Was ist das ATF-Dateiformat?
Eine .atf-Datei ist das standardmäßige textbasierte Datenaustauschformat für die GenePix Microarray-Analysesoftware, die ursprünglich von Axon Instruments entwickelt wurde und heute von Molecular Devices (übernommen 2004) gepflegt wird. Sie speichert Fluoreszenzintensitätsmessungen, Spot-Annotationen und experimentelle Metadaten von DNA-Microarray-Scans.
Das Format ist einfacher, durch Tabulatoren getrennter Text mit einem strukturierten Header-Block. Die erste Zeile enthält immer ATF als ersten Token, gefolgt von einem literalen Tabulator-Trennzeichen und der Versionsnummer 1.0 - der einzigen weit verbreiteten Version. Die zweite Zeile deklariert die Anzahl der optionalen Header-Zeilen und die Anzahl der Datenspalten. Es folgen Key=Value-Metadatenzeilen (Scaneinstellungen, Operator, Wellenlängen), dann eine Zeile mit Spaltennamen und schließlich eine tabulatorgetrennte Datenzeile pro Microarray-Spot.
Zwei benannte Subtypen teilen sich den ATF-Container:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: Fluoreszenz-Quantifizierungsdaten pro Spot aus einem Scannerlauf
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: Definitionen des Array-Layouts und der Sondenidentität
Beide sind ATF-Dateien; das Header-Feld Type= unterscheidet sie. Da das Format reiner Text mit beschrifteten Spalten ist, lässt es sich direkt in jeder Tabellenkalkulationsanwendung öffnen. In Bioinformatik-Pipelines lesen das R-Paket limma und das Bioconductor-Ökosystem ATF/GPR-Dateien direkt für die Microarray-Differenzialexpressionsanalyse ein.
Sicherheit
RISIKO: LOWATF ist Klartext ohne ausführbare Inhalte. Kein Malware-Risiko durch das Format selbst. Dateien stammen von Microarray-Scannern oder Bioinformatik-Pipelines in Laborumgebungen.
Formatdetails
kurz gefasst- Adobe Photoshop Transfer Function - Einige Referenzen führen .atf als interne Adobe Photoshop-Transferfunktionsdatei auf, dies ist jedoch extrem selten und undokumentiert; kein nennenswerter Benutzerverkehr.
Programme zum Öffnen von ATF-Dateien
Windows3 apps
Microsoft Excel
Kostenpflichtig Öffnen > .atf auswählen; Textkonvertierungs-Assistent verwenden, Tabulator-Trennzeichen wählen. Header-Zeilen werden als Zeilen eingefügt. 
GenePix Pro
Kostenpflichtig Datei > Öffnen > .atf-Datei auswählen, um Microarray-Daten anzuzeigen und zu analysieren. 
Notepad
Open Source Datei direkt öffnen, um Rohtext, Header-Felder und Spaltenstruktur zu inspizieren. 
macOS2 apps
GenePix Pro
Kostenpflichtig Datei > Öffnen > .atf-Datei auswählen, um Microarray-Daten anzuzeigen und zu analysieren.
R / Bioconductor (limma package)
Open Source Verwenden Sie read.maimages(files, source='genepix'), um GPR/ATF-Dateien in ein limma EListRaw-Objekt zu laden. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Open Source Mit LibreOffice Calc öffnen, Trennzeichen im Import-Dialog auf Tabulator setzen.
R / Bioconductor (limma package)
Open Source Verwenden Sie read.maimages(files, source='genepix'), um GPR/ATF-Dateien in ein limma EListRaw-Objekt zu laden. Technische Details
technische Spezifikation| Kodierung | Klartext, ASCII/UTF-8 |
| Trennzeichen | Tabulator (\t) trennt alle Felder |
| Dateisignatur | Erste Zeile: ATF[TAB]1.0 - literale tabulatorgetrennte Token; keine binären Magic Bytes |
| Header-Struktur | Zeile 2 deklariert Anzahl der optionalen Header-Zeilen und Datenspalten; Key=Value-Metadatenzeilen folgen |
| Datenformat | Eine tabulatorgetrennte Zeile pro Microarray-Spot, vorangestellt von einer Spaltennamen-Headerzeile |
| Typische Dateigröße | 50 KB - 50 MB (GPR-Ergebnisdateien können bei Tausenden von Spots groß sein) |
| Häufige Subtypen | GPR (GenePix Results, Spot-Fluoreszenzdaten) und GAL (GenePix Array List, Array-Layout) |
| Subtyp-Identifizierung | Das Feld Type= im optionalen Header-Block identifiziert den Subtyp (GPR, GAL oder benutzerdefiniert) |
| Zugehöriges Betriebssystem | Windows, Linux, macOS (plattformübergreifender Klartext) |
| Bioinformatik-Integration | Wird nativ vom R-Paket limma (Bioconductor) für die Microarray-Differenzialexpressionsanalyse gelesen |
| Entwickler-Historie | Axon Instruments → Molecular Devices (übernommen 2004); Software vertrieben durch Molecular Devices |
| Veröffentlicht | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Neueste Version | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Spezifikation | support.moleculardevices.com |
ATF-Konvertierungen
Community Q&A
von Nutzern gefragtNoch keine Fragen - stellen Sie die erste Frage zu ATF-Dateien.
