Was ist das GPR-Dateiformat?
Eine .gpr-Datei ist die Rohdatenausgabe eines GenePix-Laser-Microarray-Scanners, die von der GenePix Pro-Software von Molecular Devices (ehemals Axon Instruments) erstellt wird. Sie speichert Fluoreszenzintensitätsmessungen für jeden Spot auf einem DNA- oder Protein-Microarray-Objektträger und liefert die primären quantitativen Daten für die nachfolgende differenzielle Expressionsanalyse.
Das Format basiert auf ATF (Axon Text Format): einer einfachen, tabulatorgetrennten Textstruktur, die in jedem Texteditor oder Tabellenkalkulationsprogramm lesbar ist. Die erste Zeile lautet immer ATF, gefolgt von einem Tabstopp und dem Versionsstring 1.0. Es folgt ein optionaler Block mit Key-Value-Header-Datensätzen, dann eine tabulatorgetrennte Spaltenüberschriftenzeile und schließlich die Datenzeilen - eine pro Microarray-Spot.
Jede Datenzeile enthält die Gitterkoordinaten des Spots (Block, Zeile, Spalte), eine Annotationskennung und etwa 60-100 Fluoreszenzmetriken pro Kanal. Bei einem Standard-Zweifarben-Experiment sind die Kanäle typischerweise Cy3 bei 532 nm und Cy5 bei 635 nm, die als Median- und Mittelwert der Vordergrund- und Hintergrundintensitäten zusammen mit Qualitäts-Flags und Morphologie-Scores (Zirkularität, SNR) gemeldet werden.
.gpr-Dateien werden häufig zusammen mit .gal-Dateien (GenePix Array List) verwendet, die Spotnamen und ID-Annotationen liefern. Die nachfolgende Analyse wird typischerweise in R/Bioconductor durchgeführt - die Funktion read.maimages() des Pakets limma liest .gpr nativ. Rohe .gpr-Dateien werden von der NCBI GEO-Datenbank als ergänzende Daten akzeptiert.
Sicherheit
RISIKO: LOWGPR-Dateien sind wissenschaftliche Klartextdaten ohne ausführbare Inhalte. Sie werden von Laborinstrumenten generiert und stellen kein Malware-Risiko dar. Das einzige praktische Sicherheitsbedenken ist die Datenintegrität - GPR-Dateien aus externen Quellen sollten gegen die Metadaten des Experiments und die erwartete Anzahl von Spots validiert werden, um versehentliche Kürzungen oder Beschädigungen zu erkennen.
Formatdetails
kurz gefasst- GoPro RAW Image (GoPro GPR) - GoPro-Kameras (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) speichern 12-Bit-RAW-Fotos als .gpr - eine DNG-Erweiterung, die VC-5 verlustfreie Kompression verwendet, mit einer separaten JPG-Sidecar-Datei. Geöffnet von Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) und dem Open-Source GoPro GPR SDK. Völlig unabhängig vom GenePix-Format.
- Finale/Sibelius Musiknotationsprojekt (GigaStudio/Giga Performer) - Einige Versionen von Musiksoftware verwendeten .gpr für Projekt-/Performance-Dateien; nischig und selten.
Programme zum Öffnen von GPR-Dateien
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Kostenpflichtig Datei > GPR öffnen - das native Tool für GenePix-Ergebnisse; bietet vollständige Visualisierung und Analyse. 
Microsoft Excel
Kostenpflichtig Öffnen Sie die .gpr-Datei (es ist tabulatorgetrennter Text): Daten > Aus Text/CSV oder einfach in .txt umbenennen und öffnen. Überprüfen Sie die ATF-Header-Zeilen und arbeiten Sie dann mit der Datentabelle. Wählen Sie «Tabstopp» als Trennzeichen. 
LibreOffice Calc
Open Source Öffnen Sie die .gpr - LibreOffice erkennt sie als Textdatei und fragt nach dem Trennzeichen (wählen Sie Tabstopp). Kostenlose Alternative zu Excel zur Inspektion der Datentabelle.
R / Bioconductor (limma package)
Open Source read.maimages(files, source='genepix') liest GPR-Dateien nativ. Das Standardwerkzeug für die differenzielle Expressionsanalyse von Microarrays. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Open Source Öffnen Sie die .gpr - LibreOffice erkennt sie als Textdatei und fragt nach dem Trennzeichen (wählen Sie Tabstopp). Kostenlose Alternative zu Excel zur Inspektion der Datentabelle.
R / Bioconductor (limma)
Open Source Gleich wie unter Windows - read.maimages() ist der Standard-Analysepfad auf jedem Betriebssystem. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Open Source Gleich wie unter Windows - read.maimages() ist der Standard-Analysepfad auf jedem Betriebssystem. Technische Details
technische Spezifikation| Dateistruktur | ATF (Axon Text Format) - Klartext, tabulatorgetrennt |
| Header-Signatur | Zeile 1: ATF<tab>1.0; gefolgt von optionalem Key-Value-Header-Block, dann Spaltenüberschriftenzeile |
| Dateneinheit | Eine Zeile pro Microarray-Spot (Feature), mit ca. 60-100 numerischen Messspalten |
| Primäre Kanäle | Cy3 bei 532 nm und Cy5 bei 635 nm (Standard-Zweifarben-Microarray-Konfiguration) |
| Wichtige Spaltentypen | F532/F635 (Vordergrund Median/Mittelwert), B532/B635 (Hintergrund), Flags, Zirkularität, SNR |
| Kodierung | ASCII oder UTF-8 Klartext; keine binären Abschnitte |
| ATF-Version | 1.0 (deklariert in Zeile 1; die einzige weit verbreitete Version) |
| Typische Dateigröße | 500 KB - 50 MB (skaliert mit der Anzahl der Spots auf dem Array) |
| Begleitdatei | .gal (GenePix Array List) liefert Spotnamen und ID-Annotationen |
| R-Integration | limma::read.maimages() liest .gpr nativ für die differenzielle Expressionsanalyse |
| Betriebssystem | Windows (GenePix Pro); macOS/Linux über R/Bioconductor-Pipelines |
| GEO-Einreichung | Rohe .gpr-Dateien werden als ergänzende Daten vom NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) akzeptiert |
| Veröffentlicht | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Neueste Version | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Offener Standard | Ja · lizenzgebührenfrei |
| Spezifikation | www.cryer.co.uk |
GPR-Konvertierungen
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