Qu'est-ce que le format de fichier GPR ?
Un fichier .gpr est le résultat brut d'un scanner de puces à ADN laser GenePix, produit par le logiciel GenePix Pro de Molecular Devices (anciennement Axon Instruments). Il stocke les mesures d'intensité de fluorescence pour chaque point d'une lame de puce à ADN ou à protéines, fournissant les données quantitatives primaires pour l'analyse d'expression différentielle en aval.
Le format est basé sur l'ATF (Axon Text Format) : une structure en texte brut délimitée par des tabulations, lisible dans n'importe quel éditeur de texte ou tableur. La première ligne indique toujours ATF suivi d'une tabulation et de la chaîne de version 1.0. Un bloc optionnel d'enregistrements d'en-tête clé-valeur suit, puis une ligne d'en-tête de colonne délimitée par des tabulations, et enfin les lignes de données - une par point de la puce.
Chaque ligne de données contient les coordonnées de la grille du point (Bloc, Ligne, Colonne), un identifiant d'annotation et environ 60 à 100 mesures de fluorescence par canal. Pour une expérience standard à deux couleurs, les canaux sont généralement Cy3 à 532 nm et Cy5 à 635 nm, rapportés en intensités médianes et moyennes du premier plan et de l'arrière-plan, ainsi que des indicateurs de qualité et des scores de morphologie (circularité, SNR).
Les fichiers .gpr sont couramment utilisés aux côtés des fichiers .gal (GenePix Array List), qui fournissent les annotations de nom et d'ID des points. L'analyse en aval est généralement effectuée dans R/Bioconductor - la fonction read.maimages() du package limma lit nativement le format .gpr. Les fichiers .gpr bruts sont acceptés comme données supplémentaires par la base de données NCBI GEO.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWLes fichiers GPR sont des données scientifiques en texte brut sans contenu exécutable. Ils sont générés par des instruments de laboratoire et ne présentent aucun risque de logiciel malveillant. Le seul souci de sécurité pratique est l'intégrité des données - les fichiers GPR provenant de sources externes doivent être validés par rapport aux métadonnées de l'expérience et au nombre de points attendu pour détecter une troncature ou une corruption accidentelle.
Détails du format
en bref- Image GoPro RAW (GoPro GPR) - Les caméras GoPro (HERO5/6/7/8/9, Fusion, MAX) enregistrent des photos RAW 12 bits en .gpr - une extension DNG utilisant la compression sans perte VC-5, avec un fichier compagnon JPG séparé. Ouvert par Adobe Lightroom, Photoshop (Camera Raw 9.7+) et le SDK open-source GoPro GPR. Totalement sans rapport avec le format GenePix.
- Projet de notation musicale Finale/Sibelius (GigaStudio/Giga Performer) - Certaines versions de logiciels de musique utilisaient .gpr pour les fichiers de projet/performance ; usage de niche et rare.
Programmes qui ouvrent les fichiers GPR
Windows4 apps
GenePix Pro Software
Payant Fichier > Ouvrir GPR - l'outil natif pour les résultats GenePix ; permet une visualisation et une analyse complètes. 
Microsoft Excel
Payant Ouvrez le fichier .gpr (c'est du texte délimité par des tabulations) : Données > À partir de texte/CSV ou renommez simplement en .txt et ouvrez. Examinez les lignes d'en-tête ATF, puis travaillez avec la table de données. Choisissez « Tabulation » comme délimiteur. 
LibreOffice Calc
Open-source Ouvrez le .gpr - LibreOffice le reconnaît comme un fichier texte et demande le délimiteur (choisissez Tabulation). Alternative gratuite à Excel pour inspecter la table de données.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source read.maimages(files, source='genepix') lit les fichiers GPR nativement. L'outil standard pour l'analyse d'expression différentielle des puces à ADN. 
macOS2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Ouvrez le .gpr - LibreOffice le reconnaît comme un fichier texte et demande le délimiteur (choisissez Tabulation). Alternative gratuite à Excel pour inspecter la table de données.
R / Bioconductor (limma)
Open-source Identique à Windows - read.maimages() est le chemin d'analyse standard sur n'importe quel système d'exploitation. 
Linux1 app
R / Bioconductor (limma)
Open-source Identique à Windows - read.maimages() est le chemin d'analyse standard sur n'importe quel système d'exploitation. Détails techniques
spécifications approfondies| Structure du fichier | ATF (Axon Text Format) - texte brut, délimité par des tabulations |
| Signature d'en-tête | Ligne 1 : ATF<tab>1.0 ; suivie d'un bloc d'en-tête clé-valeur optionnel, puis d'une ligne d'en-tête de colonne |
| Unité de données | Une ligne par point de puce (feature), avec environ 60 à 100 colonnes de mesures numériques |
| Canaux primaires | Cy3 à 532 nm et Cy5 à 635 nm (configuration standard de puce à ADN bicolore) |
| Types de colonnes clés | F532/F635 (médiane/moyenne premier plan), B532/B635 (arrière-plan), Flags, Circularity, SNR |
| Encodage | Texte brut ASCII ou UTF-8 ; aucune section binaire |
| Version ATF | 1.0 (déclarée à la ligne 1 ; la seule version largement utilisée) |
| Taille de fichier typique | 500 Ko - 50 Mo (varie selon le nombre de points sur la puce) |
| Fichier compagnon | .gal (GenePix Array List) fournit les annotations de nom et d'ID des points |
| Intégration R | limma::read.maimages() lit nativement le .gpr pour l'analyse d'expression différentielle |
| Système d'exploitation | Windows (GenePix Pro) ; macOS/Linux via les pipelines R/Bioconductor |
| Soumission GEO | Fichiers .gpr bruts acceptés comme données supplémentaires par NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) |
| Publié | late 1990s (Axon Instruments GenePix scanners; Molecular Devices acquired Axon ~2004) |
| Dernière version | GenePix Pro 7 (most recent major version); ATF format version 1.0 |
| Standard ouvert | Oui · libre de droits |
| Spécification | www.cryer.co.uk |
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