l'analisi dell'espressione differenziale |
| Sistema operativo | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux tramite pipeline R/Bioconductor |
| Invio a GEO | I file .gpr grezzi sono accettati come dati supplementari dal NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Rilasciato | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Ultima versione | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Standard aperto | Sì · royalty-free |
| Specifica | www.cryer.co.uk |
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