Hva er ATF-filformatet?
En .atf-fil er det standard tekstbaserte datautvekslingsformatet for GenePix microarray-analyseprogramvare, opprinnelig utviklet av Axon Instruments og nå vedlikeholdt av Molecular Devices (oppkjøpt i 2004). Den lagrer målinger av fluorescensintensitet, punkt-annoteringer og eksperimentelle metadata fra DNA-microarray-skanninger.
Formatet er ren tabulatordelt tekst med en strukturert hodeblokk (header). Den første linjen inneholder alltid ATF som sitt første token, etterfulgt av en bokstavelig tabulator-separator og versjonsnummeret 1.0 - den eneste versjonen i utbredt bruk. Den andre linjen deklarerer antallet valgfrie hodelinjer og antall datakolonner. Metadata-linjer med nøkkel=verdi følger deretter (skanneinnstillinger, operatør, bølgelengder), deretter en rad med kolonnenavn, og til slutt én tabulatordelt datarad per microarray-punkt.
To navngitte undertyper deler ATF-beholderen:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: kvantifiseringsdata for fluorescens per punkt fra en skannerkjøring
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: definisjoner av matriseoppsett og probe-identitet
Begge er ATF-filer; hodefeltet Type= skiller dem fra hverandre. Fordi formatet er ren tekst med merkede kolonner, kan det åpnes direkte i alle regnearkprogrammer. I bioinformatikk-rørledninger leser R-pakken limma og Bioconductor-økosystemet ATF/GPR-filer direkte for differensialuttrykksanalyse av microarray.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWATF er ren tekst uten kjørbart innhold. Ingen malware-risiko fra selve formatet. Filer kommer fra microarray-skannere eller bioinformatikk-rørledninger i laboratoriemiljøer.
Formatdetaljer
i et nøtteskall- Adobe Photoshop Transfer Function - Noen referanser siterer .atf som en intern overføringsfunksjonsfil for Adobe Photoshop, men dette er ekstremt sjeldent og udokumentert; ingen betydelig brukertrafikk.
Programmer som åpner ATF-filer
Windows3 apps
Microsoft Excel
Betalt Åpne > velg .atf; bruk tekstimportveiviseren, velg Tabulator-skilletegn. Hodelinjer vil bli inkludert som rader. 
macOS2 apps
R / Bioconductor (limma package)
Åpen kildekode Bruk read.maimages(files, source='genepix') for å laste GPR/ATF-filer inn i et limma EListRaw-objekt. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Åpen kildekode Åpne med LibreOffice Calc, sett skilletegn til Tabulator i importdialogen.
R / Bioconductor (limma package)
Åpen kildekode Bruk read.maimages(files, source='genepix') for å laste GPR/ATF-filer inn i et limma EListRaw-objekt. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| Koding | Ren tekst, ASCII/UTF-8 |
| Skilletegn | Tabulator (\t) som skiller alle felt |
| Filsignatur | Første linje: ATF[TAB]1.0 - bokstavelige tabulatordelte tokens; ingen binære magic bytes |
| Hodestruktur | Linje 2 deklarerer antall valgfrie hodelinjer og antall datakolonner; metadata-linjer med nøkkel=verdi følger |
| Dataformat | Én tabulatordelt rad per microarray-punkt, foranledet av en hoderad med kolonnenavn |
| Typisk filstørrelse | 50 KB - 50 MB (GPR-resultatfiler kan være store med tusenvis av punkter) |
| Vanlige undertyper | GPR (GenePix Results, punkt-fluorescensdata) og GAL (GenePix Array List, matriseoppsett) |
| Identifisering av undertype | Type=-feltet i den valgfrie hodeblokken identifiserer undertype (GPR, GAL eller egendefinert) |
| Tilknyttet OS | Windows, Linux, macOS (plattformuavhengig ren tekst) |
| Bioinformatikk-integrasjon | Lese innfødt av R-pakken limma (Bioconductor) for differensialuttrykksanalyse av microarray |
| Utviklerhistorikk | Axon Instruments → Molecular Devices (oppkjøpt 2004); programvare distribuert av Molecular Devices |
| Utgitt | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Siste versjon | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Spesifikasjon | support.moleculardevices.com |
ATF-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om ATF-filer.
