Wat is het GPR-bestandsformaat?
Een .gpr-bestand is de ruwe resultatenuitvoer van een GenePix laser microarray-scanner, geproduceerd door GenePix Pro-software van Molecular Devices (voorheen Axon Instruments). Het slaat fluorescentie-intensiteitsmetingen op voor elke spot op een DNA- of eiwit-microarray-slide, en levert de primaire kwantitatieve gegevens voor daaropvolgende differentiële expressie-analyse.
Het formaat is gebaseerd op ATF (Axon Text Format): een platte tekststructuur met tab-scheiding die leesbaar is in elke teksteditor of spreadsheet. De eerste regel begint altijd met ATF gevolgd door een tab en de versiestring 1.0. Daarna volgt een optioneel blok met sleutel-waarde-headerrecords, vervolgens een rij met kolomkoppen (tab-gescheiden) en ten slotte de gegevensrijen - één per microarray-spot.
Elke gegevensrij bevat de rastercoördinaten van de spot (Block, Row, Column), een annotatie-identificatie en ongeveer 60-100 fluorescentiestatistieken per kanaal. Voor een standaard tweekleurenexperiment zijn de kanalen doorgaans Cy3 bij 532 nm en Cy5 bij 635 nm, gerapporteerd als mediaan- en gemiddelde voorgrond- en achtergrondintensiteiten, samen met kwaliteitsvlaggen en morfologiescores (Circularity, SNR).
.gpr-bestanden worden vaak gebruikt in combinatie met .gal-bestanden (GenePix Array List), die spotnaam- en ID-annotaties leveren. Analyse vindt meestal plaats in R/Bioconductor - de functie read.maimages() van het limma-pakket leest .gpr standaard in. Ruwe .gpr-bestanden worden geaccepteerd als aanvullende gegevens door de NCBI GEO-database.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWGPR-bestanden zijn wetenschappelijke gegevens in platte tekst zonder uitvoerbare inhoud. Ze worden gegenereerd door laboratoriuminstrumenten en vormen geen risico op malware. Het enige praktische veiligheidsrisico is de gegevensintegriteit - GPR-bestanden van externe bronnen moeten worden gevalideerd aan de hand van de metadata van het experiment en het verwachte aantal spots om onbedoelde afkorting of corruptie te detecteren.
Formaatdetails
in een notendop- GoPro RAW Image (GoPro GPR) - GoPro-camera's (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) slaan 12-bits RAW-foto's op als .gpr - een DNG-extensie die VC-5 lossless compressie gebruikt, met een apart JPG-sidecarbestand. Wordt geopend door Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) en de open-source GoPro GPR SDK. Volledig ongerelateerd aan het GenePix-formaat.
- Finale/Sibelius muzieknotatieproject (GigaStudio/Giga Performer) - Sommige versies van muzieksoftware gebruikten .gpr voor project-/performancebestanden; niche en zeldzaam.
Programma's die GPR-bestanden openen
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Betaald Bestand > Open GPR - de eigen tool voor GenePix-resultaten; biedt volledige visualisatie en analyse. 
Microsoft Excel
Betaald Open het .gpr-bestand (het is tekst met tab-scheiding): Gegevens > Van tekst/CSV of hernoem simpelweg naar .txt en open. Bekijk de ATF-headerregels en werk vervolgens met de gegevenstabel. Kies «Tab» als scheidingsteken. 
LibreOffice Calc
Open-source Open de .gpr - LibreOffice herkent het als een tekstbestand en vraagt om het scheidingsteken (kies Tab). Gratis alternatief voor Excel voor het inspecteren van de gegevenstabel.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source read.maimages(files, source='genepix') leest GPR-bestanden standaard in. De standaardtool voor differentiële expressie-analyse van microarrays. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Open de .gpr - LibreOffice herkent het als een tekstbestand en vraagt om het scheidingsteken (kies Tab). Gratis alternatief voor Excel voor het inspecteren van de gegevenstabel.
R / Bioconductor (limma)
Open-source Hetzelfde als Windows - read.maimages() is het standaard analysepad op elk besturingssysteem. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Open-source Hetzelfde als Windows - read.maimages() is het standaard analysepad op elk besturingssysteem. Technische details
diepe specificaties| Bestandsstructuur | ATF (Axon Text Format) - platte tekst, tab-gescheiden |
| Header-handtekening | Regel 1: ATF<tab>1.0; gevolgd door optioneel sleutel-waarde headerblok, daarna kolomkoprij |
| Gegevenseenheid | Eén rij per microarray-spot (feature), met ~60-100 numerieke meetkolommen |
| Primaire kanalen | Cy3 bij 532 nm en Cy5 bij 635 nm (standaard tweekleuren microarray-configuratie) |
| Belangrijkste kolomtypen | F532/F635 (voorgrond mediaan/gemiddelde), B532/B635 (achtergrond), Flags, Circularity, SNR |
| Codering | ASCII of UTF-8 platte tekst; geen binaire secties |
| ATF-versie | 1.0 (gedeclareerd in regel 1; de enige versie die op grote schaal wordt gebruikt) |
| Typische bestandsgrootte | 500 KB - 50 MB (schaalt met het aantal spots op de array) |
| Bijbehorend bestand | .gal (GenePix Array List) levert spotnaam- en ID-annotaties |
| R-integratie | limma::read.maimages() leest .gpr standaard in voor differentiële expressie-analyse |
| Besturingssysteem | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux via R/Bioconductor-pipelines |
| GEO-indiening | Ruwe .gpr-bestanden worden geaccepteerd als aanvullende gegevens door NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Uitgebracht | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Laatste versie | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Open standaard | Ja · royaltyvrij |
| Specificatie | www.cryer.co.uk |
GPR conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over GPR-bestanden.
