ATF ファイル形式とは？
.atf ファイルは、もともと Axon Instruments によって開発され、現在は Molecular Devices (2004年に買収) によって保守されている GenePix マイクロアレイ解析ソフトウェアの標準的なテキストベースのデータ交換形式です。DNA マイクロアレイのスキャンから得られた蛍光強度測定値、スポットのアノテーション、および実験のメタデータを保存します。
この形式は、構造化されたヘッダーブロックを持つプレーンなタブ区切りテキストです。最初の行には常に最初のトークンとして ATF が含まれ、その後にリテラルのタブ区切り文字とバージョン番号 1.0 (広く使用されている唯一のバージョン) が続きます。2行目では、オプションのヘッダー行の数とデータ列の数を宣言します。Key=value 形式のメタデータ行 (スキャン設定、オペレーター、波長など) が続き、その後に列名行、最後にマイクロアレイスポットごとに1つのタブ区切りデータ行が続きます。
ATF コンテナを共有する2つの名前付きサブタイプがあります：
- GPR (.GPR) - GenePix Results: スキャナー実行によるスポットごとの蛍光定量データ
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: アレイのレイアウトとプローブの識別定義
どちらも ATF ファイルであり、Type= ヘッダーフィールドによって区別されます。この形式は列ラベル付きのプレーンテキストであるため、任意の表計算アプリケーションで直接開くことができます。バイオインフォマティクスのパイプラインでは、R の limma パッケージや Bioconductor エコシステムが、マイクロアレイの差分的発現解析のために ATF/GPR ファイルを直接読み込みます。
セキュリティと安全性
リスク： LOWATF は実行可能なコンテンツを含まないプレーンテキストです。形式自体によるマルウェアのリスクはありません。ファイルは、研究施設の設定におけるマイクロアレイスキャナーまたはバイオインフォマティクスパイプラインから提供されます。
形式の詳細
概要- Adobe Photoshop Transfer Function - 一部の資料では .atf を Adobe Photoshop の内部転送関数ファイルとして挙げていますが、これは極めて稀で文書化されておらず、主要なユーザー利用はありません。
ATF ファイルを開くプログラム
Windows3 apps
macOS2 apps
R / Bioconductor (limma package)
オープンソース read.maimages(files, source='genepix') を使用して、GPR/ATF ファイルを limma EListRaw オブジェクトにロードします。 
Linux2 apps
R / Bioconductor (limma package)
オープンソース read.maimages(files, source='genepix') を使用して、GPR/ATF ファイルを limma EListRaw オブジェクトにロードします。 技術的詳細
詳細仕様| エンコーディング | プレーンテキスト、ASCII/UTF-8 |
| 区切り文字 | すべてのフィールドを区切るタブ (\t) |
| ファイルシグネチャ | 1行目: ATF[TAB]1.0 - リテラルのタブ区切りトークン。バイナリのマジックバイトなし |
| ヘッダー構造 | 2行目でオプションのヘッダー行数とデータ列数を宣言。その後に key=value のメタデータ行が続く |
| データ形式 | マイクロアレイスポットごとに1つのタブ区切り行。その前に列名のヘッダー行がある |
| 一般的なファイルサイズ | 50 KB - 50 MB (数千のスポットを含む GPR 結果ファイルは大きくなる可能性がある) |
| 一般的なサブタイプ | GPR (GenePix Results、スポット蛍光データ) および GAL (GenePix Array List、アレイレイアウト) |
| サブタイプの識別 | オプションのヘッダーブロックにある Type= フィールドでサブタイプ (GPR、GAL、またはカスタム) を識別 |
| 関連 OS | Windows, Linux, macOS (クロスプラットフォームのプレーンテキスト) |
| バイオインフォマティクス統合 | マイクロアレイの差分的発現解析のために、R の limma パッケージ (Bioconductor) によってネイティブに読み込み可能 |
| 開発元の系譜 | Axon Instruments → Molecular Devices (2004年に買収)。ソフトウェアは Molecular Devices によって配布 |
| リリース日 | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| 最新バージョン | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| 仕様書 | support.moleculardevices.com |
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