Qu'est-ce que le format de fichier ATF ?
Un fichier .atf est le format d'échange de données textuel standard pour le logiciel d'analyse de micropuces GenePix, initialement développé par Axon Instruments et désormais maintenu par Molecular Devices (acquis en 2004). Il stocke les mesures d'intensité de fluorescence, les annotations de points (spots) et les métadonnées expérimentales issues des scans de micropuces à ADN.
Le format est du texte brut délimité par des tabulations avec un bloc d'en-tête structuré. La première ligne contient toujours ATF comme premier jeton, suivi d'un séparateur de tabulation littéral et du numéro de version 1.0 - la seule version largement utilisée. La deuxième ligne déclare le nombre de lignes d'en-tête facultatives et le nombre de colonnes de données. Des lignes de métadonnées de type Clé=Valeur suivent (paramètres de scan, opérateur, longueurs d'onde), puis une ligne de noms de colonnes, et enfin une ligne de données délimitée par des tabulations par point de micropuce.
Deux sous-types nommés partagent le conteneur ATF :
- GPR (.GPR) - GenePix Results : données de quantification de fluorescence par point issues d'une session de scanner
- GAL (
.gal) - GenePix Array List : définitions de la disposition de la puce et de l'identité des sondes
Les deux sont des fichiers ATF ; le champ d'en-tête Type= les distingue. Comme le format est du texte brut avec des colonnes étiquetées, il s'ouvre directement dans n'importe quelle application de tableur. Dans les pipelines de bioinformatique, le package R limma et l'écosystème Bioconductor lisent directement les fichiers ATF/GPR pour l'analyse de l'expression différentielle des micropuces.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWATF est du texte brut sans contenu exécutable. Aucun risque de logiciel malveillant provenant du format lui-même. Les fichiers proviennent de scanners de micropuces ou de pipelines bioinformatiques en milieu de laboratoire.
Détails du format
en bref- Adobe Photoshop Transfer Function - Certaines références citent .atf comme un fichier de fonction de transfert interne Adobe Photoshop, mais cela est extrêmement rare et non documenté ; aucun trafic utilisateur significatif.
Programmes qui ouvrent les fichiers ATF
Windows3 apps
Microsoft Excel
Payant Ouvrir > sélectionner le .atf ; utiliser l'Assistant d'importation de texte, choisir le délimiteur Tabulation. Les lignes d'en-tête seront incluses comme des lignes. 
GenePix Pro
Payant Fichier > Ouvrir > sélectionner le fichier .atf pour visualiser et analyser les données de micropuces. 
Notepad
Open-source Ouvrir le fichier directement pour inspecter le texte brut, les champs d'en-tête et la structure des colonnes. 
macOS2 apps
GenePix Pro
Payant Fichier > Ouvrir > sélectionner le fichier .atf pour visualiser et analyser les données de micropuces.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Utiliser read.maimages(files, source='genepix') pour charger les fichiers GPR/ATF dans un objet limma EListRaw. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Ouvrir avec LibreOffice Calc, définir le délimiteur sur Tabulation dans la boîte de dialogue d'importation.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Utiliser read.maimages(files, source='genepix') pour charger les fichiers GPR/ATF dans un objet limma EListRaw. Détails techniques
spécifications approfondies| Encodage | Texte brut, ASCII/UTF-8 |
| Délimiteur | Tabulation (\t) séparant tous les champs |
| Signature de fichier | Première ligne : ATF[TAB]1.0 - jetons littéraux séparés par une tabulation ; pas d'octets magiques binaires |
| Structure de l'en-tête | La ligne 2 déclare le nombre de lignes d'en-tête facultatives et le nombre de colonnes de données ; les lignes de métadonnées clé=valeur suivent |
| Format des données | Une ligne délimitée par des tabulations par point de micropuce, précédée d'une ligne d'en-tête de noms de colonnes |
| Taille typique du fichier | 50 Ko - 50 Mo (les fichiers de résultats GPR peuvent être volumineux avec des milliers de points) |
| Sous-types courants | GPR (GenePix Results, données de fluorescence des points) et GAL (GenePix Array List, disposition de la puce) |
| Identification du sous-type | Le champ Type= dans le bloc d'en-tête facultatif identifie le sous-type (GPR, GAL ou personnalisé) |
| Systèmes d'exploitation associés | Windows, Linux, macOS (texte brut multiplateforme) |
| Intégration bioinformatique | Lu nativement par le package R limma (Bioconductor) pour l'analyse de l'expression différentielle des micropuces |
| Lignage du développeur | Axon Instruments → Molecular Devices (acquis en 2004) ; logiciel distribué par Molecular Devices |
| Publié | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Dernière version | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Spécification | support.moleculardevices.com |
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